什么是空間轉(zhuǎn)錄組?空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù),,從而解析單個(gè)組織切片中的所有mRNA,。空間條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,,使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能,。單細(xì)胞RNA測序或組織樣本RNA測序,均無法為研究人員提供精確的空間信息,。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置的轉(zhuǎn)錄信息,,為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),,致力通過質(zhì)量的服務(wù),,助力各位科研工作者取得新的突破??臻g轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果為未來人類心臟發(fā)育的研究提供重要的借鑒意義,。應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組使用
早期空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強(qiáng)子捕獲篩選,開發(fā)于二十世紀(jì)八十年代,,當(dāng)時(shí) DNA 測序通量正在增加,,動(dòng)物基因組是新開放的前沿領(lǐng)域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進(jìn)行的,,目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達(dá)情況,。隨著通量的增加,增強(qiáng)子和基因捕獲技術(shù)在九十年代成為空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的技術(shù),,直到 WMISH 在九十年代后期興起,。WMISH 技術(shù)的自動(dòng)化程度較高,,避免了對(duì)轉(zhuǎn)基因品系的依賴,同時(shí)由于在二十一世紀(jì)初獲得物種的參考基因組信息變得越來越便利,,探針設(shè)計(jì)因此也更為方便,。江蘇歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組如何通過“HE染色”判斷空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目樣本是否為“好的樣本”呢?
空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理是什么,?當(dāng)組織冷凍切片附在空間轉(zhuǎn)錄組載片上時(shí),,條形碼引物結(jié)合并從組織中捕獲鄰近的mRNA。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄,,得到的cDNA中包含了空間條形碼,。分析Illumina測序結(jié)果中空間條形碼的序列,可以將每個(gè)mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的起始位置,??臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能,。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),,致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破,。
空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當(dāng)今前沿的科研技術(shù),,相信很多老師都希望將其運(yùn)用于自己的課題中,快速發(fā)表高分文章,。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),,致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破,。由上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司(以下簡稱“歐易生物”)主辦的“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)培訓(xùn)班”落下帷幕,。培訓(xùn)中,歐易講師團(tuán)隊(duì)以其豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)及專業(yè)的生信能力,,從空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的發(fā)展歷程,、測序原理、實(shí)驗(yàn)實(shí)操及數(shù)據(jù)挖掘等多維度,,向遠(yuǎn)道而來的學(xué)員們展開了系統(tǒng)性的培訓(xùn),。
空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失。
1. 空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù),,從而解析單個(gè)組織切片中的所有mRNA,。空間轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,,空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能,。單細(xì)胞RNA測序或組織樣本RNA測序,均無法為研究人員提供精確的空間信息,。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置的轉(zhuǎn)錄信息,,為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐,。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于免疫、發(fā)育,、神經(jīng)和病理等研究方向。過真實(shí)研究案例聚焦包括單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組,、單細(xì)胞基因組,、單細(xì)胞代謝組、空間轉(zhuǎn)錄組,。江蘇空間轉(zhuǎn)錄組價(jià)格
空間轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)前沿技術(shù),,涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作。應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組使用
空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)包含兩種芯片,,分別為組織優(yōu)化芯片(Tissue Optimization)和基因表達(dá)芯片(Library Preparation),。組織優(yōu)化芯片用來摸索組織透化的比較好時(shí)間,基因表達(dá)芯片用來進(jìn)行正式樣本的空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn),。其中基因表達(dá)芯片上有 4 個(gè)捕獲區(qū)域,,每個(gè)區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm,每個(gè)捕獲區(qū)域中有 5000 個(gè)帶有特異地址序列的探針簇,,稱為 barcoded spots,,每個(gè) spot 直徑為 55um,包含數(shù)百萬個(gè)用于捕獲的 oligo 探針序列,,相鄰兩個(gè) spot 的中心距離為 100um,。探針序列的結(jié)構(gòu)為:測序引物結(jié)合序列,16nt 的位置序列,,12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列,。應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組使用
上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大,現(xiàn)有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì),,各種專業(yè)設(shè)備齊全,。專業(yè)的團(tuán)隊(duì)大多數(shù)員工都有多年工作經(jīng)驗(yàn),熟悉行業(yè)專業(yè)知識(shí)技能,,致力于發(fā)展歐易生物的品牌,。公司堅(jiān)持以客戶為中心、檢驗(yàn)檢測服務(wù),。(依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動(dòng),具體經(jīng)營項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn))一般項(xiàng)目:生物醫(yī)藥產(chǎn)品,、生化產(chǎn)品的研發(fā),,醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品(除危險(xiǎn)品化學(xué)品,、監(jiān)控化學(xué)品,、易制毒化學(xué)品)的研發(fā),、銷售,儀器儀表的銷售,,并提供相關(guān)技術(shù)咨詢,、技術(shù)服務(wù),會(huì)務(wù)服務(wù),,企業(yè)管理咨詢,。市場為導(dǎo)向,重信譽(yù),,保質(zhì)量,,想客戶之所想,急用戶之所急,,全力以赴滿足客戶的一切需要,。上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司主營業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù),科研檢測,,學(xué)術(shù)研究,,技術(shù)咨詢,堅(jiān)持“質(zhì)量保證,、良好服務(wù),、顧客滿意”的質(zhì)量方針,贏得廣大客戶的支持和信賴,。