靶向代謝組學的一般分析流程為:1. 數(shù)據(jù)采集 第1步是得到標準品,。如果無法從市場上買到,,就必須定制合成。然后通過優(yōu)化產(chǎn)物離子碰撞能量以得到的信號,,再通過測定三重串聯(lián)四極桿測定代謝物的 MRM 躍遷值,。2. 定量 接下來用定量分析軟件對 MRM 數(shù)據(jù)進行處理,得到報告,。3. 統(tǒng)計分析和解釋 將定量報告輸入統(tǒng)計分析軟件包,,用統(tǒng)計工具,如ANOVA,對數(shù)據(jù)進行處理,。靶向分析:在基于質(zhì)譜的代謝組學分析中,,要意識到離子強度和色譜保留時間都會隨著時間的推移而產(chǎn)生漂移,所以在實驗中,,要按隨機順序?qū)颖具M行檢測,,且數(shù)據(jù)需要在同天同一批次進行采集,以減少誤差,。代謝組學主要技術(shù)手段是核磁共振,。貴州LC-MS/MS非靶向脂質(zhì)組學質(zhì)譜分析
GC-MS非靶向代謝組學能檢測到哪些類別的代謝物?衍生化極大地拓展了GC/MS的檢測分析范圍,。GC/MS能檢測到有機酸,、氨基酸、單糖,、糖醇,、胺類、脂肪酸,、吲哚,、單甘油酯、核苷,、二糖,、生育酚、甾醇和膽汁酸等代謝物,。如何提高定性準確度,?GC/MS的定性有雙重標準,一是保留指數(shù),,二是質(zhì)譜信息的相似度(similarity),。不同于LC/MS的軟電離源,GC/MS使用的EI源屬于硬電離,,能量較強且穩(wěn)定,,在將代謝物分子電離后,分子離子峰進一步碎裂產(chǎn)生豐富的碎片離子,。因此,,我們很難在GC/MS上看到分子離子峰。GC/MS提供的是代謝物的“指紋圖譜”,,將儀器得到的實際指紋圖譜和質(zhì)譜庫(如NIST庫)進行比對后,,我們將會得到一個叫相似度的指標,。保留指數(shù)和相似度都必須滿足設(shè)定的閾值,軟件才會給出色譜峰的定性結(jié)果,。然后采用標準品質(zhì)譜信息進行完全比對定性,,也就是說只有經(jīng)過標準品比對,,代謝物才是被100%定性,。北京常規(guī)靶向代謝組學主要技術(shù)代謝組學的研究方法與蛋白質(zhì)組學的方法類似,。
代謝組學可以檢測的樣品種類有哪些?代謝組學主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產(chǎn)物的小分子代謝物(分子量<1000),。其樣品主要是血漿或血清,,尿液,,唾液,,以及細胞和組織的提取液,。我們也和一些公司或單位(如茶葉公司,、制酒公司,、酸奶公司、醫(yī)院等)合作,,做過植物,微生物提取物,,腦脊液,昆蟲血淋巴,,羊水,,卵泡液,,膝蓋滑液,,眼淚,,胎盤,糞便及腸道內(nèi)容物提取液等,。一般代謝組學能檢測出多少物質(zhì),?同的質(zhì)譜平臺靈敏度及偏向性都不一樣,,而且不同平臺之間具有互補性,。一般來說GC/MS檢測血清樣品能準確定性的物質(zhì)約200個左右,,檢測尿液樣品定性的物質(zhì)約200個左右,其他樣品(如肝臟,,糞便,腸道內(nèi)容物)也在幾百這個數(shù)量級,。如果采用全二維GC/MS,物質(zhì)的數(shù)量要更多,,可達1千以上,。LC/MS檢測物質(zhì)的數(shù)量要遠比GC/MS多,但能準確定性和定量的不多,,視不同的平臺(TQ,、QTOF等)能達到幾十至2-3百個物質(zhì)。
