單細(xì)胞多組學(xué)帶來(lái)的突破 單細(xì)胞測(cè)序方法不但改進(jìn)了實(shí)驗(yàn)過(guò)程,,還幫助科學(xué)家在健康和疾病研究的關(guān)鍵領(lǐng)域取得新進(jìn)展,。那些過(guò)去從轉(zhuǎn)錄平均值或單項(xiàng)參數(shù)讀取中無(wú)法獲得的新發(fā)現(xiàn)正在改變我們對(duì)傳染病、神經(jīng)退行性疾病等疾病的認(rèn)識(shí),。從鑒定新的細(xì)胞類型和狀態(tài),,到揭開疾病用藥應(yīng)答和耐藥的潛在機(jī)制,,單細(xì)胞測(cè)序正在推動(dòng)突破性的研究,有望改變生物學(xué)和醫(yī)療,。無(wú)論是無(wú)法解釋的疾病,,還是人體或自然界中尚未探索的系統(tǒng),曾經(jīng)模糊的東西正變得越來(lái)越清晰,。隨著我們邁向科學(xué)的未來(lái),,我們手頭的工具就像伽利略的望遠(yuǎn)鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數(shù),而定義科學(xué)未來(lái)的知識(shí)新深度是十年前的人們所無(wú)法想象的,。單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析,,認(rèn)準(zhǔn)烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。上海烈冰單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)
基于10X Next GEM技術(shù),,單細(xì)胞測(cè)序一次實(shí)驗(yàn)可以同時(shí)檢測(cè)近萬(wàn)個(gè)細(xì)胞,,可在一個(gè)樣本中同時(shí)獲3'端mRNA表達(dá)譜、如需和免疫組庫(kù)(TCR和BCR)的數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合時(shí),,即某些研究還需結(jié)合基因的表達(dá)譜和V(D)J數(shù)據(jù)進(jìn)行復(fù)雜組織樣本的是影響免疫應(yīng)答分析,,監(jiān)測(cè)免疫療法的效果,研究疾病發(fā)生,、發(fā)展的分子機(jī)制,,可進(jìn)行單細(xì)胞免疫組庫(kù)測(cè)序: 烈冰單細(xì)胞免疫組庫(kù)平臺(tái)具備:1000+項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),一次實(shí)驗(yàn)可同時(shí)獲取1000-20000個(gè)細(xì)胞的文庫(kù)構(gòu)建,,獲得轉(zhuǎn)錄組和免疫組數(shù)據(jù),; 具備完善的免疫組庫(kù)測(cè)序和實(shí)驗(yàn)質(zhì)控流程,獲取V(D)J全長(zhǎng)序列的配對(duì)信息,;豐富的免疫組庫(kù)測(cè)序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn),,實(shí)現(xiàn)專屬個(gè)性化數(shù)據(jù)分析服務(wù),搭配單細(xì)胞分析云平臺(tái),,一鍵導(dǎo)出交互性的動(dòng)態(tài)結(jié)果報(bào)告,。10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序商業(yè)化服務(wù)測(cè)序的革新讓科學(xué)研究從個(gè)體基因差異逐漸轉(zhuǎn)為個(gè)體細(xì)胞的基因差異。
對(duì)于單細(xì)胞測(cè)序而言,,常常需要先構(gòu)建細(xì)胞圖譜,,在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項(xiàng)分析,并且數(shù)據(jù)分析時(shí)以細(xì)胞聚類(cell cluster)為討論對(duì)象,,而不是像常規(guī)Bulk測(cè)序一樣以組別為分析對(duì)象,,因此單細(xì)胞測(cè)序項(xiàng)目對(duì)樣本入組要求沒有Bulk測(cè)序那樣嚴(yán)格,但是單細(xì)胞測(cè)序,,特別是目的為圖譜研究時(shí),,需要通過(guò)提高樣本復(fù)雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構(gòu)建某一疾病類型,、群體細(xì)胞圖譜信息,。因此,,單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)設(shè)計(jì)時(shí)首先需要保證生物學(xué)重復(fù),不同樣本來(lái)源的樣本建議單獨(dú)進(jìn)行細(xì)胞解離和捕獲,、建庫(kù),、測(cè)序,以保證捕獲到足夠的細(xì)胞數(shù),,單個(gè)樣本分別捕獲細(xì)胞時(shí),,后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,,保證分析的完備準(zhǔn)確性,。
