轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取，目前已有多種技術(shù)策略被開發(fā)報(bào)道,， 如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（Spatial Transcriptomics,，ST）和 Visium 技術(shù)，通過將包含空間位置信息的條形碼,、UMI 標(biāo)簽,、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上，來捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉(zhuǎn)錄本,，并獲取全轉(zhuǎn)錄組水平的基因表達(dá)及位置信息,。一些無需成像即可計(jì)算重建空間基因表達(dá)模式所需信息的技術(shù)也被開發(fā)了出來，其中之一就是是 DNA 顯微技術(shù),，它記錄 cDNA 之間的接近度,，該信息可用于重建轉(zhuǎn)錄本之間的相對位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)重點(diǎn)為特殊的載玻片,。安徽空間轉(zhuǎn)錄組做什么

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理是什么？當(dāng)組織冷凍切片附在空間轉(zhuǎn)錄組載片上時(shí),，條形碼引物結(jié)合并從組織中捕獲鄰近的mRNA,。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄，得到的cDNA中包含了空間條形碼,。分析Illumina測序結(jié)果中空間條形碼的序列,，可以將每個(gè)mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的起始位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,，空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),，致力通過質(zhì)量的服務(wù),，助力各位科研工作者取得新的突破。生物技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組是什么正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點(diǎn)得到蓬勃發(fā)展,。

1. 10x  Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域,，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots）,，每個(gè)點(diǎn)的直徑為55 μm,，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm,，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)主要分為兩部分：組織學(xué)板塊和組學(xué)板塊,。組織學(xué)板塊包括樣品的包埋,、切片、固定,、染色及成像,，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息；組學(xué)板塊包括cDNA的合成,、擴(kuò)增,、接頭連接和測序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 ,。

空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必要性,。研究單細(xì)胞我們想要探究細(xì)胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細(xì)胞是將細(xì)胞解離成單細(xì)胞懸液,，然后利用單細(xì)胞分離技術(shù)（微孔,，微板，液滴）等方法實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞建庫,，這里比較大的問題是是細(xì)胞失去了原本在組織的空間信息,。然而這個(gè)空間信息在實(shí)際研究中有很重要。特別是在研究細(xì)胞命運(yùn)機(jī)制及細(xì)胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要,，因此發(fā)展空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實(shí)現(xiàn)細(xì)胞的位置信息的保留,，對研究此類細(xì)胞狀態(tài)尤為必要。10x? Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域,，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm,。

當(dāng)前的技術(shù)主要有四種策略：1、基于組學(xué)實(shí)驗(yàn)結(jié)合空間重建的計(jì)算策略,。這種計(jì)算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢,，從單個(gè)細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而,，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局,。2、激光切割與NGS測序結(jié)合的策略,?；贚CM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低,，但是在可以標(biāo)記成千上萬個(gè)單個(gè)細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前,，將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價(jià)值,。3,、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學(xué),。基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測區(qū)域,，但也存在一些問題,，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個(gè)細(xì)胞,。4,、基于寡核苷酸的空間條碼加上NGS測序,。費(fèi)用較高且無法在單個(gè)細(xì)胞中獲得轉(zhuǎn)錄組,。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐,。江西技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

本次培訓(xùn)班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點(diǎn)和方案設(shè)計(jì),。安徽空間轉(zhuǎn)錄組做什么

1. 空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織,、冷凍,、切片，并進(jìn)行HE染色成像,，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域,。空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟B,。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上,，并進(jìn)行固定和透化，使細(xì)胞中的 mRNA 得到釋放,，并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上,，從而獲取基因表達(dá)信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟c,。逆轉(zhuǎn)和文庫構(gòu)建：以捕獲的 RNA 為模板，進(jìn)行 cDNA 合成,，和測序文庫制備,。空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟d,。高通量上機(jī)測序：對制備好的測序文庫,，進(jìn)行二代高通量短讀長測序?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟e,。數(shù)據(jù)可視化分析：結(jié)合HE結(jié)果，確定哪些基因有表達(dá),，表達(dá)量高低,，以及這些基因的空間位置信息,。安徽空間轉(zhuǎn)錄組做什么

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