廣義上來(lái)說(shuō),，目前一共有4種解析“空間性轉(zhuǎn)錄組”的策略：2.第一種是利用計(jì)算機(jī)算法,，根據(jù)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來(lái)模擬重構(gòu)組織的空間形態(tài),。例如Seurat，這是一個(gè)在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中***用到的R包,，我們可以利用scRNA-seq數(shù)據(jù),，加上對(duì)markegene進(jìn)行原位測(cè)序的結(jié)果來(lái)重構(gòu)組織的空間信息。3.第二種,，激光顯微切割+二代測(cè)序（LCM+NGS）,。這種技術(shù)對(duì)儀器和實(shí)驗(yàn)人員的操作要求較高，而且獲取的通量也比較低,，如果組織非常珍貴或者研究的內(nèi)容十分精細(xì),，可以考慮這個(gè)。但是這種策略比較難被官方干運(yùn)用,。4.第三種策略,，就是基于高分辨圖像的原位測(cè)序。**經(jīng)典的是smFISH當(dāng)然,，這種方法的通量比較低,。當(dāng)然隨著技術(shù)的發(fā)現(xiàn)，剛發(fā)布的FISH-seq技術(shù)通過(guò)多輪雜交的方式,，已經(jīng)把測(cè)序通量提高到了10000+個(gè)轉(zhuǎn)錄本,。5.***就是“基于空間條形碼（spatialbarcodes）的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)。本文主要討論的也就是這種技術(shù),。后面主要討論的都是基于這種策略,。 對(duì)于 EDA 以外的任務(wù)，用戶仍然經(jīng)常需要學(xué)習(xí)新的語(yǔ)法,，轉(zhuǎn)換對(duì)象類型,，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)仍然面臨許多挑戰(zhàn)。北京歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組使用

第二,，數(shù)據(jù)庫(kù)的建立,。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長(zhǎng)，但尚未有對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成,。第三,，研究物種及組織的多樣化。在當(dāng)前時(shí)代,，除 LCM 之外,，研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究相對(duì)滯后,。對(duì)除人類和小鼠以外的其他生物以及除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化,，將為開(kāi)發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景。第四,，集成度高,、交互性強(qiáng)、易擴(kuò)展,、文檔信息完善的開(kāi)源工作流程的開(kāi)發(fā),。該類工具的開(kāi)發(fā)將簡(jiǎn)化不同類型空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的整合和分析,。黑龍江技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組通過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐,。

BayesSpace是一種基于空間轉(zhuǎn)錄組模型的聚類方法,，通過(guò)對(duì)基因表達(dá)矩陣的低維表示進(jìn)行建模并通過(guò)空間先驗(yàn)鼓勵(lì)相鄰點(diǎn)屬于同一簇來(lái)實(shí)現(xiàn)空間聚類。與以前的方法相比,，BayesSpace允許對(duì)聚類結(jié)構(gòu)和錯(cuò)誤項(xiàng)進(jìn)行更靈活的規(guī)范,。BayeSpace通過(guò)***使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將預(yù)處理數(shù)據(jù)作為輸入，無(wú)縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中,，輸出同樣存儲(chǔ)在SingleCellExperiment對(duì)象中,，該對(duì)象可用于下游分析。BayesSpace增強(qiáng)的空間聚類提供了一個(gè)更高分辨率的組織類型圖,。值得注意的是,，增強(qiáng)后的空間聚類識(shí)別了沿**邊界的淋巴組織區(qū)域和可能的免疫浸潤(rùn)到**中的區(qū)域，這些區(qū)域在原來(lái)的分辨率下是無(wú)法辨別的,。

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達(dá)解決方案是目前可選的一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案,。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標(biāo)準(zhǔn)方法中，從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達(dá)情況,，同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息,。空間轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)前沿技術(shù),，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作,，例如組織類型的選擇、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì),、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容,。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗,。Science發(fā)表了將組織擴(kuò)展和原位RNA測(cè)序結(jié)合起來(lái)的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq,。

許多當(dāng)前時(shí)代空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的基礎(chǔ)都是在自七十年代以來(lái)的幾十年間建立的。例如,，于1976 年首先使用紫外線激光來(lái)切割組織,。當(dāng)前流行的技術(shù),，例如空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（ST）和 10X Visium 依靠這種微陣列技術(shù),，區(qū)別就在于是從放置在微陣列載玻片上的組織上而不是從溶液中來(lái)捕獲轉(zhuǎn)錄本信息。當(dāng)前時(shí)代的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)大致分為五類方向：激光顯微切割（LCM）,，單分子熒光原位雜交（smFISH）,，靶向原位測(cè)序（ISS），原位陣列捕獲和 其他非成像技術(shù),?？臻g轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析軟件開(kāi)發(fā)語(yǔ)言統(tǒng)計(jì)情況,。湖北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組是什么

歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù),，助力各位科研工作者取得新的突破,。北京歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組使用

空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些？一,、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜：借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué),，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟。目前的多項(xiàng)研究通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù),，得到多個(gè)***的時(shí)空轉(zhuǎn)錄組圖譜（相關(guān)研究后續(xù)會(huì)在如下專輯更新）,。二、描繪胚胎發(fā)育和空間藍(lán)圖：胚胎發(fā)育是一個(gè)復(fù)雜的過(guò)程,，其中動(dòng)態(tài)變化在生物分子水平上迅速發(fā)生,。對(duì)這種微觀變化的時(shí)間和空間方面的分析都具有挑戰(zhàn)性。預(yù)期使用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)可以表征胚胎發(fā)育的空間表達(dá)藍(lán)圖,。北京歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組使用

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大,，現(xiàn)有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)，各種專業(yè)設(shè)備齊全,。專業(yè)的團(tuán)隊(duì)大多數(shù)員工都有多年工作經(jīng)驗(yàn),，熟悉行業(yè)專業(yè)知識(shí)技能，致力于發(fā)展歐易生物的品牌,。公司以用心服務(wù)為重點(diǎn)價(jià)值,，希望通過(guò)我們的專業(yè)水平和不懈努力，將檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù),。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,，經(jīng)相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品,、生化產(chǎn)品的研發(fā),，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品,、監(jiān)控化學(xué)品,、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售,，儀器儀表的銷售,，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),，會(huì)務(wù)服務(wù),，企業(yè)管理咨詢。等業(yè)務(wù)進(jìn)行到底。上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司主營(yíng)業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù),，科研檢測(cè),，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢,，堅(jiān)持“質(zhì)量保證,、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針,，贏得廣大客戶的支持和信賴,。