相對于Smart-Seq技術(shù)在細胞數(shù)量上的問題,10X平臺普遍提供的細胞數(shù)量都在1000-20000不等的測序細胞量,,這個量級的測序細胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型,。因此,這兩種技術(shù)對于基于基因表達進行準確細胞分型上,,無論是從細胞數(shù)量上來說還是表達檢測可靠性來說,,都會更實用。同時依托Random Cell Label技術(shù),,使得其對于NovaSeq,、HiSeq X Ten、Hiseq 4000等設(shè)備存在的Index hooping現(xiàn)象,,相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,,影響幾乎可以忽略不計(10X Genomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測試結(jié)果,顯示無影響,。以單細胞轉(zhuǎn)錄組為中心的多組學(xué)聯(lián)合分析有利于更好地理解基因變化與表型變化之間的關(guān)聯(lián)性,。無錫烈冰科技單細胞多組學(xué)平臺
BD的技術(shù)不再采用利用微流控孔道射出細胞和射出的磁珠碰撞的過程,進行單細胞捕獲的技術(shù),,轉(zhuǎn)而采用CytoSeq特有的蜂窩板技術(shù),。該技術(shù)用20萬+的微孔(該數(shù)量級遠大于Input細胞數(shù)量),保證單孔中的單細胞捕獲,。同時避免了10X中存在的概率碰撞影響捕獲效率的問題,,采用微孔捕獲相對會有更好的捕獲效率(來自兩家企業(yè)商業(yè)宣傳資料比對),保證Input細胞的高效使用,。對于Input細胞的量更少的情況,,可以基于百萬級別的細胞總量開始進行前期處理以及后期捕獲操作。而在細胞捕獲完成后,,進行細胞裂解后,,同樣的也進行細胞中RNApolyA序列的抓取工作。杭州烈冰生物單細胞多組學(xué)多組學(xué)測序單細胞技術(shù)從 2009 年發(fā)展到現(xiàn)在,,研究范圍不再局限于轉(zhuǎn)錄組,,擴展到了基因組、免疫組,、蛋白組等多組學(xué)水平,。
烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業(yè),為科研學(xué)者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù),先后經(jīng)歷基因芯片時代,、基因測序,、轉(zhuǎn)錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來,,單細胞測序進入發(fā)展的快車道,,烈冰作為國內(nèi)首批引進單細胞實驗雙平臺的公司,依托自主研發(fā)的NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)分析平臺,,為用戶提供一站式全流程的單細胞測序服務(wù)和解決方案,。4年的單細胞技術(shù)的積累,烈冰已具備大鼠,、小鼠,、斑馬魚、猴,、裸鼴鼠,、水稻、擬南芥等10+物種,,皮膚,、腦、胰腺,、脂肪,、心臟、花序等50+組織類型,,100+細胞類型,1000+靶標基因,,10000+樣本處理經(jīng)驗,。
烈冰生物生信分析團隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認可的空轉(zhuǎn)分析工具,,構(gòu)建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程,;精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器,可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細胞測序分析結(jié)果,,詳細深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),。完成從Rawdata(原始數(shù)據(jù))到Spot-Gene的具有定位信息的表達矩陣的過程后,就進入了空轉(zhuǎn)的第二步,,去進行Spot的Cluster的過程,,熟悉單細胞測序的研究者知道,Cluster在單細胞測序中往往表示為細胞的類型,,也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細胞是一個Celltype(當然分情況也會有不同),。而在空轉(zhuǎn)中,也正是由于前面提到了細胞的非單一性,導(dǎo)致了這里的分群并不是單純的同一細胞類型,,而應(yīng)該認為是具有相同細胞組成的點陣區(qū)域,,或者說是近似的組織結(jié)構(gòu)區(qū)域。單細胞多組學(xué)測序技術(shù)是在單細胞分辨率下精確分析細胞異質(zhì)性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的新技術(shù),。
單細胞測序是指針對單個細胞進行全轉(zhuǎn)錄組測序分析,,可精確地描述每一個細胞的狀態(tài),在異質(zhì)性發(fā)育過程中具有不可忽視的應(yīng)用價值,。然而,,單細胞測序無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細胞空間排布信息,對于揭示發(fā)育過程,、病理微環(huán)境都存在很大的局限性,。空間轉(zhuǎn)錄組測序以點陣形式記錄病理切片細胞的空間信息并進行測序,,可以精確指示點陣內(nèi)的全部基因表達情況,。空間轉(zhuǎn)錄組測序的加入,,無疑讓單細胞測序如虎添翼,,更精確地勾勒了組織水平的異質(zhì)性。烈冰測序服務(wù)已助力300余篇國際主流期刊研究文章發(fā)表,。濟南烈冰生物單細胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化
為了能深入分析和理解細胞狀態(tài)和命運決定的機制, 將單細胞各組學(xué)技術(shù)結(jié)合在一起的單細胞多組學(xué)技術(shù)產(chǎn)生,。無錫烈冰科技單細胞多組學(xué)平臺
reads數(shù)、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細胞,、100G的測序量為標準,,每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型,,例如成熟的B,,T,粒細胞數(shù)量較多的組織中,,由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少,,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某一疾病組織,、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等,,他們的基因表達數(shù)較高,甚至可以超過1萬,,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高,。因此,我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時,,需要考察實際組織的細胞組成,。無錫烈冰科技單細胞多組學(xué)平臺
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技,、計算機科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓,、技術(shù)咨詢,,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查,、社會調(diào)研,、民意調(diào)查、民意測驗),,從事貨物及技術(shù)的進出口業(yè)務(wù),,計算機、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關(guān)部門批準后方可開展經(jīng)營活動】的公司,,是一家集研發(fā),、設(shè)計、生產(chǎn)和銷售為一體的專業(yè)化公司,。公司自創(chuàng)立以來,,投身于單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細胞多組學(xué)測序,是醫(yī)藥健康的主力軍,。烈冰生物繼續(xù)堅定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,,既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,,實現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。烈冰生物創(chuàng)始人陳岱,,始終關(guān)注客戶,,創(chuàng)新科技,竭誠為客戶提供良好的服務(wù),。