為什么需要單細胞分辨率,? 生物學(xué)就像宇宙一樣,。它非常復(fù)雜,有許多獨特的單體,,也就是細胞,。這些細胞相互作用并扮演不同的角色,,在更大的體系中構(gòu)建并驅(qū)動多個過程。就像伽利略探索宇宙的努力一樣,,發(fā)現(xiàn)和定義這些細胞也需要高分辨率的工具,,才能解開促成生物學(xué)復(fù)雜性的基因表達異質(zhì)性。單細胞測序能夠在以一個細胞為功能單位中開展生物學(xué)研究,,闡明具體細節(jié),,構(gòu)建出一幅更大、更精細的圖譜,,說明導(dǎo)致產(chǎn)生某種外在表型的不同類型的分子和細胞之間是如何相互作用的:患者為什么會復(fù)發(fā),?是什么讓這種疫苗能夠有效防止傳染等等諸多問題。烈冰單細胞多組學(xué)測序助您探究細胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征,。合肥烈冰單細胞測序
一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲,,小心得不償失,原因在這:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,,而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),,無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的,。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),,在剔除幾個細胞的情況下,,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細胞捕獲數(shù)過多時,,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù),,都會對正常細胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結(jié)果失真,。這也是很多文章,,特別是很多高分文章,,為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時,,數(shù)據(jù)量在100G左右時,,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。南京10X Chromium X單細胞測序服務(wù)公司單個細胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達狀態(tài),,并鑒定細胞的類型,。
單細胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個共同過程,,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進行分析,。不過,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同,。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA,,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構(gòu)建新一代測序文庫,,從而測定整個轉(zhuǎn)錄組的基因表達,。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點,并通過熒光測定表達水平,。RT-qPCR限于已知靶點,,而RNA-seq可實現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達分析。然而,,這兩者只能提供細胞群體內(nèi)基因表達的平均情況,。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或單個微反應(yīng)容器中。然后用細胞特異性的條形碼標(biāo)記RNA,,確保來自每個細胞的cDNA可以追溯到起源細胞,。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測序文庫,,從而能夠?qū)γ總€細胞的整個轉(zhuǎn)錄組進行基因表達測定,。
細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發(fā)生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性,。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析,。但是單細胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結(jié)構(gòu),無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細胞空間排布信息,。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個問題,,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息,在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,,獲得細胞/基因的空間表達特異性,。過去的十年,我們是知識的承載者,;現(xiàn)在,,我們在努力構(gòu)建醫(yī)學(xué)的大數(shù)據(jù)時代,;未來我們將重新定義知識形態(tài)!
單細胞獲得困難,,不同組織要求不盡相同難以搞定,? 烈冰2000+項目消化經(jīng)驗,100+組織類型解離protocol,,精心設(shè)計不同組織實驗的解離,、細胞懸浮實驗體系,確保單細胞的獲得,。 凍存樣本無法實驗,,珍貴樣本無法使用? 烈冰采用國際認可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細胞過濾技術(shù),,確保凍存組織使用。 珍貴樣本,,細胞數(shù)量太少,,消化背景雜無法做單細胞? 采用國際認可的10X Genomics,,BD Rhapsody雙平臺模式,,根據(jù)樣本實際情況和用戶需求提供客觀有效的實驗方案,細胞量少,背景雜也能做單細胞,。 單細胞RNA分類精度不足,,部分細胞無法細分? 烈冰同時采用單細胞蛋白質(zhì)組與單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),,真正做到從上游到下游的全流程檢測,,確保超高的細胞分類精度。單細胞多組學(xué)測序可識別重要的轉(zhuǎn)錄因子,,進行譜系和發(fā)育追蹤,。南昌單細胞測序多組學(xué)測序
附加流式分選細胞表面Marker,對于較低分辨率的標(biāo)志物也能有效鑒定,,助力高要求測序項目,。合肥烈冰單細胞測序
機體為響應(yīng)各種應(yīng)激,其細胞會從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”,;當(dāng)細胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時,,往往會經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,導(dǎo)致一些基因被沉默,,一些基因被重新“喚醒”,,但純化這些瞬態(tài)細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態(tài),。擬時序分析,,即根據(jù)不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,,構(gòu)建細胞譜系發(fā)育,但這里的時間并不是真時間,,而是一個虛擬的時間,,是指的細胞與細胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,,也會存在多種不同的細胞形態(tài),。因此,不論測定了多少樣本,,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉(zhuǎn)化和變化進行描述,。合肥烈冰單細胞測序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司屬于醫(yī)藥健康的高新企業(yè),技術(shù)力量雄厚,。烈冰生物是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè),,一直“以人為本,服務(wù)于社會”的經(jīng)營理念;“誠守信譽,,持續(xù)發(fā)展”的質(zhì)量方針,。公司擁有專業(yè)的技術(shù)團隊,具有單細胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學(xué)測序等多項業(yè)務(wù),。烈冰生物自成立以來,,一直堅持走正規(guī)化、專業(yè)化路線,,得到了廣大客戶及社會各界的普遍認可與大力支持,。