空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的是根據(jù)每個芯片上每個 spot 的基因表達(dá)信息進(jìn)行聚類,，然后將 spot 根據(jù)坐標(biāo)位置序列放回到組織的圖像上,，同時可以對每個 gene 在組織上表達(dá)的空間位置進(jìn)行定位。獲得測序數(shù)據(jù)后，首先利用 Space Ranger  軟件可以自動化的對圖像進(jìn)行處理,、數(shù)據(jù)比對和 Barcode 處理,。另外一個軟件 Loupe Cell Browser 是一個適用于 Windows 和 MacOS 的桌面應(yīng)用程序,，它可以快速,、輕松地可視化和分析10X Visium 數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),，致力通過質(zhì)量的服務(wù),，助力各位科研工作者取得新的突破?？臻g轉(zhuǎn)錄組這對于發(fā)育生物學(xué)等眾多領(lǐng)域的研究都具有重要的意義,。技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些？一,、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜：借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué),，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟。目前的多項(xiàng)研究通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù),，得到多個***的時空轉(zhuǎn)錄組圖譜（相關(guān)研究后續(xù)會在如下專輯更新）,。二、描繪胚胎發(fā)育和空間藍(lán)圖：胚胎發(fā)育是一個復(fù)雜的過程，其中動態(tài)變化在生物分子水平上迅速發(fā)生,。對這種微觀變化的時間和空間方面的分析都具有挑戰(zhàn)性,。預(yù)期使用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)可以表征胚胎發(fā)育的空間表達(dá)藍(lán)圖。山東宣傳空間轉(zhuǎn)錄組作者通過對三個人類腦皮層組織的空間轉(zhuǎn)錄組測序,，可評估不同腦皮層區(qū)域中基因表達(dá)特征和細(xì)胞類型定位情況,。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)現(xiàn)原理是什么？10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域,，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm,，包含5000個被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots），每個點(diǎn)的直徑為55 μm,，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm，并且每個點(diǎn)都有一個barcode序列,。組織切片的細(xì)胞中會釋放出mRNA,，遷移到每個spot的mRNA會被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫構(gòu)建并進(jìn)行測序,。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化,。

1. 10x  Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域,，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots）,，每個點(diǎn)的直徑為55 μm,，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm，并且每個點(diǎn)都有一個barcode序列,。10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)主要分為兩部分：組織學(xué)板塊和組學(xué)板塊,。組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片,、固定,、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息,；組學(xué)板塊包括cDNA的合成,、擴(kuò)增、接頭連接和測序,，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 ,。對于 EDA 以外的任務(wù)，用戶仍然經(jīng)常需要學(xué)習(xí)新的語法,，轉(zhuǎn)換對象類型,，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)仍然面臨許多挑戰(zhàn)。

10xVisium空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理為將新鮮冷凍的組織切片，置于文庫制備載玻片上,，經(jīng)過固定,、染色和透化后，釋放出mRNA,，mRNA與空間條形碼捕獲探針相結(jié)合,，從而捕獲基因表達(dá)信息。然后將捕獲的mRNA合成cDNA并制備測序文庫進(jìn)行測序,，并對數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化分析,。空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當(dāng)今**前沿的科研技術(shù),，相信很多老師都希望將其運(yùn)用于自己的課題中,，快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),，致力通過質(zhì)量的服務(wù),，助力各位科研工作者取得新的突破。分享歐易生物在空間轉(zhuǎn)錄組樣本處理,、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗(yàn),，助力各位科研工作者取得新的突破。河北技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組樣本的組織切片的細(xì)胞中會釋放出mRNA,，遷移到每個spot的mRNA會被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列,。技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些？一,、發(fā)現(xiàn)疾病的空間異質(zhì)性：同時了解患病組織中的細(xì)胞類型及其定位有助于解決空間分辨的轉(zhuǎn)錄組學(xué)問題,。在不同的環(huán)境下，明智地選擇這些方法在生物學(xué)研究中也是至關(guān)重要的,，例如在神經(jīng)科學(xué)中,，基于FISH的方法很普遍；基于LCM的方法適用于小樣本（例如臨床樣本）以及整個轉(zhuǎn)錄組或基因組分析,。二,、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜：借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟,。目前的多項(xiàng)研究通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù),，得到多個***的時空轉(zhuǎn)錄組圖譜（相關(guān)研究后續(xù)會在如下專輯更新）。技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司是一家檢驗(yàn)檢測服務(wù),。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動，具體經(jīng)營項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品,、生化產(chǎn)品的研發(fā),，醫(yī)藥中間體,、化工原料及產(chǎn)品（除危險品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品,、易制毒化學(xué)品）的研發(fā),、銷售，儀器儀表的銷售,，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢,、技術(shù)服務(wù)，會務(wù)服務(wù),，企業(yè)管理咨詢,。的公司，是一家集研發(fā),、設(shè)計,、生產(chǎn)和銷售為一體的專業(yè)化公司。歐易生物擁有一支經(jīng)驗(yàn)豐富,、技術(shù)創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團(tuán)隊(duì),，以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供科研服務(wù)，科研檢測,，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢,。歐易生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,，既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長，又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,，實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破,。歐易生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康行業(yè)。滿足市場需求,，提高產(chǎn)品價值,，是我們前行的力量。