關(guān)于10X Genomics單細(xì)胞平臺(tái)的樣本類型和樣本制備 :10X平臺(tái)在上機(jī)前需要注意細(xì)胞消化后的細(xì)胞團(tuán)塊,獲得分離良好的細(xì)胞懸液,、無細(xì)胞隨便,、極少的細(xì)胞團(tuán)塊,且細(xì)胞活力高(>70%),;此外,,了解您所研究細(xì)胞的大小范圍也很重要。細(xì)胞大小通常與細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān),。各種尺寸不同的細(xì)胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達(dá)解決方案中使用的10X Genomics平臺(tái)兼容,。一般來說,細(xì)胞制備方案將根據(jù)組織來源和細(xì)胞類型而變化,。每種組織類型都是獨(dú)特的,,因此,必須在開始任何單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)之前優(yōu)化樣本制備,,烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗(yàn),,累積10+物種、50+組織的消化protocol,,若您的樣本為組織,,且尚未成功將組織樣本消化成單細(xì)胞懸液,,烈冰將盡可能提供技術(shù)及實(shí)驗(yàn)上的幫助。烈冰全線實(shí)驗(yàn)平臺(tái)滿足超深度,、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復(fù)雜疾病研究的測(cè)序,。青島單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)
一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,,原因在這:?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,,通過降維(pca),,無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式,,因此即使是相同的數(shù)據(jù),,在剔除幾個(gè)細(xì)胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會(huì)出現(xiàn)明顯不同,。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時(shí),,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),都會(huì)對(duì)正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,,造成聚類結(jié)果失真,。這也是很多文章,特別是很多高分文章,,為什么單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了,。烈冰建議單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個(gè)時(shí),數(shù)據(jù)量在100G左右時(shí),,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求,。高通量測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序百萬通量平臺(tái)單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣,為從多維度揭示疾病發(fā)展提供了強(qiáng)有力的工具,。
烈冰與國(guó)內(nèi)高校,、研究所,、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作,,服務(wù)于600+臨床與研究機(jī)構(gòu),,1000+客戶和5000+重要科研項(xiàng)目,助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國(guó)際學(xué)術(shù)期刊(不完全統(tǒng)計(jì)),,在單細(xì)胞領(lǐng)域,烈冰助力用戶發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)30+篇,,總IF>300+,IF>10+以上文章占比65%以上,,包含Immunity,、Nature Cell Biology、Nature Plants ,、Advanced Science等生物領(lǐng)域國(guó)際主流學(xué)術(shù)期刊,已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究,、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機(jī)制,,免疫研究,、腦神經(jīng)、白血病,、胚胎發(fā)育,、糖尿病、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等,。
單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)(Single Cell Sequencing)從一種新興的研究角度,,借助已有的高通量測(cè)序手段,幫助研究者在樣本中細(xì)胞的異質(zhì)性,、免疫微環(huán)境、發(fā)育學(xué),、免疫學(xué)以及其他領(lǐng)域中進(jìn)行單細(xì)胞層面的數(shù)據(jù)解析,,解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題。這樣一個(gè)新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實(shí)驗(yàn)手段來支撐,。BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設(shè)備,,保證了從單細(xì)胞懸液質(zhì)量評(píng)估到單細(xì)胞分選標(biāo)記過程中每一個(gè)實(shí)驗(yàn)步驟的準(zhǔn)確質(zhì)控,。NovelBio單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)借助BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng),,在實(shí)驗(yàn)實(shí)施層面對(duì)單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果的可靠性提供了強(qiáng)有力的保證。繼單細(xì)胞懸液制備之后,,又在另一道關(guān)鍵關(guān)卡提供了可靠的支持,,幫助研究者在單細(xì)胞測(cè)序領(lǐng)域收獲更多的成果。ATCG堿基的排列組合構(gòu)成了測(cè)序的龐大世界,。
單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)再樣本細(xì)胞上機(jī)分選簽,,需要對(duì)細(xì)胞數(shù)量、細(xì)胞活性進(jìn)準(zhǔn)判斷,,這對(duì)Single Cell分選標(biāo)記、建庫,、下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用。如若細(xì)胞計(jì)數(shù)偏高,,將會(huì)影響建庫的成功率,;計(jì)數(shù)偏低,則會(huì)提高雙細(xì)胞的比例,;而細(xì)胞活率過低,就會(huì)使測(cè)序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣,,因此把好單細(xì)胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要,。而在鋪板過程中,,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,不同的液體流速將直接影響單細(xì)胞的入孔效果,。因此烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞分選平臺(tái)配套了專門定制的電動(dòng)移液器,,其具有Prime Treat、Cell Load,、Bead Load,、Wash、Lysis,、Retrieval多種操作模式,,來對(duì)應(yīng)各種不同的操作。通過已經(jīng)設(shè)定的程序來控制液體的流速,,大幅度降低人為操作習(xí)慣帶來的差異,,保證實(shí)驗(yàn)操作的一致性。十二年測(cè)序經(jīng)驗(yàn),,烈冰生物單細(xì)胞多組學(xué)領(lǐng)域的佼佼者,。蘇州10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序商業(yè)化服務(wù)
烈冰科技成立10余年,,為科研學(xué)者提供專注的測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù),。青島單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)
單細(xì)胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個(gè)共同過程,,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進(jìn)行分析。不過,,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同,。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細(xì)胞中分離RNA,,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA,。RNA-seq是使用cDNA來構(gòu)建新一代測(cè)序文庫,,從而測(cè)定整個(gè)轉(zhuǎn)錄組的基因表達(dá),。RT-qPCR則是從cDNA中擴(kuò)增特定靶點(diǎn),,并通過熒光測(cè)定表達(dá)水平,。RT-qPCR限于已知靶點(diǎn),,而RNA-seq可實(shí)現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)分析,。然而,,這兩者只能提供細(xì)胞群體內(nèi)基因表達(dá)的平均情況。單細(xì)胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細(xì)胞分離到微孔或單個(gè)微反應(yīng)容器中,。然后用細(xì)胞特異性的條形碼標(biāo)記RNA,,確保來自每個(gè)細(xì)胞的cDNA可以追溯到起源細(xì)胞,。與RNA-seq相似,,帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測(cè)序文庫,,從而能夠?qū)γ總€(gè)細(xì)胞的整個(gè)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行基因表達(dá)測(cè)定。青島單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司坐落在江月路999號(hào)奇亞特中心22幢,,是一家專業(yè)的生物科技、醫(yī)藥科技,、信息科技,、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓,、技術(shù)咨詢,,市場(chǎng)營(yíng)銷策劃,,市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會(huì)調(diào)查,、社會(huì)調(diào)研,、民意調(diào)查,、民意測(cè)驗(yàn)),,從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),,計(jì)算機(jī),、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】公司,。目前我公司在職員工以90后為主,,是一個(gè)有活力有能力有創(chuàng)新精神的團(tuán)隊(duì),。公司以誠(chéng)信為本,,業(yè)務(wù)領(lǐng)域涵蓋單細(xì)胞測(cè)序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),,空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序,,我們本著對(duì)客戶負(fù)責(zé),,對(duì)員工負(fù)責(zé),更是對(duì)公司發(fā)展負(fù)責(zé)的態(tài)度,,爭(zhēng)取做到讓每位客戶滿意,。公司深耕單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),,空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序,正積蓄著更大的能量,,向更廣闊的空間,、更寬泛的領(lǐng)域拓展。