什么是轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序,？轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合,，包括：mRNA,、ncRNA、rRNA等,；狹義上指所有mRNA的組合,。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，主要包括mRNA和ncRNA,。轉(zhuǎn)錄組具有時(shí)間特異性,、組織特異性、空間特異性等特點(diǎn),。無(wú)參轉(zhuǎn)錄組和有參轉(zhuǎn)錄組的區(qū)別,？如果所研究的物種有組裝注釋質(zhì)量較好基因組序列，且和該基因組序列比對(duì)效率較高,，那么可以采用有參轉(zhuǎn)錄組的分析策略,，直接進(jìn)行分析。反之,，則需要按照無(wú)參轉(zhuǎn)錄組的分析策略進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本組裝,，構(gòu)建unigene庫(kù)，然后進(jìn)行后續(xù)分析,。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更普遍的檢測(cè)范圍,。江蘇全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析鑒定

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵步驟：?jiǎn)渭?xì)胞的分離和捕獲：溫和分離，稀有細(xì)胞,。轉(zhuǎn)錄本的捕獲和擴(kuò)增：RNA測(cè)序需要0.1-1.0ugtotalRNA,，捕獲效率10%（5-**NA測(cè)序需要1ngDNA，極限稀釋加移液分離單細(xì)胞,；顯微操作分選單細(xì)胞,；流式分選帶有表面Marker的單細(xì)胞；激光切割實(shí)體組織,；微流控技術(shù),；磁珠捕獲，主要用于CTC,。它的一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是可以結(jié)合流式細(xì)胞熒光分選（FACS,fluorescentactivatedcellsorting）根據(jù)表面Marker分選細(xì)胞,。因此特別適合分選細(xì)胞子集用于測(cè)序。它的另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是可以獲得細(xì)胞形態(tài)全覽圖,，提供另外一個(gè)維度的信息,，可用于鑒定微孔中是否有損傷的細(xì)胞或雙份細(xì)胞,，主要缺點(diǎn)是通量低且每個(gè)細(xì)胞所需的工作量相當(dāng)大。濟(jì)南circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測(cè)多少錢轉(zhuǎn)錄組學(xué)無(wú)需了解物種基因信息,，能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)：相比基因芯片和標(biāo)記的堿基序列的測(cè)序方法，RNA-seq具有一定的優(yōu)越性,。與基因芯片相比,，RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來(lái)測(cè)量基因的表達(dá)水平情況，還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型,，并為選擇性拼接亞型提供定量分析,。相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái)，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序無(wú)需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針,，即可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè),，提供更精確的數(shù)字化信號(hào)、更高的檢測(cè)通量以及更普遍的檢測(cè)范圍,，是目前深入研究復(fù)雜性轉(zhuǎn)錄組的強(qiáng)大工具,。鑒于這些優(yōu)勢(shì)，RNA-Seq很快就被應(yīng)用到關(guān)于瘤病相關(guān)研究的多個(gè)方面,。

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序：狹義的轉(zhuǎn)錄組默認(rèn)只包含mRNA,，但是廣義的轉(zhuǎn)錄組指的是細(xì)胞或組織中所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，其中包含mRNA和非編碼RNA（non-codingRNA,ncRNA）,。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調(diào)控功能的smallRNA（以miRNA為表示）,，長(zhǎng)鏈非編碼RNA（longnon-codingRNA,lncRNA）和環(huán)狀RNA（circularRNA,circRNA）上，而這幾類ncRNA的調(diào)控對(duì)象都和mRNA有關(guān),。因此,，全轉(zhuǎn)錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序即對(duì)以上四種ncRNA進(jìn)行測(cè)序,，并分析這四者之間復(fù)雜的相互作用關(guān)系,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)廣義上指在某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合,。

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)生物學(xué)功能：circRNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)或外泌體中,，具有組織特異性、疾病特異性,、時(shí)序特異性及高穩(wěn)定性等特征,。近幾年，大量的研究表明circRNA在生物的生長(zhǎng)發(fā)育,、脅迫應(yīng)答,、疾病發(fā)生和發(fā)展等方面密切相關(guān)，并預(yù)測(cè)其在疾病診斷標(biāo)記物等方面的應(yīng)用前景，但其生物學(xué)功能在很大程度上仍然未知,。目前認(rèn)可度比較高的circRNA生物學(xué)功能,。miRNAsponge。circRNA富含miRNA結(jié)合位點(diǎn)來(lái)充當(dāng)miRNA海綿作用,，阻止miRNA在3′非翻譯區(qū)與mRNA相互作用,，進(jìn)而間接調(diào)控miRNA下游靶基因的表達(dá)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)包括：mRNA,、ncRNA,、rRNA等。濟(jì)南circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測(cè)多少錢

普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于不同的環(huán)境,、藥物、病原菌等逆境脅迫處理,。江蘇全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析鑒定

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)有：1,、可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2,、靈敏度高,，可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3、可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析,，能夠檢測(cè)未知基因,，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,，UTR區(qū)域;4,、檢測(cè)范圍廣，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本,。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的,，至少需要兩次生物學(xué)重復(fù)，3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好,。以3個(gè)重復(fù)為例,，加上對(duì)照的三個(gè)生物學(xué)重復(fù)，一次RNA-seq需要6個(gè)樣本,。江蘇全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析鑒定

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