廣義上來說，目前一共有4種解析“空間性轉(zhuǎn)錄組”的策略：2.第一種是利用計算機(jī)算法,，根據(jù)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來模擬重構(gòu)組織的空間形態(tài),。例如Seurat，這是一個在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中***用到的R包,，我們可以利用scRNA-seq數(shù)據(jù),，加上對markegene進(jìn)行原位測序的結(jié)果來重構(gòu)組織的空間信息。3.第二種,，激光顯微切割+二代測序（LCM+NGS）。這種技術(shù)對儀器和實驗人員的操作要求較高,，而且獲取的通量也比較低,，如果組織非常珍貴或者研究的內(nèi)容十分精細(xì),，可以考慮這個,。但是這種策略比較難被官方干運(yùn)用。4.第三種策略,，就是基于高分辨圖像的原位測序,。**經(jīng)典的是smFISH當(dāng)然，這種方法的通量比較低,。當(dāng)然隨著技術(shù)的發(fā)現(xiàn)，剛發(fā)布的FISH-seq技術(shù)通過多輪雜交的方式,，已經(jīng)把測序通量提高到了10000+個轉(zhuǎn)錄本。5.***就是“基于空間條形碼（spatialbarcodes）的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù),。本文主要討論的也就是這種技術(shù),。后面主要討論的都是基于這種策略。 空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞通訊分析方法簡介及實操,。江西空間轉(zhuǎn)錄組使用

基于原位測序的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù),?；谠粶y序（ISS）的方法通過測序產(chǎn)生空間轉(zhuǎn)錄組信息,，這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個探針與模板匹配，不匹配的探針就會被洗掉,。2013年開發(fā)的ISS中,，每個探針使用一個查詢堿基來測序基因條形碼,。FISSEQ和后來的EXeq使用了SOLiD，每個探針使用兩個查詢堿基來測序環(huán)化和RCA擴(kuò)增的cDNAs,。在STARmap中,，基因條形碼由SEDAL測序,，其中還使用了兩個類似固體的查詢堿基來避免錯誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針,?；贗SS技術(shù)的優(yōu)勢包括：單細(xì)胞分辨率,、亞細(xì)胞轉(zhuǎn)錄物定位和可應(yīng)用于更大的組織區(qū)域,。缺點(diǎn)是：檢測效率較低,。廣東空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案。

盡管前傳時代的空間技術(shù)被迅速棄用,，但其思想和方法是當(dāng)今時代空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ),。在過去的 5 年中,，隨著眾多新技術(shù)的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術(shù)解決方案的商業(yè)化普及,，該領(lǐng)域得到了快速的發(fā)展,。一,、實驗技術(shù)有待改進(jìn),。我們可以做更多的事情來改善實驗技術(shù),。例如 組織切片技術(shù)的發(fā)展,、 smFISH 和 ISS 技術(shù)的實驗技術(shù)優(yōu)化,、高效率的計算工具實現(xiàn)真正的 3D 空間轉(zhuǎn)錄組或者空間時序轉(zhuǎn)錄組等,。二，數(shù)據(jù)庫的建立,。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長,，但尚未有對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成,。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準(zhǔn)確性高嗎,？下圖是一個將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用于小鼠海馬體研究的案例,。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果,，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達(dá),，和已知的研究結(jié)果一致性較高,。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準(zhǔn)備,？空間轉(zhuǎn)錄組是一項十分前沿的技術(shù),，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作,，例如組織類型的選擇,、前期預(yù)實驗的設(shè)計、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容,。而且實驗中存在很多不確定性因素,，處理不慎容易導(dǎo)致整個項目失敗,。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐,。

歐易生物高級技術(shù)支持陳老師首先給大家介紹了空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的發(fā)展歷程,、測序流程及原理,。緊接著，歐易生物技術(shù)支持姚老師針對目前空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)表的一系列高分文章進(jìn)行了方案設(shè)計的解析,。姜老師給大家詳細(xì)介紹了空間轉(zhuǎn)錄組項目樣本準(zhǔn)備,、切片、貼片等實驗過程及注意事項,，并帶領(lǐng)大家到實驗室實地觀摩了整個實驗過程,，并就其中細(xì)節(jié)進(jìn)行了講解。董老師針對空間轉(zhuǎn)錄組10x Space Ranger的分析原理及結(jié)果進(jìn)行了詳細(xì)解析,，并介紹了使用Seurat包進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘的標(biāo)準(zhǔn)分析流程,。空間轉(zhuǎn)錄組的組學(xué)板塊包括cDNA的合成,、擴(kuò)增,、接頭連接和測序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 ,?？臻g轉(zhuǎn)錄組做什么

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析軟件開發(fā)語言統(tǒng)計情況。江西空間轉(zhuǎn)錄組使用

 **近,，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究炙手可熱,。細(xì)胞及其在組織樣本中的相對位置之間的關(guān)系對于理解疾病病理可能至關(guān)重要?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一項開創(chuàng)性的技術(shù),，它使科學(xué)家能夠測量組織樣本中的所有基因活性，并繪制出發(fā)生該活性的位置的圖,。該技術(shù)已經(jīng)導(dǎo)致了新發(fā)現(xiàn),，這些新發(fā)現(xiàn)將有助于幫助科學(xué)家更好地了解生物過程和疾病。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于**,、免疫,、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向,。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破,。江西空間轉(zhuǎn)錄組使用

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司是一家檢驗檢測服務(wù),。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動,，具體經(jīng)營項目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品,、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險品化學(xué)品,、監(jiān)控化學(xué)品,、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售,，儀器儀表的銷售,，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),，會務(wù)服務(wù),，企業(yè)管理咨詢。的公司,，是一家集研發(fā),、設(shè)計、生產(chǎn)和銷售為一體的專業(yè)化公司,。歐易生物擁有一支經(jīng)驗豐富,、技術(shù)創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團(tuán)隊，以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供科研服務(wù),，科研檢測,，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢,。歐易生物繼續(xù)堅定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,，既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長，又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,，實現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破,。歐易生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康行業(yè)。滿足市場需求,，提高產(chǎn)品價值,，是我們前行的力量。