轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域,、操縱子及多順?lè)醋?，如果按照無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話，難度較大,，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險(xiǎn),。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理,，不同的研究目標(biāo),，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能,。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬(wàn),，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問(wèn)題,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多,，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標(biāo)基因,？對(duì)不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析,，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對(duì)象；根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道，挑選相關(guān)差異基因,，不要局限在自己研究的物種上,。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)。上海全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析研究

轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測(cè)序分析技術(shù)之一,。常見設(shè)計(jì)是不同樣品之間比較,，尋找差異基因、標(biāo)志基因,、協(xié)同變化基因,、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本，并進(jìn)行結(jié)果可視化,、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等,。轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序分析也相對(duì)成熟，從RNA提取,、構(gòu)建文庫(kù),、上機(jī)測(cè)序再到結(jié)果解析既可以自己完成，又可以在專業(yè)公司進(jìn)行,。概括來(lái)看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡(jiǎn)單,，序列比對(duì)-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達(dá)定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個(gè)環(huán)節(jié)清晰流暢,，可以作為剛開始接觸高通量測(cè)序?qū)W習(xí)比較合適的技術(shù)之一,。河南IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜鑒定RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)有著巨大的應(yīng)用前景。

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機(jī)制：circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化,。目前主流的成環(huán)機(jī)制可歸類為：依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化,。在mRNA前體上，通過(guò)連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點(diǎn)連接到上游的3′受體的位點(diǎn),，索尾插接形成環(huán)化,，然后通過(guò)剪切形成circRNA。順式作用元件促進(jìn)circRNA形成,。部分circRNA外顯子兩側(cè)的內(nèi)含子中含有反向互補(bǔ)序列,，首先在剪切位點(diǎn)上并排形成RNA雙鏈體，再通過(guò)可變剪切形成帶內(nèi)含子和不帶內(nèi)含子兩種不同的circRNA,?；蛘咄怙@子內(nèi)部以及兩側(cè)的內(nèi)含子可以競(jìng)爭(zhēng)進(jìn)行RNA配對(duì)，然后通過(guò)可變剪切形成不同類型的circRNA,。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析,。一般來(lái)說(shuō)在研究所會(huì)委托公司測(cè)序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控,，mapping,，差異基因表達(dá)分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景,。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,，不同組織：研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種,，同一組織：研究基因在不同處理下,，不同條件下的表達(dá)變化。同一組織,，不同物種：研究基因的進(jìn)化關(guān)系,。時(shí)間序列實(shí)驗(yàn)：基因在不同時(shí)期的表達(dá)情況與發(fā)育的關(guān)系?；蚍诸悾赫业郊?xì)胞特異,，疾病相關(guān)，處理相關(guān)的基因表達(dá)模式,，用于診斷疾病和預(yù)測(cè)等,。基因網(wǎng)絡(luò)和通路：基因在細(xì)胞活動(dòng)中的功能,，基因間的相互作用,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù),。

RNA-Seq，是基于新一代測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集,，然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測(cè)序,，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝,，從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)而可以形成對(duì)該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解,。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較分析,，則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達(dá)水平的變化,，針對(duì)關(guān)鍵基因則可以進(jìn)行代謝通路（Pathway）的構(gòu)建,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠檢測(cè)未知基因,，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,。河南IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜鑒定

普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于不同的生長(zhǎng)階段或者發(fā)育過(guò)程。上海全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析研究

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域：農(nóng)林領(lǐng)域：生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制,，抗逆脅迫機(jī)制,，育種，物種保護(hù)研究等,；畜牧業(yè)：生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制,，致病機(jī)理研究,，肉類及乳制品品質(zhì)研究等,；海洋水產(chǎn)：生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制,，漁業(yè)資源,，漁業(yè)環(huán)境與水產(chǎn)品安全等,；微生物：致病機(jī)理,，耐藥機(jī)制，病原體-宿主相互作用研究等,；生物醫(yī)藥：生物標(biāo)志物，疾病機(jī)理機(jī)制,，疾病分型，藥物開發(fā),，個(gè)性化醫(yī)治等；環(huán)境科學(xué)：發(fā)酵過(guò)程優(yōu)化,，生物燃料生產(chǎn)，環(huán)境危害風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估研究等,；食品科學(xué)：食品儲(chǔ)藏及加工條件優(yōu)化,，食品組分及品質(zhì)鑒定，功能性食品開發(fā),，食品安全監(jiān)檢測(cè)等,。上海全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析研究