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長(zhǎng)沙10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序百萬(wàn)通量平臺(tái)

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-06-28

科研的魅力之處,,在于無窮盡的探尋生命的本底,,通過單細(xì)胞測(cè)序,,我們對(duì)組織的分子基礎(chǔ)的研究也從初級(jí)到深層,,并在單細(xì)胞層面逐漸達(dá)成一致,,那么不禁要問一句,,組織的空間位置到底重不重要,?空間異質(zhì)性是功能的關(guān)鍵特征,,細(xì)胞的位置信息更能反應(yīng)細(xì)胞命運(yùn)調(diào)控機(jī)制和細(xì)胞譜系發(fā)生過程,。因此時(shí)間和空間即像組織的AB面,而不可否認(rèn)的是,,此時(shí)空間坐標(biāo)的記錄,,像一個(gè)還未長(zhǎng)大的娃娃,雖未觸及分子基礎(chǔ)研究的深層,,但仍在努力攀登探尋生命本底的下一個(gè)高峰,。截至2021年10月,,烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測(cè)序文章近20篇,。長(zhǎng)沙10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序百萬(wàn)通量平臺(tái)

一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,,原因在這:?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,,通過降維(pca),,無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式,,因此即使是相同的數(shù)據(jù),,在剔除幾個(gè)細(xì)胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會(huì)出現(xiàn)明顯不同,。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時(shí),無論是假陰性和假陽(yáng)性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),,都會(huì)對(duì)正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,,造成聚類結(jié)果失真,。這也是很多文章,特別是很多高分文章,,為什么單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了,。烈冰建議單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個(gè)時(shí),數(shù)據(jù)量在100G左右時(shí),,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求,。南京10X單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化豐富的測(cè)序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn),烈冰配套全程個(gè)性化,、定制化地?cái)?shù)據(jù)分析服務(wù),。

單細(xì)胞多組學(xué)帶來的突破 單細(xì)胞測(cè)序方法不但改進(jìn)了實(shí)驗(yàn)過程,還幫助科學(xué)家在健康和疾病研究的關(guān)鍵領(lǐng)域取得新進(jìn)展,。那些過去從轉(zhuǎn)錄平均值或單項(xiàng)參數(shù)讀取中無法獲得的新發(fā)現(xiàn)正在改變我們對(duì)傳染病,、神經(jīng)退行性疾病等疾病的認(rèn)識(shí)。從鑒定新的細(xì)胞類型和狀態(tài),,到揭開疾病用藥應(yīng)答和耐藥的潛在機(jī)制,,單細(xì)胞測(cè)序正在推動(dòng)突破性的研究,有望改變生物學(xué)和醫(yī)療,。無論是無法解釋的疾病,,還是人體或自然界中尚未探索的系統(tǒng),曾經(jīng)模糊的東西正變得越來越清晰,。隨著我們邁向科學(xué)的未來,,我們手頭的工具就像伽利略的望遠(yuǎn)鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數(shù),而定義科學(xué)未來的知識(shí)新深度是十年前的人們所無法想象的,。

單細(xì)胞RNA-seq,、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個(gè)共同過程,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進(jìn)行分析,。不過,,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細(xì)胞中分離RNA,,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA,。RNA-seq是使用cDNA來構(gòu)建新一代測(cè)序文庫(kù),從而測(cè)定整個(gè)轉(zhuǎn)錄組的基因表達(dá),。RT-qPCR則是從cDNA中擴(kuò)增特定靶點(diǎn),,并通過熒光測(cè)定表達(dá)水平。RT-qPCR限于已知靶點(diǎn),,而RNA-seq可實(shí)現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)分析,。然而,這兩者只能提供細(xì)胞群體內(nèi)基因表達(dá)的平均情況,。單細(xì)胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細(xì)胞分離到微孔或單個(gè)微反應(yīng)容器中,。然后用細(xì)胞特異性的條形碼標(biāo)記RNA,,確保來自每個(gè)細(xì)胞的cDNA可以追溯到起源細(xì)胞。與RNA-seq相似,,帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測(cè)序文庫(kù),,從而能夠?qū)γ總€(gè)細(xì)胞的整個(gè)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行基因表達(dá)測(cè)定。烈冰生物首批引進(jìn) Chromium X 平臺(tái),,開啟百萬(wàn)級(jí)通量單細(xì)胞測(cè)序新時(shí)代,。

