空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)包含兩種芯片，分別為組織優(yōu)化芯片（Tissue Optimization）和基因表達(dá)芯片（Library Preparation）,。組織優(yōu)化芯片用來摸索組織透化的比較好時(shí)間,，基因表達(dá)芯片用來進(jìn)行正式樣本的空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)。其中基因表達(dá)芯片上有 4 個(gè)捕獲區(qū)域,，每個(gè)區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm,，每個(gè)捕獲區(qū)域中有 5000 個(gè)帶有特異地址序列的探針簇，稱為 barcoded spots,，每個(gè) spot 直徑為 55um,，包含數(shù)百萬個(gè)用于捕獲的 oligo 探針序列，相鄰兩個(gè) spot 的中心距離為 100um,。探針序列的結(jié)構(gòu)為：測(cè)序引物結(jié)合序列,，16nt 的位置序列，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列,。本次培訓(xùn)班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點(diǎn)和方案設(shè)計(jì),。河北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用

本文利用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究了在AD小鼠模型中，淀粉樣斑塊周圍直徑為100mm的組織域中發(fā)生的轉(zhuǎn)錄變化,。發(fā)現(xiàn)了富含髓鞘和少突膠質(zhì)細(xì)胞基因（OLIGs）的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的早期改變,，而斑塊誘導(dǎo)的基因（PIGs）的多細(xì)胞基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)涉及補(bǔ)體系統(tǒng),、氧化應(yīng)激、溶酶體和炎癥,，在疾病的后期非常突出,。此外作者通過對(duì)小鼠和人腦切片進(jìn)行原位測(cè)序（ISS），證實(shí)了大多數(shù)觀察到的細(xì)胞水平的變化,?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析為探究AD和其他腦部疾病致病特征附近失調(diào)的細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)提供了可能。青海歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組有什么用空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果為未來人類心臟發(fā)育的研究提供重要的借鑒意義,。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的如火如荼,，伴隨著空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的蓬勃發(fā)展，可以看到,，在現(xiàn)有的高通量檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域,，這兩種技術(shù)已為科學(xué)研究的發(fā)展提供了前所未有的技術(shù)支撐。從2019年單細(xì)胞多組學(xué)被評(píng)為《Nature Methods》年度技術(shù)進(jìn)展,，到2020年空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)也被評(píng)為年度技術(shù)進(jìn)展,，相信在接下來的時(shí)間里，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組將為生命科學(xué)的發(fā)展做出極其重要的貢獻(xiàn),。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的特點(diǎn)在于提供詳實(shí)的每個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄表達(dá)信息,，但是缺失了來源組織的空間組成信息。現(xiàn)有商用空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的特點(diǎn)在于提供了完整的組織空間位置信息,，但是每個(gè)捕獲spot的信息無法達(dá)到單細(xì)胞分辨率（10個(gè)左右細(xì)胞）,。因此，這兩個(gè)技術(shù)的存在是天然互補(bǔ)的,，而將兩者的結(jié)合也是水到渠成,，完美結(jié)合。

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達(dá)解決方案是目前可選的一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案,。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標(biāo)準(zhǔn)方法中,，從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達(dá)情況，同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息,?？臻g轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)前沿技術(shù)，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作,，例如組織類型的選擇,、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容,。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素,，處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗。空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞通訊分析方法簡(jiǎn)介及實(shí)操,。

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程,。將準(zhǔn)備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上。每個(gè)細(xì)胞中的RNA分子都包含著基因表達(dá)的信息,。組織切片成像,，以檢索組織學(xué)信息。這樣就可以看到一個(gè)細(xì)胞或一組細(xì)胞在組織中的位置,?？臻g轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個(gè)捕獲的spot，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾,。這些陣列的排列順序就像一個(gè)棋盤,，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測(cè)位于同一個(gè)正方形中。這樣就可以確定每個(gè)捕獲探針及其結(jié)合RNA的來源,。組織切片固定,。該芯片包含一個(gè)與組織切片一起成像的視覺可檢測(cè)框架。了解R語言基礎(chǔ)語法及數(shù)據(jù)類型,，了解空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析整體流程。陜西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組使用

空間轉(zhuǎn)錄組的組學(xué)板塊包括cDNA的合成,、擴(kuò)增,、接頭連接和測(cè)序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 ,。河北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用

高通量空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐,，尤其是在預(yù)處理、scRNA-seq 數(shù)據(jù)的空間重構(gòu),、基于微陣列數(shù)據(jù)的細(xì)胞類型去卷積,、空間高變基因的識(shí)別、細(xì)胞間相互作用的推導(dǎo)等,。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補(bǔ)性質(zhì)的新方法,。對(duì)于未進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的 smFISH 和 ISS 數(shù)據(jù)，可通過 scRNA-seq 數(shù)據(jù)估算空間數(shù)據(jù)中未分析的基因的表達(dá)模式,。此外,，“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)”這一術(shù)語的變體，也用于描述將轉(zhuǎn)錄本定位到細(xì)胞器的技術(shù)（例如 APEX-seq）,，盡管該技術(shù)沒有記錄任何空間坐標(biāo),。河北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司位于聯(lián)航路1188號(hào)25幢，擁有一支專業(yè)的技術(shù)團(tuán)隊(duì),。致力于創(chuàng)造***的產(chǎn)品與服務(wù),，以誠(chéng)信、敬業(yè),、進(jìn)取為宗旨,，以建歐易生物產(chǎn)品為目標(biāo),，努力打造成為同行業(yè)中具有影響力的企業(yè)。我公司擁有強(qiáng)大的技術(shù)實(shí)力,，多年來一直專注于檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù),。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng),，具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品,、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體,、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品,、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā),、銷售,，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢,、技術(shù)服務(wù),，會(huì)務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢,。的發(fā)展和創(chuàng)新,，打造高指標(biāo)產(chǎn)品和服務(wù)。自公司成立以來,，一直秉承“以質(zhì)量求生存,，以信譽(yù)求發(fā)展”的經(jīng)營(yíng)理念，始終堅(jiān)持以客戶的需求和滿意為重點(diǎn),，為客戶提供良好的科研服務(wù),，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究,，技術(shù)咨詢,，從而使公司不斷發(fā)展壯大。