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江蘇高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

來源: 發(fā)布時(shí)間:2021-12-22

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢(shì)?轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序具有以下優(yōu)勢(shì):(1)可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列,、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度,,同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號(hào)帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題;(2)靈敏度高,,可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本,;(3)可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析,無需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針,,因此無需了解物種基因信息,,能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因,,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,,并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,UTR區(qū)域,。(4)檢測(cè)范圍廣,,高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍,能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序必須做生物學(xué)重復(fù)么,?江蘇高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測(cè)序分析技術(shù)之一,。常見設(shè)計(jì)是不同樣品之間比較,尋找差異基因,、標(biāo)志基因,、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本,,并進(jìn)行結(jié)果可視化,、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序分析也相對(duì)成熟,,從RNA提取,、構(gòu)建文庫、上機(jī)測(cè)序再到結(jié)果解析既可以自己完成,,又可以在專業(yè)公司進(jìn)行。概括來看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡(jiǎn)單,,序列比對(duì)-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達(dá)定量-差異基因-功能富集-定制分析,。整個(gè)環(huán)節(jié)清晰流暢,可以作為剛開始接觸高通量測(cè)序?qū)W習(xí)比較合適的技術(shù)之一,。南京IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測(cè),。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì):相比基因芯片和標(biāo)記的堿基序列的測(cè)序方法,RNA-seq具有一定的優(yōu)越性,。與基因芯片相比,,RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測(cè)量基因的表達(dá)水平情況,還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型,,并為選擇性拼接亞型提供定量分析,。相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái),轉(zhuǎn)錄組測(cè)序無需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針,,即可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè),,提供更精確的數(shù)字化信號(hào)、更高的檢測(cè)通量以及更普遍的檢測(cè)范圍,,是目前深入研究復(fù)雜性轉(zhuǎn)錄組的強(qiáng)大工具,。鑒于這些優(yōu)勢(shì),RNA-Seq很快就被應(yīng)用到關(guān)于瘤病相關(guān)研究的多個(gè)方面,。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序流程:1,、樣品RNA準(zhǔn)備。2,、測(cè)序文庫構(gòu)建,。3、DNA成簇(Cluster)擴(kuò)增,。4,、高通量測(cè)序(Illumina),。5、數(shù)據(jù)分析,。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況:1,、同一物種在發(fā)育過程中的各時(shí)間節(jié)點(diǎn)的基因表達(dá)特點(diǎn)及存在的差異;2,、不同品系之間存在的差異表達(dá)基因,;3、不同的外界條件處理,,如細(xì)菌,、病毒、光照,、紫外,、干旱、高溫,、高鹽脅迫,,對(duì)基因表達(dá)的影響;4,、同一個(gè)體,,不同組織之間的基因表達(dá)差異。簡(jiǎn)而言之,,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況,。基于高通量測(cè)序平臺(tái)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息,。

宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組的概念:宏轉(zhuǎn)錄組是特定時(shí)期,、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA(轉(zhuǎn)錄本)的匯合,。通過對(duì)這些轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行大規(guī)模高通量測(cè)序,,可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息。這種技術(shù)不只具有宏基因組技術(shù)的全部?jī)?yōu)點(diǎn),,可以檢測(cè)環(huán)境中的活性微生物,、活性轉(zhuǎn)錄本以及活性功能進(jìn)行研究,還可以比較不同環(huán)境下的差異表達(dá)基因和差異功能途徑,,揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機(jī)制,,探索環(huán)境與微生物之間的互作機(jī)理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序有什么樣的樣品要求,?杭州全轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)無需了解物種基因信息,,能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析。江蘇高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

眾所周知,不同多組學(xué)服務(wù),,質(zhì)譜檢測(cè),,蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué)采取了不同的轉(zhuǎn)變方式,。當(dāng)前的主流發(fā)展可以大致歸納為:以專業(yè)類為象征的服務(wù)終端,,擁有多種穩(wěn)定的信息來源及渠道的支持。新誕生的商務(wù)服務(wù),,不僅可實(shí)現(xiàn)跨系統(tǒng),、跨協(xié)議的服務(wù)互通,更可以為企業(yè)提供一體化,、自動(dòng)化解決方案 ,,減少系統(tǒng)開發(fā)周期,助力企業(yè)數(shù)字化升級(jí)飛速落地,。作為中國(guó)優(yōu)先的數(shù)字化服務(wù)平臺(tái),,有限責(zé)任公司(自然)企業(yè)積極探索勇于實(shí)踐,助力公益扶貧向可持續(xù)的系統(tǒng)性扶貧轉(zhuǎn)變,、由建立供應(yīng)鏈向建立生態(tài)圈轉(zhuǎn)變,、由消費(fèi)互聯(lián)網(wǎng)向產(chǎn)業(yè)互聯(lián)網(wǎng)轉(zhuǎn)變。數(shù)字化浪潮席卷而來,數(shù)字經(jīng)濟(jì)的多個(gè)維度在銷售顯露,。根據(jù)數(shù)字經(jīng)濟(jì)指標(biāo)報(bào)告顯示,新零售、新商業(yè),、新消費(fèi),、新賦能的諸多改變,創(chuàng)造了頗多實(shí)踐場(chǎng)景,積累了值得借鑒的發(fā)展經(jīng)驗(yàn),。江蘇高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

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