為什么需要單細(xì)胞分辨率,? 生物學(xué)就像宇宙一樣。它非常復(fù)雜,,有許多獨(dú)特的單體,,也就是細(xì)胞,。這些細(xì)胞相互作用并扮演不同的角色,,在更大的體系中構(gòu)建并驅(qū)動(dòng)多個(gè)過程。就像伽利略探索宇宙的努力一樣,,發(fā)現(xiàn)和定義這些細(xì)胞也需要高分辨率的工具,,才能解開促成生物學(xué)復(fù)雜性的基因表達(dá)異質(zhì)性。單細(xì)胞測(cè)序能夠在以一個(gè)細(xì)胞為功能單位中開展生物學(xué)研究,,闡明具體細(xì)節(jié),,構(gòu)建出一幅更大、更精細(xì)的圖譜,,說明導(dǎo)致產(chǎn)生某種外在表型的不同類型的分子和細(xì)胞之間是如何相互作用的:患者為什么會(huì)復(fù)發(fā),?是什么讓這種疫苗能夠有效防止傳染等等諸多問題。烈冰生物為您提供多平臺(tái)一站式全流程單細(xì)胞測(cè)序服務(wù),。南京10X單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班
細(xì)胞中基因的表達(dá)是嚴(yán)格按照時(shí)間和空間順序發(fā)生,,因此細(xì)胞類型和基因表達(dá)具有時(shí)間特異性和空間特異性。時(shí)間特異性可以通過收集不同時(shí)間點(diǎn)的樣本進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序來分析,。但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(scRNA-Seq)在單細(xì)胞懸液制備的過程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu),,無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個(gè)問題,,其以點(diǎn)陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息,,在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,獲得細(xì)胞/基因的空間表達(dá)特異性,。武漢10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)遍地開花,,烈冰服務(wù)讓您的醫(yī)學(xué)研究如虎添翼。
單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)(Single Cell Sequencing)從一種新興的研究角度,,借助已有的高通量測(cè)序手段,,幫助研究者在樣本中細(xì)胞的異質(zhì)性、免疫微環(huán)境,、發(fā)育學(xué),、免疫學(xué)以及其他領(lǐng)域中進(jìn)行單細(xì)胞層面的數(shù)據(jù)解析,解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題,。這樣一個(gè)新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實(shí)驗(yàn)手段來支撐,。BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設(shè)備,保證了從單細(xì)胞懸液質(zhì)量評(píng)估到單細(xì)胞分選標(biāo)記過程中每一個(gè)實(shí)驗(yàn)步驟的準(zhǔn)確質(zhì)控,。NovelBio單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)借助BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng),,在實(shí)驗(yàn)實(shí)施層面對(duì)單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果的可靠性提供了強(qiáng)有力的保證,。繼單細(xì)胞懸液制備之后,又在另一道關(guān)鍵關(guān)卡提供了可靠的支持,,幫助研究者在單細(xì)胞測(cè)序領(lǐng)域收獲更多的成果,。
科研的魅力之處,在于無窮盡的探尋生命的本底,,通過單細(xì)胞測(cè)序,,我們對(duì)組織的分子基礎(chǔ)的研究也從初級(jí)到深層,并在單細(xì)胞層面逐漸達(dá)成一致,,那么不禁要問一句,,組織的空間位置到底重不重要?空間異質(zhì)性是功能的關(guān)鍵特征,,細(xì)胞的位置信息更能反應(yīng)細(xì)胞命運(yùn)調(diào)控機(jī)制和細(xì)胞譜系發(fā)生過程,。因此時(shí)間和空間即像組織的AB面,而不可否認(rèn)的是,,此時(shí)空間坐標(biāo)的記錄,,像一個(gè)還未長(zhǎng)大的娃娃,雖未觸及分子基礎(chǔ)研究的深層,,但仍在努力攀登探尋生命本底的下一個(gè)高峰,。經(jīng)驗(yàn)豐富的實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì),為獲得示組織內(nèi)真實(shí)表達(dá)水平的高質(zhì)量冷凍切片提供硬件和技術(shù)保障,。
Single Cell Sequencing技術(shù),,即利用優(yōu)化后的高通量測(cè)序技術(shù)(NGS,Next Generation Sequencing)分析每一個(gè)單個(gè)細(xì)胞的序列信息,,從而更高分辨率地揭示細(xì)胞間的細(xì)胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況,。那么問題來了,如何獲得單個(gè)細(xì)胞,?如果無法獲得單個(gè)細(xì)胞這一切都是不成立的,;如何獲得大批量的單個(gè)細(xì)胞?單個(gè)組織細(xì)胞群體通常在百萬級(jí)別以上,,如果被檢測(cè)的測(cè)序細(xì)胞數(shù)量過小精確度不足,;如何低成本地獲得大批量單個(gè)細(xì)胞?單細(xì)胞測(cè)序成本非常高,,尤其是需要測(cè)2000~3000個(gè)以上的細(xì)胞的時(shí)候,,如果單個(gè)細(xì)胞的分選成本也很高,技術(shù)根本無法普及,。所以,,正因?yàn)檫@些問題的存在使得高通量測(cè)序在單個(gè)細(xì)胞測(cè)序應(yīng)用中的普及度一直不足,直到幾個(gè)突破性技術(shù)的誕生。烈冰斥巨資引進(jìn)Novaseq6000,,開啟更大通量測(cè)序新紀(jì)元,。寧波單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化
單細(xì)胞測(cè)序是高通量測(cè)序下的又一重大技術(shù)突破。南京10X單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析時(shí)的reads數(shù),、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個(gè)細(xì)胞,、100G的測(cè)序量為標(biāo)準(zhǔn),每個(gè)細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右,;每個(gè)細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型,,例如成熟的B,T,,粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中,,由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少,,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降,。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等,,他們的基因表達(dá)數(shù)較高,,甚至可以超過1W,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高,。因此,,我們對(duì)細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時(shí),需要考察實(shí)際組織的細(xì)胞組成,。南京10X單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班
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