所謂的高通量測序技術(shù),又名大規(guī)模平行測序,,是將 DNA(或者 cDNA)隨機片段化,、加接頭,制備測序文庫,,通過對文庫中數(shù)以萬計的克隆(colony)進行延伸反應(yīng),,檢測對應(yīng)的信號,獲取序列信息,。與傳統(tǒng)測序法(Sanger法等)相比,高通量測序技術(shù)在處理大規(guī)模樣品時具有明顯的優(yōu)勢,,又快(兩天)又多(數(shù)百萬克?。蔀槟壳敖M學(xué)研究的主要技術(shù),。單細胞測序是一個系統(tǒng)的工程,,開展項目前您可能會先評估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配,如果匹配,,實驗過程如何規(guī)劃,,實驗平臺如何選擇,樣本如何制備,,數(shù)據(jù)如何分析等等,,而在這一切開始之前,我們的服務(wù)就已經(jīng)開始了,,從銷售到實驗到專業(yè)技術(shù)支持,,我們開通全線對接渠道,幫助您快速定位項目訴求,,提供從實驗設(shè)計到文章發(fā)表的全流程,,我們始終是您貼心的科學(xué)合作伙伴。截至2021年10月,,烈冰助力發(fā)表單細胞測序文章近20篇,。吉林單細胞測序服務(wù)
多樣本數(shù)據(jù)合并:Fraction of Reads Kept:合并樣本時,各樣本根據(jù)Mapped Barcoded Reads per Cell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率,。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,,需要進行Downsample處理,,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導(dǎo)致的基因檢測數(shù)量,、基因表達水平的差異,。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義,;從操作便捷、結(jié)果可視化,、分析可追溯,、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,加速科研進程,!南昌單細胞測序技術(shù)支持單細胞科聯(lián)合空間轉(zhuǎn)錄組,,展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達情況,揭示精細病理區(qū)域中“喚醒”的信號通路,。
單細胞測序?qū)嶒炘贅颖炯毎蠙C分選簽,,需要對細胞數(shù)量、細胞活性進準判斷,,這對Single Cell分選標記,、建庫、下機數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用,。如若細胞計數(shù)偏高,,將會影響建庫的成功率;計數(shù)偏低,,則會提高雙細胞的比例,;而細胞活率過低,就會使測序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣,,因此把好單細胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要,。而在鋪板過程中,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,,不同的液體流速將直接影響單細胞的入孔效果,。因此烈冰生物BD Rhapsody單細胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,其具有Prime Treat,、Cell Load,、Bead Load、Wash,、Lysis,、Retrieval多種操作模式,來對應(yīng)各種不同的操作,。通過已經(jīng)設(shè)定的程序來控制液體的流速,,大幅度降低人為操作習(xí)慣帶來的差異,,保證實驗操作的一致性。
二代測序技術(shù)在測序方法上取得了重大突破,,基于“邊合成邊測序”(sequencing by synthesis)和大規(guī)模平行測序技術(shù)(massive parallel analysis,MPS),,使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如Illumina Solexa測序儀,。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構(gòu)建,、簇生成、測序和數(shù)據(jù)分析,。由于讀長限制,,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3'和5'端接上3種序列:1)Index,,用于區(qū)分樣品來源,;2)Adapter,用于結(jié)合測序通道上的位點,;3)Primer binding site,,用于結(jié)合PCR引物啟動擴增反應(yīng)。經(jīng)驗豐富的實驗團隊,,為獲得示組織內(nèi)真實表達水平的高質(zhì)量冷凍切片提供硬件和技術(shù)保障,。
一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,,原因在這:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,,獲得細胞基因表達譜,,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的,。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個細胞的情況下,,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同,。而當(dāng)細胞捕獲數(shù)過多時,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù),,都會對正常細胞聚類產(chǎn)生影響,,造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章,,特別是很多高分文章,,為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時,,數(shù)據(jù)量在100G左右時,,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求,。單細胞測序技術(shù)提供了單個細胞水平下的科學(xué)研究視角。蘇州10X單細胞測序商業(yè)化服務(wù)
從樣本處理到終端數(shù)據(jù)分析,,只要您需要,,烈冰提供全流程的無憂服務(wù)。吉林單細胞測序服務(wù)
單細胞RNA-seq,、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個共同過程,,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進行分析。不過,,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同,。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA,。RNA-seq是使用cDNA來構(gòu)建新一代測序文庫,,從而測定整個轉(zhuǎn)錄組的基因表達。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點,,并通過熒光測定表達水平,。RT-qPCR限于已知靶點,而RNA-seq可實現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達分析,。然而,,這兩者只能提供細胞群體內(nèi)基因表達的平均情況。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或單個微反應(yīng)容器中,。然后用細胞特異性的條形碼標記RNA,,確保來自每個細胞的cDNA可以追溯到起源細胞。與RNA-seq相似,,帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測序文庫,,從而能夠?qū)γ總€細胞的整個轉(zhuǎn)錄組進行基因表達測定。吉林單細胞測序服務(wù)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司致力于醫(yī)藥健康,,以科技創(chuàng)新實現(xiàn)***管理的追求,。烈冰生物作為生物科技、醫(yī)藥科技,、信息科技,、計算機科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓,、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查,、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗),,從事貨物及技術(shù)的進出口業(yè)務(wù),,計算機、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關(guān)部門批準后方可開展經(jīng)營活動】的企業(yè)之一,,為客戶提供良好的單細胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細胞多組學(xué)測序,。烈冰生物致力于把技術(shù)上的創(chuàng)新展現(xiàn)成對用戶產(chǎn)品上的貼心,為用戶帶來良好體驗,。烈冰生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康行業(yè),。滿足市場需求,提高產(chǎn)品價值,,是我們前行的力量,。