科技的發(fā)展讓單細(xì)胞測(cè)序已經(jīng)應(yīng)用于疾病發(fā)展過(guò)程中的關(guān)鍵過(guò)程和事件,如前病變向惡性的轉(zhuǎn)化,、惡性向轉(zhuǎn)移性的發(fā)展,,以及對(duì)多種用藥的反應(yīng),。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)作為一個(gè)需要將組織解離成為單細(xì)胞懸液,,或者是采用細(xì)胞核捕獲的策略捕獲單細(xì)胞核,進(jìn)而對(duì)于每一個(gè)單細(xì)胞或者細(xì)胞核進(jìn)行測(cè)序得到結(jié)果的技術(shù),,其空間定位信息是丟失的,。這就衍生出了一個(gè)問(wèn)題就是如果單細(xì)胞A與B并不出現(xiàn)在一個(gè)組織區(qū)域中他們會(huì)互相影響或者轉(zhuǎn)化么?免疫研究中,,兩個(gè)具有非常強(qiáng)的PDL1-PD1的配對(duì)關(guān)系的細(xì)胞在組織切片上風(fēng)馬牛不相及,,這樣PDL1-PD1的關(guān)系會(huì)生效么?單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái),,烈冰提供高性價(jià)比服務(wù)方案,。
10× Genomics官方建議,當(dāng)單細(xì)胞懸液活性低于70%時(shí)應(yīng)做去除死細(xì)胞操作,,并推薦使用MACS? Dead Cell Removal Kit(Miltenyi Biotec),。需要注意到,去除死細(xì)胞的操作會(huì)損失一定的細(xì)胞數(shù)量,,10× Genomics和Miltenyi Biotec都沒有給出單細(xì)胞懸液含有多少細(xì)胞數(shù)量才建議做去除死細(xì)胞的操作,。基于烈冰多年單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)經(jīng)驗(yàn),,建議當(dāng)細(xì)胞懸液進(jìn)行質(zhì)量和活性檢測(cè)后,,考慮對(duì)細(xì)胞活性在50%-70%的懸液進(jìn)行去除死細(xì)胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),,懸液中細(xì)胞大量死亡,,可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細(xì)胞比例和狀態(tài),失真嚴(yán)重,,建議重新收集樣本進(jìn)行新的實(shí)驗(yàn),,保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性,。烈冰專精單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序領(lǐng)域。成都10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序商業(yè)化服務(wù)
深度的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)解讀助力醫(yī)療健康大時(shí)代,。上海烈冰單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)
烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺(tái),,針對(duì)龐大的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù),能夠?qū)崿F(xiàn)細(xì)胞類型鑒定的快,、精,、準(zhǔn):一鍵導(dǎo)入gene list構(gòu)建個(gè)性化基因列表;輕松一點(diǎn)即可展示Marker基因的Feature plot,;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細(xì)胞類型,;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達(dá)的t-SNE圖,、Heatmap,、Violin圖,還可以通過(guò)調(diào)節(jié)寬,、高和系數(shù)比例來(lái)調(diào)節(jié)美觀,。平臺(tái)上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,,幫助烈冰生信分析團(tuán)隊(duì)和自主分析用戶實(shí)現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動(dòng)化分析,,節(jié)省工作時(shí)間并提升整體工作效率。上海烈冰單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司主營(yíng)品牌有NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造,,發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大,,該公司服務(wù)型的公司。是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè),,隨著市場(chǎng)的發(fā)展和生產(chǎn)的需求,,與多家企業(yè)合作研究,在原有產(chǎn)品的基礎(chǔ)上經(jīng)過(guò)不斷改進(jìn),,追求新型,,在強(qiáng)化內(nèi)部管理,完善結(jié)構(gòu)調(diào)整的同時(shí),,良好的質(zhì)量,、合理的價(jià)格、完善的服務(wù),,在業(yè)界受到寬泛好評(píng),。公司擁有專業(yè)的技術(shù)團(tuán)隊(duì),具有單細(xì)胞測(cè)序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),,空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序等多項(xiàng)業(yè)務(wù),。烈冰生物自成立以來(lái),,一直堅(jiān)持走正規(guī)化,、專業(yè)化路線,得到了廣大客戶及社會(huì)各界的普遍認(rèn)可與大力支持,。