單細胞測序實驗再樣本細胞上機分選簽,,需要對細胞數(shù)量、細胞活性進準判斷,,這對Single Cell分選標記,、建庫、下機數(shù)據(jù)的質量都具有著決定性的作用,。如若細胞計數(shù)偏高,,將會影響建庫的成功率;計數(shù)偏低,,則會提高雙細胞的比例,;而細胞活率過低,就會使測序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣,,因此把好單細胞懸液質量這一關尤為重要,。而在鋪板過程中,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,,不同的液體流速將直接影響單細胞的入孔效果,。因此烈冰生物BD Rhapsody單細胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,其具有Prime Treat,、Cell Load,、Bead Load、Wash,、Lysis,、Retrieval多種操作模式,來對應各種不同的操作,。通過已經(jīng)設定的程序來控制液體的流速,,大幅度降低人為操作習慣帶來的差異,保證實驗操作的一致性,。BD 單細胞捕獲平臺搭配BD Scanner,,全流程實時質控,,項目質量盡在掌握。廣東BD VDJ單細胞測序
對于單細胞測序而言,,常常需要先構建細胞圖譜,,在此基礎上再開展后續(xù)各項分析,并且數(shù)據(jù)分析時以細胞聚類(cell cluster)為討論對象,,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,,特別是目的為圖譜研究時,,需要通過提高樣本復雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構建某一疾病類型,、群體細胞圖譜信息,。因此,單細胞測序實驗設計時首先需要保證生物學重復,,不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲,、建庫、測序,,以保證捕獲到足夠的細胞數(shù),,單個樣本分別捕獲細胞時,后續(xù)分析除了整體分析以外,,還可以做單樣本分析,,保證分析的完備準確性,。蘇州BD VDJ單細胞測序烈冰測序服務已助力300余篇國際期刊研究文章發(fā)表,。
您的珍貴樣本,還可以放心依賴烈冰生物BD Rhapsody單細胞捕獲系統(tǒng),,BD RhapsodyTM單細胞捕獲系統(tǒng)采用微孔技術,,對細胞的捕獲沒有偏好性,實現(xiàn)高達80%的微孔板捕獲率,,由于單個微孔板中容納了22萬+個微孔,,而現(xiàn)階段單細胞測序實驗技術通常要求單個樣本捕獲3000-5000,至高達10000個細胞,,即可滿足科研探索需求,,因此這種“泊松分布”的原理類似于上樣細胞的無限稀釋過程,但22萬+微孔的存在,,也對大體量細胞數(shù)目的科學研究有很好的包容性,,細胞通量分為可擴展至100-40000個細胞的捕獲(單個微孔板),滿足您的多重需求,。
什么時候要用到去死細胞的操作呢,?跟進烈冰生物多年單細胞測序服務經(jīng)驗來看,,當細胞懸液進行質量和活性檢測后,考慮對細胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細胞的操作,。而太低活性的懸液(小于30%),,懸液中細胞大量死亡,可能已經(jīng)丟失了原組織內的細胞比例和狀態(tài),,失真嚴重,,建議重新收集樣本進行新的實驗,保證數(shù)據(jù)的高質量和實驗結果的準確性,。但需要注意到,,去除死細胞的操作會損失一定的細胞數(shù)量,因此希望您在提供樣本時,,盡可能提供足量的細胞,,以備實驗過程中可能存在的細胞死亡的問題,BD Rhapsody單細胞捕獲平臺對樣本起始細胞量的要求較低,,一般提供10萬個細胞以上均可滿足需求,,特殊樣本可詳細咨詢烈冰生物。烈冰斥巨資引進Novaseq6000,,開啟更大通量測序新紀元,。
針對單細胞測序的細胞上樣數(shù),為什么不建議捕獲到的細胞數(shù)量越高越好,?一味地追求高數(shù)量的細胞捕獲可能會存在一些問題,。例如在上機細胞懸液濃度固定時,如果目標細胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000,,上樣細胞懸液體積勢必增加,,在細胞懸液質量不是很理想(細胞活性<90%、碎片率>5%,、結團率均>5%)的情況下,,引入的背景信號會增加,分析結果不理想的直接體現(xiàn)包括:cell,、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低,。當cell和non-cell無法有效區(qū)分時,會使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結果,!當目標細胞捕獲數(shù)很大時,,多細胞率會增加,數(shù)據(jù)分析時,,此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢測數(shù)是正常cell的N倍(N是一個GEM包裹的細胞數(shù)),,導致所有細胞的統(tǒng)計數(shù)據(jù)(單個細胞基因檢測中位數(shù)、單個細胞UMI檢測中位數(shù))虛高,。此部分“cell”雖然可以通過設置數(shù)據(jù)分析閾值進行過濾,,但是容易會有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測細胞的人為去除,!十二年測序經(jīng)驗,烈冰生物單細胞多組學領域的佼佼者,。陜西BD VDJ單細胞轉錄組測序
單細胞測序是高通量測序下的又一重大技術突破,。廣東BD VDJ單細胞測序
據(jù)不完全統(tǒng)計,截至2022年6月,,烈冰生物助力發(fā)表單細胞文章近40篇,,從平臺應用比例來看,應用10X Genomics和BD Rhapsody兩大平臺發(fā)文比例各占50%左右,,研究類型涵蓋疾病發(fā)展,,靶點探索,免疫研究,,神經(jīng)發(fā)育,,干細胞分化,植物發(fā)育,,退行病變,,糖尿病,COVID-19等等研究,;從發(fā)表期刊水平來看,,烈冰生物聯(lián)合發(fā)表的單細胞文章,CNS一區(qū)期刊占比在30%以上,,其中包括immunity三篇,,Nature子刊3篇(Nature cell biology,Nature Plants,Nature communication),風濕類領域ARD期刊1篇,,CUT 1篇,,Advanced Science多篇,IF大于10分以上文章占比高達68.5%,,烈冰專屬單細胞測序服務團隊,,將與您攜手譜寫下一篇“高分”新文章,。廣東BD VDJ單細胞測序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司擁有生物科技,、醫(yī)藥科技、信息科技,、計算機科技領域內的技術開發(fā),、技術服務、技術轉讓,、技術咨詢,,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調查(不得從事社會調查,、社會調研,、民意調查,、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業(yè)務,,計算機,、軟件及耗材(除專控),,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準的項目,,經(jīng)相關部門批準后方可開展經(jīng)營活動】等多項業(yè)務,主營業(yè)務涵蓋單細胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序,。目前我公司在職員工以90后為主,,是一個有活力有能力有創(chuàng)新精神的團隊。誠實,、守信是對企業(yè)的經(jīng)營要求,,也是我們做人的基本準則。公司致力于打造***的單細胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序,。公司深耕單細胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉錄組測序,,單細胞多組學測序,,正積蓄著更大的能量,向更廣闊的空間,、更寬泛的領域拓展,。