空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理是什么,？當組織冷凍切片附在空間轉(zhuǎn)錄組載片上時,，條形碼引物結(jié)合并從組織中捕獲鄰近的mRNA。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄,，得到的cDNA中包含了空間條形碼,。分析Illumina測序結(jié)果中空間條形碼的序列，可以將每個mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的起始位置,?？臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,，空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,，致力通過質(zhì)量的服務(wù),，助力各位科研工作者取得新的突破。結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),，作者進一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達的空間注釋信息,。歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域

空間轉(zhuǎn)錄組（Spatial Transcriptomics）就是將基因的表達情況與關(guān)注的組織切片的免疫化學染色圖像進行整合，從而將組織內(nèi)不同細胞的基因表達信息定位到組織的原始空間位置上去,，進而直接觀測組織中不同部位功能區(qū)基因表達的差異,。空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)利用了常規(guī)的原位技術(shù)和組學技術(shù)兩方面的優(yōu)勢,。目前已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有主要有 Spatial Transcriptomics, Slide-seq, LCM-seq, seqFISH, MERFISH, Liver single cell zonation, Geo-seq 和 Tomo-seq, 涉及物種有人,、小鼠、果蠅,、秀麗隱桿線蟲,、斑馬魚、擬南芥,、楊樹和云杉等,。上海空間轉(zhuǎn)錄組有什么用Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細胞*的文章,。

 空間重構(gòu)的計算策略：這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達模式或共表達的趨勢,，從單個細胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細胞間的環(huán)境。然而,，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局,。基于LCM的方法：基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉(zhuǎn)錄組,，盡管其通量很低,，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中,，可能具有一定價值,。基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學：基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學在很大程度上增加了可檢測區(qū)域,，但也存在一些問題,，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復雜背景中提取單個細胞,?？臻g條形碼加高通量：費用較高且無法在單個細胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。

空間轉(zhuǎn)錄組的方法和技術(shù)有哪些,？廣義上講,，現(xiàn)有的生成空間分辨轉(zhuǎn)錄組學的方法可分為四類：用于空間重建的計算策略和組學實驗的組合,，使用激光捕獲顯微切割（LCM）結(jié)合高通量進行直接測量，使用熒光物質(zhì)的基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學 ,，以及基于寡核苷酸的空間條形碼再加上高通量,。每種方法都有其優(yōu)點和缺點?？臻g重構(gòu)的計算策略：這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達模式或共表達的趨勢,，從單個細胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細胞間的環(huán)境。然而,，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局,。基于LCM的方法：基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉(zhuǎn)錄組,，盡管其通量很低,，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中,，可能具有一定價值,。基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學：基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學在很大程度上增加了可檢測區(qū)域,，但也存在一些問題,，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復雜背景中提取單個細胞,?？臻g條形碼加高通量：費用較高且無法在單個細胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。細胞通訊是單細胞研究中一個模擬與理解復雜組織生態(tài)系統(tǒng)動力學的適用方法,。

盡管前傳時代的空間技術(shù)被迅速棄用,，但其思想和方法是當今時代空間轉(zhuǎn)錄組學發(fā)展的基礎(chǔ)。在過去的 5 年中,，隨著眾多新技術(shù)的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術(shù)解決方案的商業(yè)化普及,，該領(lǐng)域得到了快速的發(fā)展。一,、實驗技術(shù)有待改進,。我們可以做更多的事情來改善實驗技術(shù)。例如 組織切片技術(shù)的發(fā)展,、 smFISH 和 ISS 技術(shù)的實驗技術(shù)優(yōu)化、高效率的計算工具實現(xiàn)真正的 3D 空間轉(zhuǎn)錄組或者空間時序轉(zhuǎn)錄組等,。二,，數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長,，但尚未有對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進行匯總集成,。有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù),，包括基因模式的識別，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義等,。天津生物技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù),，從而解析單個組織切片中的所有mRNA。歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域

1. 10x  Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域,，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm,，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm,，點和點之間中心的距離為100 μm,，并且每個點都有一個barcode序列。10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實驗主要分為兩部分：組織學板塊和組學板塊,。組織學板塊包括樣品的包埋,、切片、固定,、染色及成像,，記錄切片的形態(tài)學信息；組學板塊包括cDNA的合成,、擴增,、接頭連接和測序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 ,。歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域

上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司發(fā)展規(guī)模團隊不斷壯大,，現(xiàn)有一支專業(yè)技術(shù)團隊，各種專業(yè)設(shè)備齊全,。歐易生物是上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司的主營品牌,，是專業(yè)的檢驗檢測服務(wù)。（依法須經(jīng)批準的項目,，經(jīng)相關(guān)部門批準后方可開展經(jīng)營活動,，具體經(jīng)營項目以相關(guān)部門批準文件或許可證件為準）一般項目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā),，醫(yī)藥中間體,、化工原料及產(chǎn)品（除危險品化學品、監(jiān)控化學品,、易制毒化學品）的研發(fā),、銷售，儀器儀表的銷售,，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢,、技術(shù)服務(wù)，會務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢,。公司,，擁有自己**的技術(shù)體系。我公司擁有強大的技術(shù)實力,，多年來一直專注于檢驗檢測服務(wù),。（依法須經(jīng)批準的項目，經(jīng)相關(guān)部門批準后方可開展經(jīng)營活動,，具體經(jīng)營項目以相關(guān)部門批準文件或許可證件為準）一般項目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品,、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體,、化工原料及產(chǎn)品（除危險品化學品,、監(jiān)控化學品、易制毒化學品）的研發(fā),、銷售,，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢,、技術(shù)服務(wù),，會務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢,。的發(fā)展和創(chuàng)新,，打造高指標產(chǎn)品和服務(wù)。自公司成立以來,，一直秉承“以質(zhì)量求生存,，以信譽求發(fā)展”的經(jīng)營理念，始終堅持以客戶的需求和滿意為重點,，為客戶提供良好的科研服務(wù),，科研檢測，學術(shù)研究,，技術(shù)咨詢,，從而使公司不斷發(fā)展壯大。