circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)：是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子,，沒有5′ 帽子結(jié)構(gòu)和3′ poly（A）結(jié)構(gòu)，主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲存于外泌體中,，不受RNA外切酶影響,，表達(dá)更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi),。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成,，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu),。轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析,？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子,，如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話,，難度較大，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究特定的細(xì)胞,、組織或個體在特定時間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出所有 RNA 的學(xué)科。江蘇外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序結(jié)果的影響因素？RNA的降解嚴(yán)重影響測序的質(zhì)量,，RNA降解后,，加入poly-A后無法捕獲純化mRNA，因此,，隨機(jī)引物反轉(zhuǎn)錄無法得到全部的cDNA,，導(dǎo)致測序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會對測序信號產(chǎn)生干擾,，影響測序結(jié)果的準(zhǔn)確性,；同時由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致，實(shí)驗(yàn)前需要對樣本進(jìn)行均一化處理,，否則高豐度的表達(dá)基因會掩蓋低豐度表達(dá)基因,，導(dǎo)致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復(fù)序列。廣東單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析研究基于高通量測序平臺的轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息,。

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)生物學(xué)功能：circRNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)或外泌體中,，具有組織特異性、疾病特異性,、時序特異性及高穩(wěn)定性等特征,。近幾年，大量的研究表明circRNA在生物的生長發(fā)育,、脅迫應(yīng)答,、疾病發(fā)生和發(fā)展等方面密切相關(guān)，并預(yù)測其在疾病診斷標(biāo)記物等方面的應(yīng)用前景,，但其生物學(xué)功能在很大程度上仍然未知,。目前認(rèn)可度比較高的circRNA生物學(xué)功能。miRNAsponge,。circRNA富含miRNA結(jié)合位點(diǎn)來充當(dāng)miRNA海綿作用,，阻止miRNA在3′非翻譯區(qū)與mRNA相互作用，進(jìn)而間接調(diào)控miRNA下游靶基因的表達(dá),。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢：相比基因芯片和標(biāo)記的堿基序列的測序方法,，RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比,，RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測量基因的表達(dá)水平情況，還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型,，并為選擇性拼接亞型提供定量分析,。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺，轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先針對已知序列設(shè)計探針,，即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進(jìn)行檢測,，提供更精確的數(shù)字化信號、更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍，是目前深入研究復(fù)雜性轉(zhuǎn)錄組的強(qiáng)大工具,。鑒于這些優(yōu)勢,，RNA-Seq很快就被應(yīng)用到關(guān)于瘤病相關(guān)研究的多個方面。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序結(jié)果的影響因素,？

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機(jī)制研究：circRNA是一種非編碼RNA,，可以多種方式參與生物學(xué)功能，如細(xì)胞增殖,、細(xì)胞周期,、侵襲和轉(zhuǎn)移等。近年來研究發(fā)現(xiàn),，環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,，從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復(fù)、凋亡,、增殖,、細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn)，以及介導(dǎo)瘤耐藥的細(xì)胞內(nèi)酶,，進(jìn)而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用,。有研究證實(shí)通過干擾環(huán)狀RNA的表達(dá)，可以提高瘤對藥物的敏感性,，提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點(diǎn),。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以準(zhǔn)確地識別可變剪切和融合基因。江蘇外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)即對轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序和分析,。江蘇外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的方法：在早期,，由于測序價格昂貴、基因序列數(shù)目有限,，轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究者只能進(jìn)行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達(dá)研究,。近十幾年，分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能,，這為真正意義上的轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究奠定了基礎(chǔ),。這些高通量研究方法主要可以分為兩類：一類是基于這類方法包括表達(dá)序列標(biāo)簽技術(shù)、基因表達(dá)系列分析技術(shù),、大規(guī)模平行測序技術(shù),、RNA測序技術(shù)其中，Microarray和EST技術(shù)是較早發(fā)展起來的先驅(qū)技術(shù),，SAGE,、MPSS和RNA-sea是高通量測序條件下的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究有助于了解特定生命過程中相關(guān)基因的整體表達(dá)情況，進(jìn)而從轉(zhuǎn)錄水平初步揭示該生命過程的代謝網(wǎng)絡(luò)及其調(diào)控機(jī)理,。江蘇外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)