什么是非靶向代謝組學,、靶向代謝組學,?(1) 非靶向代謝組學(Untargeted metabolomics)即非目標代謝組學或發(fā)現(xiàn)代謝組學,無偏向性地對所有小分子代謝物(一般相對分子量小于1000)同時進行檢測分析的代謝組學,。(2) 靶向代謝組學(Trgeted metabolomics)則為目標性代謝組學,,著重對于設(shè)定好的目標代謝物進行定性、量檢測分析和研究,。相比于其他組學,,代謝組學有哪些特殊的優(yōu)勢?系統(tǒng)生物學有基因組學,、轉(zhuǎn)錄組學、蛋白組學和代謝組學。代謝組學作為系統(tǒng)生物學的一個重要的分支,,與其他組學相比有著其特有的優(yōu)勢,主要體現(xiàn)在以下幾點:(1) 基因與蛋白質(zhì)表達的微小變化會在相應(yīng)代謝物水平上得到放大,,更容易被檢測,。(2) 代謝物的種類要遠小于基因和蛋白的數(shù)目,。(3) 可與生物表型變化建立直接相關(guān)性,。代謝組學主要技術(shù)手段是色譜(HPLC,GC),。
選擇代謝組學作為科研技術(shù)手段的優(yōu)勢有哪些?代謝組學的研究處于生物信息流的中游,,介于基因,、蛋白質(zhì)和細胞、組織之間,,在生物信息的傳遞中起到承上啟下的作用,。小分子的產(chǎn)生和代謝是基因表達的下游產(chǎn)物,,生物體液的代謝產(chǎn)物分析能夠更直接,,更準確的反映生物體的病理生理狀態(tài),。代謝物的種類少,,大約在103個數(shù)量級,,要遠小于基因和蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù),,物質(zhì)的分子結(jié)構(gòu)要簡單得多,,分析起來更簡單明了,。代謝組學的代謝物信息庫簡單,它遠沒有全基因組測序及大量表達序列標簽的數(shù)據(jù)庫那么復雜,?;蚝偷鞍踪|(zhì)表達的有效微小變化會在代謝物上得到放大,從而使檢測更容易,。代謝產(chǎn)物在各個生物體系中都是類似的,,所以代謝組學研究中采用的技術(shù)更容易在各個領(lǐng)域中通用,也更容易被人接受,。代謝組學是用來解決什么問題的,?河南植物靶向代謝組學領(lǐng)域
代謝組學技術(shù)可應(yīng)用于藥物毒理學。貴州LC-MS/MS非靶向脂質(zhì)組學質(zhì)譜分析
代謝組學有哪些應(yīng)用,?近年來,,代謝組學技術(shù)得到了迅速發(fā)展,主要可應(yīng)用于:功能基因組學,、疾病早期診斷,、病因病機研究、藥物毒理學,、中醫(yī)藥現(xiàn)代化,、植物代謝組學、微生物代謝組學,、營養(yǎng)學,、環(huán)境科學等生命科學的各個領(lǐng)域,。為什么要選擇代謝組學,?首先需要明確的是代謝組學的目標分析物主要為生物小分子及其代謝產(chǎn)物,,如糖、有機酸,、脂質(zhì),、維生素、氨基酸,、芳香烴之類等化合物,。所以,如果關(guān)注的是小分子物質(zhì),,那么采用代謝組學的方法,,可以對樣品內(nèi)檢測到的小分子物質(zhì)進行定性、定量分析,。同于基因組學和蛋白組學,,代謝組學的研究反映某一時刻下正在發(fā)生的生命活動情況,研究代謝物的表達量,、代謝物與生理病理變化的關(guān)系,,能夠幫助尋找新的生物標記物,發(fā)現(xiàn)新的代謝途徑,,以及更進一步深入了解目前已知的這些途徑,,應(yīng)用于疾病的早期診斷、藥物靶點的發(fā)現(xiàn),、疾病的病理生理研究,。貴州LC-MS/MS非靶向脂質(zhì)組學質(zhì)譜分析
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