單細(xì)胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程：?jiǎn)渭?xì)胞RNA測(cè)序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對(duì)不同瘤和組織類型（解離,、分選和分離細(xì)胞等）量身定制的實(shí)驗(yàn)工作流程開(kāi)始，然后產(chǎn)生可以比對(duì)的序列,，量化,、質(zhì)量控制(QC)過(guò)濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化,，以實(shí)現(xiàn)許多下游計(jì)算分析，例如聚類分析以識(shí)別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類型和亞群,，等位基因分析以識(shí)別單核苷酸變異（SNV,，用星號(hào)表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析,、剪接檢測(cè)或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中,。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計(jì)的研究設(shè)計(jì)而變得復(fù)雜，這些設(shè)計(jì)可能包括來(lái)自患病和未患病個(gè)體的樣本,、在不同時(shí)間點(diǎn)（例如,，診療前和診療后）收集的同一個(gè)人的多個(gè)樣本，或來(lái)自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個(gè)體的多個(gè)樣本,。這樣的研究設(shè)計(jì)可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征,，這些特征可能定義疾病中常見(jiàn)的干擾分子途徑。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于植物生長(zhǎng)機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù),。哈爾濱RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)有：1,、可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2,、靈敏度高,，可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3、可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析,，能夠檢測(cè)未知基因,，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,，UTR區(qū)域;4,、檢測(cè)范圍廣，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本,。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的,，至少需要兩次生物學(xué)重復(fù)，3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好,。以3個(gè)重復(fù)為例,，加上對(duì)照的三個(gè)生物學(xué)重復(fù),，一次RNA-seq需要6個(gè)樣本。哈爾濱RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更高的檢測(cè)通量,。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序類型：1.根據(jù)RNA種類：可以分為mRNA測(cè)序,，SmallRNA測(cè)序，LncRNA測(cè)序,、CircRNA測(cè)序,、全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等。2.根據(jù)物種特點(diǎn)：比如真核生物或者原核生物,，是否有參考基因組，測(cè)序平臺(tái)的不同,，分為真核有參和無(wú)參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,，原核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等,。3.根據(jù)相互關(guān)系：分為互作轉(zhuǎn)錄組,，比較轉(zhuǎn)錄組等等；此外,，基因組甲基化會(huì)影響到基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控,，也屬于轉(zhuǎn)錄調(diào)控測(cè)序范疇；還有用于研究轉(zhuǎn)錄因子與DNA的交互作用或組蛋白修飾在基因組上的分布的ChIP-Seq,，研究RNA與蛋白互作關(guān)系的RIP-Seq,，以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢(shì)?轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序具有以下優(yōu)勢(shì)：（1）可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列,、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度,，同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號(hào)帶來(lái)的交叉反應(yīng)和背景噪音問(wèn)題；（2）靈敏度高,，可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本,；（3）可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析，無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針,，因此無(wú)需了解物種基因信息,，能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因,，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,，并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域,。（4）檢測(cè)范圍廣,，高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本,。以DNA為模板合成RNA的轉(zhuǎn)錄過(guò)程是基因表達(dá)的第一步,，也是基因表達(dá)調(diào)控的關(guān)鍵環(huán)節(jié),。

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?yàn)槭裁葱枰獦?gòu)建兩個(gè)文庫(kù)？全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序需要構(gòu)建2個(gè)測(cè)序文庫(kù),，一個(gè)小RNA文庫(kù)和一個(gè)去除核糖體RNA的鏈特異性文庫(kù),，然后分別上機(jī)測(cè)序。小RNA長(zhǎng)度較短,，一般小于50nt,，采用測(cè)序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200,，通常在1000以上,，可達(dá)幾萬(wàn)，通過(guò)片段化構(gòu)建150PE測(cè)序文庫(kù),。然后小RNA文庫(kù)可以獲得miRNA序列信息,，去核糖體的鏈特異性文庫(kù)可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)廣義上指在某一生理?xiàng)l件下,，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合,。哈爾濱RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測(cè)。哈爾濱RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)適用范圍包括人體微生態(tài),、環(huán)境,、工業(yè)、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域,。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對(duì)象,，避開(kāi)了微生物分離培養(yǎng)困難的問(wèn)題，能有效的擴(kuò)展微生物資源的利用空間,。應(yīng)用領(lǐng)域：包括腸道微生物,、口腔微生物、糞便微生物,、人體組織微生物,。宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組的概念：宏轉(zhuǎn)錄組是特定時(shí)期、環(huán)境樣本,、組織樣本中所有的微生物的RNA（轉(zhuǎn)錄本）的匯合,。通過(guò)對(duì)這些轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行大規(guī)模高通量測(cè)序，可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息,。哈爾濱RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)