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杭州新型修飾蛋白組學(xué)領(lǐng)域

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-04-16

蛋白質(zhì)組學(xué)發(fā)展趨勢(shì):技術(shù)發(fā)展方面:蛋白質(zhì)組學(xué)的研究方法將出現(xiàn)多種技術(shù)并存,各有優(yōu)勢(shì)和的特點(diǎn),,而難以象基因組研究一樣形成比較一致的方法。除了發(fā)展新方法外,,更強(qiáng)調(diào)各種方法間的整合和互補(bǔ),,以適應(yīng)不同蛋白質(zhì)的不同特征。另外,,蛋白質(zhì)組學(xué)與其它學(xué)科的交叉也將日益明顯和重要,,這種交叉是新技術(shù)新方法的活水之源,特別是,,蛋白質(zhì)組學(xué)與其它大規(guī)??茖W(xué)如基因組學(xué),生物信息學(xué)等領(lǐng)域的交叉,,構(gòu)成組學(xué)(omics)生物技術(shù)研究方法,,所呈現(xiàn)出的系統(tǒng)生物學(xué)(SystemBiology)研究模式,將成為未來(lái)生命科學(xué)比較令人激動(dòng)的新前沿,。蛋白質(zhì)組的復(fù)雜性也遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于基因組,,這是因?yàn)橐粋€(gè)基因≠一個(gè)轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物≠一個(gè)蛋白質(zhì)。杭州新型修飾蛋白組學(xué)領(lǐng)域

蛋白組學(xué)樣本寄送前是否需要精確計(jì)數(shù)或是稱(chēng)量,?不同樣本寄送會(huì)有不同的送樣要求,,按照收集方法提供可以保證實(shí)驗(yàn)用量充足。不需要精確計(jì)數(shù)或是稱(chēng)量,,項(xiàng)目開(kāi)展前會(huì)進(jìn)行蛋白濃度的測(cè)定,,后續(xù)也是不同樣本等蛋白量處理、上機(jī)檢測(cè),,但是要保證每個(gè)樣本的寄樣量達(dá)到實(shí)驗(yàn)要求,。常規(guī)定量蛋白組實(shí)驗(yàn)的主要步驟有哪些,數(shù)據(jù)分析內(nèi)容包含哪些,?實(shí)驗(yàn)步驟:首先獲得生物學(xué)樣本,,然后進(jìn)行蛋白提取,定量,,SDS-PAGE跑膠質(zhì)控,,還原烷基化,酶解,,獲得肽段,,(標(biāo)記+分組分),上機(jī)檢測(cè),,搜庫(kù)軟件搜庫(kù),數(shù)據(jù)分析,;數(shù)據(jù)分析:主要分為基礎(chǔ)數(shù)據(jù)分析,、?級(jí)數(shù)據(jù)分析和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析三個(gè)部分。基礎(chǔ)分析主要包括差異表達(dá)蛋白篩選,、層次聚類(lèi)分析分析,、COG注釋分析、亞細(xì)胞定位分析,、GO注釋富集分析,、KEGG注釋分析、PPI分析等,。山東醫(yī)學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)主要技術(shù)蛋白質(zhì)組學(xué)的研究方法將出現(xiàn)多種技術(shù)并存,,各有優(yōu)勢(shì)和局限的特點(diǎn)。

4D定量蛋白質(zhì)組學(xué) :目前,,蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜分析一般是根據(jù)保留時(shí)間(retention time),、質(zhì)荷比(m/z)、離子強(qiáng)度(intensity)這三個(gè)維度對(duì)肽蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定和定量,,即3D蛋白質(zhì)組學(xué),。4D蛋白質(zhì)組學(xué)在3D蛋白質(zhì)組學(xué)的基礎(chǔ)之上增加了第四維度,離子淌度(mobility),,主要根據(jù)離子的形狀和截面對(duì)離子進(jìn)行分離,,能夠區(qū)分m/z差值非常小的肽段,使低豐度蛋白信號(hào)能夠被區(qū)分和識(shí)別出來(lái),。蛋白質(zhì)組學(xué)分析策略:蛋白質(zhì)組學(xué)分析包括分析蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能,、翻譯后修飾情況、蛋白質(zhì)定位,、蛋白質(zhì)表達(dá)情況以及蛋白質(zhì)間的相互作用等等,。基于不同的分析內(nèi)容可以采用不同的蛋白質(zhì)組學(xué)分析技術(shù)和分析策略,。

蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)療和健康方面有什么應(yīng)用,?基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)是目前比較主流的高通量蛋白質(zhì)研究手段,當(dāng)前在醫(yī)療健康方面的應(yīng)用主要集中于基礎(chǔ)研究和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué),。隨著質(zhì)譜,、系統(tǒng)生物學(xué)、生物信息學(xué)等相關(guān)學(xué)科的發(fā)展,,我認(rèn)為今后我們會(huì)更多地在現(xiàn)實(shí)生活中見(jiàn)到蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)的應(yīng)用,。如定量胰島素、鑒定血紅蛋白氨基酸突變(鐮刀形紅細(xì)胞癥),、糖化血紅蛋白比例測(cè)定等,。從測(cè)試體量估計(jì),應(yīng)該遠(yuǎn)小于1%的ELISA測(cè)試量,。由于成本和通量等原因,,蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)并不如ELISA適合大量的日常分析,。但對(duì)于一些分析有問(wèn)題的項(xiàng)目,采用基于質(zhì)譜(或二維膠等手段)的蛋白質(zhì)組學(xué)有獨(dú)特的技術(shù)優(yōu)勢(shì),。另外,,蛋白質(zhì)組學(xué)方法開(kāi)發(fā)和驗(yàn)證周期短,在中高級(jí)特殊應(yīng)用(如極少使用的特殊蛋白指標(biāo)臨床檢測(cè),、未知疾病研究和控制)中也有其獨(dú)特優(yōu)勢(shì),。蛋白質(zhì)組學(xué)研究策略有什么?

蛋白質(zhì)組學(xué)研究這樣做:蛋白質(zhì)組與基因組相對(duì)應(yīng),,也是一個(gè)整體的概念,,隨著基因組學(xué)研究的不斷深入,蛋白質(zhì)組學(xué)已逐漸成為研究熱點(diǎn),,對(duì)蛋白組學(xué)的研究可以使我們更容易接近生命的機(jī)理本質(zhì),,但探究成千上萬(wàn)的蛋白質(zhì)特性也是一個(gè)重大的技術(shù)挑戰(zhàn)。蛋白質(zhì)組(Proteome)指的是某一時(shí)刻或某一狀態(tài)基因組表達(dá)的所有相應(yīng)的蛋白,,即細(xì)胞,、組織或機(jī)體全部蛋白質(zhì)的存在及活動(dòng)形式,其是一個(gè)動(dòng)態(tài)概念,,它是在組織,、細(xì)胞的整體蛋白質(zhì)水平上,探索蛋白質(zhì)作用模式,、功能機(jī)理,、調(diào)節(jié)控制以及蛋白質(zhì)群體內(nèi)的相互關(guān)系、從而獲得生命活動(dòng)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的全方面而深入的認(rèn)識(shí),,以揭示生命活動(dòng)的基本規(guī)律,。蛋白質(zhì)組具有很高的細(xì)胞和組織特異性,不同的細(xì)胞組織表達(dá)不同的蛋白質(zhì)組,。浙江修飾蛋白組學(xué)領(lǐng)域

DIA 定量蛋白質(zhì)組學(xué)可以采集所有離子及碎片圖譜,,重現(xiàn)性好。杭州新型修飾蛋白組學(xué)領(lǐng)域

蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)療和健康方面有什么應(yīng)用,?具體而言,,蛋白質(zhì)組學(xué)在此類(lèi)應(yīng)用中,更多地用于提供高通量蛋白質(zhì)定性定量信息,。作為檢測(cè)手段的蛋白質(zhì)組學(xué):事實(shí)上,,在當(dāng)前的生物醫(yī)學(xué)研究和臨床診斷中,蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)技術(shù)有非常多的應(yīng)用,。因?yàn)榈鞍踪|(zhì)組學(xué)技術(shù)的本質(zhì)(從分析化學(xué)角度來(lái)看),,就是對(duì)蛋白質(zhì)的定性定量分析。生物醫(yī)學(xué)和臨床診斷中,,需要大量表征一種或多種蛋白質(zhì)的含量,、氨基酸序列,、翻譯后修飾等信息,。蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)技術(shù)目前在一小部分]應(yīng)用中具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì),。有很多蛋白質(zhì)組學(xué)的研究者在工業(yè)界和醫(yī)院進(jìn)行相關(guān)研究和日常工作。很容易發(fā)現(xiàn),,當(dāng)前蛋白質(zhì)組學(xué)的臨床應(yīng)用更多地集中在第二類(lèi),。第1類(lèi)的應(yīng)用更接近于生物醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究,目前還沒(méi)有和大部分人的現(xiàn)實(shí)生活產(chǎn)生關(guān)系,。杭州新型修飾蛋白組學(xué)領(lǐng)域