Single Cell Sequencing技術(shù),即利用優(yōu)化后的高通量測(cè)序技術(shù)(NGS,,Next Generation Sequencing)分析每一個(gè)單個(gè)細(xì)胞的序列信息,,從而更高分辨率地揭示細(xì)胞間的細(xì)胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況。那么問題來了,,如何獲得單個(gè)細(xì)胞,?如果無法獲得單個(gè)細(xì)胞這一切都是不成立的;如何獲得大批量的單個(gè)細(xì)胞,?單個(gè)組織細(xì)胞群體通常在百萬(wàn)級(jí)別以上,,如果被檢測(cè)的測(cè)序細(xì)胞數(shù)量過小精確度不足;如何低成本地獲得大批量單個(gè)細(xì)胞,?單細(xì)胞測(cè)序成本非常高,,尤其是需要測(cè)2000~3000個(gè)以上的細(xì)胞的時(shí)候,如果單個(gè)細(xì)胞的分選成本也很高,,技術(shù)根本無法普及,。所以,正因?yàn)檫@些問題的存在使得高通量測(cè)序在單個(gè)細(xì)胞測(cè)序應(yīng)用中的普及度一直不足,,直到幾個(gè)突破性技術(shù)的誕生,。全線搭建10X Genomics Chromium X單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)測(cè)序平臺(tái)。福州單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

單細(xì)胞測(cè)序是高通量測(cè)序下的又一重大技術(shù)突破,。長(zhǎng)沙10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序百萬(wàn)通量平臺(tái)

樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化,,在對(duì)細(xì)胞進(jìn)行清洗和計(jì)數(shù)后,單細(xì)胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上,,直至用于后續(xù)的上機(jī)和文庫(kù)制備步驟,。在理想狀況下,一旦制備好樣本,,應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟,。然而,您還有必要了解各類細(xì)胞的不同性質(zhì),,因?yàn)檫@可能會(huì)影響細(xì)胞應(yīng)在冰上保存的時(shí)間,,以及它們?cè)谥苽浜蠖嗑帽銘?yīng)當(dāng)被盡快使用。例如,有些細(xì)胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時(shí)間,,它們就開始形成團(tuán)塊,。這些團(tuán)塊很難解離,增加了堵塞的風(fēng)險(xiǎn),,而且每個(gè)團(tuán)塊被當(dāng)成單細(xì)胞計(jì)數(shù),又降低了細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性,。此外,,有些細(xì)胞更加粘稠,形成團(tuán)塊的速度更快,。對(duì)于這些細(xì)胞,,必須盡量減少制備和使用之間的時(shí)間差。長(zhǎng)沙10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序百萬(wàn)通量平臺(tái)

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大,,現(xiàn)有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì),,各種專業(yè)設(shè)備齊全。在烈冰生物近多年發(fā)展歷史,,公司旗下現(xiàn)有品牌NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造等,。我公司擁有強(qiáng)大的技術(shù)實(shí)力,多年來一直專注于生物科技,、醫(yī)藥科技,、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,,市場(chǎng)營(yíng)銷策劃,,市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會(huì)調(diào)查、社會(huì)調(diào)研,、民意調(diào)查,、民意測(cè)驗(yàn)),從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),,計(jì)算機(jī),、軟件及耗材(除專控),,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】的發(fā)展和創(chuàng)新,打造高指標(biāo)產(chǎn)品和服務(wù),。上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司主營(yíng)業(yè)務(wù)涵蓋單細(xì)胞測(cè)序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序,,堅(jiān)持“質(zhì)量保證,、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針,,贏得廣大客戶的支持和信賴,。