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北京二代測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

來源: 發(fā)布時間:2022-06-28

針對單細(xì)胞測序的細(xì)胞上樣數(shù),為什么不建議捕獲到的細(xì)胞數(shù)量越高越好,?一味地追求高數(shù)量的細(xì)胞捕獲可能會存在一些問題,。例如在上機(jī)細(xì)胞懸液濃度固定時,如果目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000,上樣細(xì)胞懸液體積勢必增加,,在細(xì)胞懸液質(zhì)量不是很理想(細(xì)胞活性<90%,、碎片率>5%、結(jié)團(tuán)率均>5%)的情況下,,引入的背景信號會增加,,分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括:cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低,。當(dāng)cell和non-cell無法有效區(qū)分時,,會使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果!當(dāng)目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)很大時,,多細(xì)胞率會增加,,數(shù)據(jù)分析時,此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢測數(shù)是正常cell的N倍(N是一個GEM包裹的細(xì)胞數(shù)),,導(dǎo)致所有細(xì)胞的統(tǒng)計數(shù)據(jù)(單個細(xì)胞基因檢測中位數(shù),、單個細(xì)胞UMI檢測中位數(shù))虛高。此部分“cell”雖然可以通過設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進(jìn)行過濾,,但是容易會有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測細(xì)胞的人為去除,!附加流式分選細(xì)胞表面Marker,對于較低分辨率的標(biāo)志物也能有效鑒定,,助力高要求測序項目,。北京二代測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

單細(xì)胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定,? 烈冰2000+項目消化經(jīng)驗,,100+組織類型解離protocol,精心設(shè)計不同組織實驗的解離,、細(xì)胞懸浮實驗體系,,確保單細(xì)胞的獲得。 凍存樣本無法實驗,,珍貴樣本無法使用,? 烈冰采用國際認(rèn)可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細(xì)胞過濾技術(shù),確保凍存組織使用,。 珍貴樣本,,細(xì)胞數(shù)量太少,消化背景雜無法做單細(xì)胞,? 采用國際認(rèn)可的10X Genomics,,BD Rhapsody雙平臺模式,根據(jù)樣本實際情況和用戶需求提供客觀有效的實驗方案,細(xì)胞量少,,背景雜也能做單細(xì)胞,。 單細(xì)胞RNA分類精度不足,,部分細(xì)胞無法細(xì)分? 烈冰同時采用單細(xì)胞蛋白質(zhì)組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),,真正做到從上游到下游的全流程檢測,,確保超高的細(xì)胞分類精度。吉林單細(xì)胞測序價格單細(xì)胞測序平臺,,烈冰提供高性價比服務(wù)方案,。

一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,,原因在這:單細(xì)胞測序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,,通過降維(pca),,無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時需要考慮到每個細(xì)胞的基因表達(dá)模式,,因此即使是相同的數(shù)據(jù),,在剔除幾個細(xì)胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同,。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時,,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),都會對正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,,造成聚類結(jié)果失真,。這也是很多文章,,特別是很多高分文章,,為什么單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個時,,數(shù)據(jù)量在100G左右時,,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。

關(guān)于10X Genomics單細(xì)胞平臺的樣本類型和樣本制備 :10X平臺在上機(jī)前需要注意細(xì)胞消化后的細(xì)胞團(tuán)塊,,獲得分離良好的細(xì)胞懸液,、無細(xì)胞隨便、極少的細(xì)胞團(tuán)塊,,且細(xì)胞活力高(>70%),;此外,了解您所研究細(xì)胞的大小范圍也很重要,。細(xì)胞大小通常與細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān),。各種尺寸不同的細(xì)胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達(dá)解決方案中使用的10X Genomics平臺兼容。一般來說,,細(xì)胞制備方案將根據(jù)組織來源和細(xì)胞類型而變化,。每種組織類型都是獨特的,,因此,必須在開始任何單細(xì)胞實驗之前優(yōu)化樣本制備,,烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗,,累積10+物種、50+組織的消化protocol,,若您的樣本為組織,,且尚未成功將組織樣本消化成單細(xì)胞懸液,烈冰將盡可能提供技術(shù)及實驗上的幫助,。全線搭建10X Genomics Chromium Controller單細(xì)胞測序平臺,。

所謂的高通量測序技術(shù),又名大規(guī)模平行測序,,是將 DNA(或者 cDNA)隨機(jī)片段化,、加接頭,制備測序文庫,,通過對文庫中數(shù)以萬計的克隆(colony)進(jìn)行延伸反應(yīng),,檢測對應(yīng)的信號,獲取序列信息,。與傳統(tǒng)測序法(Sanger法等)相比,,高通量測序技術(shù)在處理大規(guī)模樣品時具有明顯的優(yōu)勢,又快(兩天)又多(數(shù)百萬克?。?,成為目前組學(xué)研究的主要技術(shù)。單細(xì)胞測序是一個系統(tǒng)的工程,,開展項目前您可能會先評估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配,,如果匹配,實驗過程如何規(guī)劃,,實驗平臺如何選擇,,樣本如何制備,數(shù)據(jù)如何分析等等,,而在這一切開始之前,,我們的服務(wù)就已經(jīng)開始了,從銷售到實驗到專業(yè)技術(shù)支持,,我們開通全線對接渠道,,幫助您快速定位項目訴求,提供從實驗設(shè)計到文章發(fā)表的全流程,,我們始終是您貼心的科學(xué)合作伙伴,。烈冰斥巨資引進(jìn)Novaseq6000,開啟更大通量測序新紀(jì)元,。吉林單細(xì)胞測序技術(shù)支持

烈冰生物全轉(zhuǎn)錄組測序通過雙文庫構(gòu)建,,實現(xiàn)多種RNA的一網(wǎng)打盡,。北京二代測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

烈冰生物搭建近10臺10XGemomics平臺,目前為全國范圍內(nèi)的高校,、醫(yī)院和研究所等單位的科研學(xué)者提供鼓舞,,10X微流體“雙十字”交叉系統(tǒng)為8或16通道系統(tǒng),每個通道上限可捕獲20000細(xì)胞,,16通道一次可檢測細(xì)胞范圍為百萬級別的細(xì)胞水平,。此外,單個細(xì)胞捕獲效率高達(dá)65%,,可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型,,利于稀有樣本或小細(xì)胞量類型樣本研究;細(xì)胞可適性高,,對細(xì)胞大?。ㄖ睆匠^40um細(xì)胞需要制備成細(xì)胞核)及類型無限制。細(xì)胞捕獲周期較短,,能夠?qū)崿F(xiàn)自動分離,,無需人工操作,1天內(nèi)可完成從細(xì)胞懸液到cDNA文庫構(gòu)建的所有的測序準(zhǔn)備工作,。北京二代測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司主營品牌有NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造,,發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊不斷壯大,該公司服務(wù)型的公司,。公司致力于為客戶提供安全,、質(zhì)量有保證的良好產(chǎn)品及服務(wù),是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè),。以滿足顧客要求為己任,;以顧客永遠(yuǎn)滿意為標(biāo)準(zhǔn);以保持行業(yè)優(yōu)先為目標(biāo),,提供***的單細(xì)胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細(xì)胞多組學(xué)測序。烈冰生物以創(chuàng)造***產(chǎn)品及服務(wù)的理念,,打造高指標(biāo)的服務(wù),,引導(dǎo)行業(yè)的發(fā)展。