機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激,,其細(xì)胞會(huì)從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”,;當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí),往往會(huì)經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,,導(dǎo)致一些基因被“沉默”,,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的,;scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們?cè)诓恍枰兓那闆r下查看這些細(xì)胞狀態(tài),。擬時(shí)序分析,即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況,,構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育,,但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間,而是一個(gè)虛擬的時(shí)間,,是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡,。即使在同一個(gè)樣本中,也會(huì)存在多種不同的細(xì)胞形態(tài),。因此,,不論測定了多少樣本,,我們都可以采用擬時(shí)序分析對(duì)樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述,。烈冰科技已建立了基于單細(xì)胞測序的高通量測序?qū)嶒?yàn)多平臺(tái)。上海single cell 單細(xì)胞多組學(xué)
SingleCellSequencing技術(shù),,即利用優(yōu)化后的高通量測序技術(shù)(NGS,,NextGenerationSequencing)分析每一個(gè)單個(gè)細(xì)胞的序列信息,從而更高分辨率地揭示細(xì)胞間的細(xì)胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況,。那么問題來了,,如何獲得單個(gè)細(xì)胞?如果無法獲得單個(gè)細(xì)胞這一切都是不成立的,;如何獲得大批量的單個(gè)細(xì)胞,?單個(gè)組織細(xì)胞群體通常在百萬級(jí)別以上,如果被檢測的測序細(xì)胞數(shù)量過小精確度不足,;如何低成本地獲得大批量單個(gè)細(xì)胞,?單細(xì)胞測序成本非常高,尤其是需要測2000~3000個(gè)以上的細(xì)胞的時(shí)候,,如果單個(gè)細(xì)胞的分選成本也很高,,技術(shù)根本無法普及。所以,,正因?yàn)檫@些問題的存在使得高通量測序在單個(gè)細(xì)胞測序應(yīng)用中的普及度一直不足,,直到幾個(gè)突破性技術(shù)的誕生,。上海單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域,將轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)結(jié)合的代表性例子只有單細(xì) 胞RNA測序方法,。
烈冰科技作為國內(nèi)同時(shí)擁有10XGenomics和BDRhapsody雙分選平臺(tái)的測序服務(wù)商及云計(jì)算服務(wù)供應(yīng)商,,經(jīng)過多年實(shí)戰(zhàn),擁有豐富的單細(xì)胞懸液制備和分選經(jīng)驗(yàn),,實(shí)測BDRhapsody對(duì)能夠高效捕獲粒細(xì)胞,。針對(duì)不同的分選平臺(tái)、建庫方法,,實(shí)戰(zhàn)總結(jié)搭建出不同的數(shù)據(jù)預(yù)處理工作流程,;烈冰科技NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)平臺(tái)能有效支撐生命科學(xué)研究、醫(yī)療健康等領(lǐng)域?qū)Υ髷?shù)據(jù)分析的需求,。完備的高通量測序?qū)嶒?yàn)平臺(tái),,包括NovaSeq6000、10XChromiumX,、BDFACSMelody,、PANNORAMIC數(shù)字切片掃描儀等,配合一支來自海內(nèi)外名校,、多學(xué)科交叉型的高素質(zhì)綜合團(tuán)隊(duì),,為您的科學(xué)研究保駕護(hù)航。
多樣本數(shù)據(jù)合并:FractionofReadsKept:合并樣本時(shí),,各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計(jì)算出來的數(shù)據(jù)利用率,。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進(jìn)行Downsample處理,,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準(zhǔn)將不同樣本中細(xì)胞測序深度標(biāo)化到同一水平,,從而避免因測序深度差異導(dǎo)致的基因檢測數(shù)量、基因表達(dá)水平的差異,。烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),,深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義,;從操作便捷,、結(jié)果可視化、分析可追溯,、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,,加速科研進(jìn)程!單細(xì)胞多組學(xué)測序技術(shù)整合了單細(xì)胞各個(gè)組學(xué)特征, 提供了揭示細(xì)胞內(nèi)復(fù)雜分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及其互動(dòng)關(guān)系的機(jī)會(huì),。
相對(duì)于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問題,,BD和10X這兩個(gè)平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1-6K不等的測序細(xì)胞量,這個(gè)量級(jí)的測序細(xì)胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類型,。因此,,這兩種技術(shù)對(duì)于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上,,無論是從細(xì)胞數(shù)量上來說還是表達(dá)檢測可靠性來說,都會(huì)更實(shí)用,。同時(shí)依托RandomCellLabel技術(shù),,使得其對(duì)于NovaSeq、HiSeqXTen,、Hiseq4000等設(shè)備存在的Indexhooping現(xiàn)象,,相對(duì)于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,影響幾乎可以忽略不計(jì)(10XGenomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測試結(jié)果,,顯示無影響,。單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)整合的一大挑戰(zhàn)在于不同組學(xué)的特征空間存在差異。北京高通量測序單細(xì)胞多組學(xué)
單細(xì)胞多學(xué)可包括基因組學(xué),、轉(zhuǎn)錄組學(xué),、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué),、影像組學(xué),。上海single cell 單細(xì)胞多組學(xué)
單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn)再樣本細(xì)胞上機(jī)分選簽,需要對(duì)細(xì)胞數(shù)量,、細(xì)胞活性進(jìn)行準(zhǔn)確判斷,,這對(duì)SingleCell分選標(biāo)記、建庫,、下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用,。如若細(xì)胞計(jì)數(shù)偏高,將會(huì)影響建庫的成功率,;計(jì)數(shù)偏低,,則會(huì)顯著提高雙細(xì)胞的比例,;而細(xì)胞活率過低,,就會(huì)使測序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣,因此把好單細(xì)胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要,。而在鋪板過程中,,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,不同的液體流速將直接影響單細(xì)胞的入孔效果,。因此烈冰生物BDRhapsody單細(xì)胞分選平臺(tái)配套了專門定制的電動(dòng)移液器,,其具有PrimeTreat、CellLoad,、BeadLoad,、Wash、Lysis,、Retrieval多種操作模式,,來對(duì)應(yīng)各種不同的操作,。通過已經(jīng)設(shè)定的程序來控制液體的流速,大幅度降低人為操作習(xí)慣帶來的差異,,保證實(shí)驗(yàn)操作的一致性,。上海single cell 單細(xì)胞多組學(xué)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司主要經(jīng)營范圍是醫(yī)藥健康,擁有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)和良好的市場口碑,。公司業(yè)務(wù)分為單細(xì)胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細(xì)胞多組學(xué)測序等,,目前不斷進(jìn)行創(chuàng)新和服務(wù)改進(jìn),為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù),。公司從事醫(yī)藥健康多年,,有著創(chuàng)新的設(shè)計(jì)、強(qiáng)大的技術(shù),,還有一批專業(yè)化的隊(duì)伍,,確保為客戶提供良好的產(chǎn)品及服務(wù)。烈冰生物秉承“客戶為尊,、服務(wù)為榮,、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實(shí)”的經(jīng)營理念,,全力打造公司的重點(diǎn)競爭力,。