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北京10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析

來源: 發(fā)布時間:2022-06-18

Fluidigm C1平臺作為應用于單細胞測序(Single Cell RNA Sequencing)領(lǐng)域的商業(yè)化分選技術(shù),,基于富魯達(Fluidigm?)的微流控技術(shù),大約在幾個小時中可以捕獲96個左右的細胞,,進行各類的Single-Cell測序建庫,。當然,通量還是比較小,。但不可否認的是,,現(xiàn)在很多非RNA類Single Cell測序,仍然在采用這樣的技術(shù),,如Single Cell DNA-Seq,,Single Cell ATAC-Seq等,都是采用此技術(shù)進行單細胞分選后再分別用不同試劑盒建庫,。所以可以說,,至少在10X和BD,或者其他企業(yè)推出有效的Single DNA測序技術(shù)之前,,C1仍然會是市場上的重要組成部分,。烈冰生物全轉(zhuǎn)錄組測序通過雙文庫構(gòu)建,,實現(xiàn)多種RNA的一網(wǎng)打盡。北京10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析

10× Genomics單細胞方案要求使用具有較高活性的單細胞懸液,。在實際實驗中,,我們發(fā)現(xiàn)因為樣本類型和制備單細胞懸液方法的不同,容易出現(xiàn)單細胞懸液中死亡細胞的比例較高的情況,。去除單細胞懸液中的死細胞和其他污染物對獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)是至關(guān)重要的,。這是因為,死亡的細胞易裂解導致其中的RNA釋放出來,。這種cell-free RNA會導致檢測的背景噪聲,并會影響單細胞數(shù)據(jù)的質(zhì)量,。因此當樣本活性較差時,,對細胞懸液中細胞活性檢測后,需要進行一般死細胞去除的工作(一般懸液活性小于70%時考慮此操作),,以保證較高的上機捕獲細胞的質(zhì)量,。陜西10X單細胞測序數(shù)據(jù)分析培訓班烈冰對于一個細胞群體中的每個細胞單獨進行建庫測序分析。

烈冰生物搭建近10臺10XGemomics平臺,,目前為全國范圍內(nèi)的高校,、醫(yī)院和研究所等單位的科研學者提供鼓舞,10X微流體“雙十字”交叉系統(tǒng)為8或16通道系統(tǒng),,每個通道上限可捕獲20000細胞,,16通道一次可檢測細胞范圍為百萬級別的細胞水平。此外,,單個細胞捕獲效率高達65%,,可準確鑒別稀有細胞類型,利于稀有樣本或小細胞量類型樣本研究,;細胞可適性高,,對細胞大小(直徑超過40um細胞需要制備成細胞核)及類型無限制,。細胞捕獲周期較短,,能夠?qū)崿F(xiàn)自動分離,無需人工操作,,1天內(nèi)可完成從細胞懸液到cDNA文庫構(gòu)建的所有的測序準備工作,。

烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,,深入挖掘其背后的生物學意義,;從操作便捷、結(jié)果可視化,、分析可追溯,、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,,加速科研進程!此外,,烈冰生信團隊根據(jù)豐富的實戰(zhàn)經(jīng)驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器(Single Cell Browser),,不但可以將海量復雜的結(jié)果文件可視化,還是可以實現(xiàn)三維立體化展示的軟件,。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,,專業(yè)的生物學意義交給專業(yè)的您,詳情請咨詢烈冰生物,。烈冰生物為您提供多平臺一站式全流程單細胞測序服務,。

關(guān)于10X Genomics單細胞平臺的樣本類型和樣本制備 :10X平臺在上機前需要注意細胞消化后的細胞團塊,獲得分離良好的細胞懸液,、無細胞隨便,、極少的細胞團塊,且細胞活力高(>70%),;此外,,了解您所研究細胞的大小范圍也很重要。細胞大小通常與細胞表達的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān),。各種尺寸不同的細胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達解決方案中使用的10X Genomics平臺兼容,。一般來說,細胞制備方案將根據(jù)組織來源和細胞類型而變化,。每種組織類型都是獨特的,,因此,必須在開始任何單細胞實驗之前優(yōu)化樣本制備,,烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗,,累積10+物種、50+組織的消化protocol,,若您的樣本為組織,,且尚未成功將組織樣本消化成單細胞懸液,烈冰將盡可能提供技術(shù)及實驗上的幫助,。深度的單細胞測序數(shù)據(jù)解讀助力醫(yī)療健康大時代,。上海二代測序單細胞測序技術(shù)支持

單個細胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達狀態(tài),并鑒定細胞的類型,。北京10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析

單細胞測序技術(shù)(Single Cell Sequencing)從一種新興的研究角度,,借助已有的高通量測序手段,幫助研究者在樣本中細胞的異質(zhì)性,、免疫微環(huán)境,、發(fā)育學、免疫學以及其他領(lǐng)域中進行單細胞層面的數(shù)據(jù)解析,,解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題,。這樣一個新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實驗手段來支撐,。BD Rhapsody單細胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設備,保證了從單細胞懸液質(zhì)量評估到單細胞分選標記過程中每一個實驗步驟的準確質(zhì)控,。NovelBio單細胞實驗團隊借助BD Rhapsody單細胞分選系統(tǒng),,在實驗實施層面對單細胞測序結(jié)果的可靠性提供了強有力的保證。繼單細胞懸液制備之后,,又在另一道關(guān)鍵關(guān)卡提供了可靠的支持,,幫助研究者在單細胞測序領(lǐng)域收獲更多的成果。北京10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司屬于醫(yī)藥健康的高新企業(yè),,技術(shù)力量雄厚,。烈冰生物是一家有限責任公司(自然)企業(yè),一直“以人為本,,服務于社會”的經(jīng)營理念;“誠守信譽,,持續(xù)發(fā)展”的質(zhì)量方針。公司擁有專業(yè)的技術(shù)團隊,,具有單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細胞多組學測序等多項業(yè)務。烈冰生物自成立以來,,一直堅持走正規(guī)化,、專業(yè)化路線,得到了廣大客戶及社會各界的普遍認可與大力支持,。