單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量,,龐大的數(shù)據(jù)對(duì)于分析平臺(tái)和分析能力有著很高的要求,,首先針對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié):?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列,不可避免的會(huì)出現(xiàn)低質(zhì)量的測(cè)序結(jié)果,,存在各種情況的序列污染,。因此序列過濾及質(zhì)量評(píng)估就會(huì)變得極為重要,。序列質(zhì)量主要通過測(cè)序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來(lái)表征,即堿基測(cè)序結(jié)果的錯(cuò)誤率在1%/0.1%以下的比例,。理想的測(cè)序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30,。保證數(shù)據(jù)獲得后第一步的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性,為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定準(zhǔn)確和功能分析打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ),。烈冰測(cè)序數(shù)據(jù)分析平臺(tái),,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,,針對(duì)不同平臺(tái)的數(shù)據(jù),,制定多套流程,。濟(jì)南scRNA單細(xì)胞多組學(xué)平臺(tái)
烈冰與國(guó)內(nèi)高校、研究所,、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作,,服務(wù)于600+臨床與研究機(jī)構(gòu),1000+客戶和5000+重要科研項(xiàng)目,,助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國(guó)際學(xué)術(shù)期刊(不完全統(tǒng)計(jì)),,在單細(xì)胞領(lǐng)域,烈冰助力用戶發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)30+篇,,總IF>300+,,IF>10+以上文章占比65%以上,包含Immunity,、NatureCellBiology,、NaturePlants、AdvancedScience等生物領(lǐng)域國(guó)際主流學(xué)術(shù)期刊,,已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究,、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機(jī)制,免疫研究,、腦神經(jīng),、白血病、胚胎發(fā)育,、糖尿病,、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等。武漢BD單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化單一的轉(zhuǎn)錄本研究不能體現(xiàn)生命進(jìn)程的變化,,因此多組學(xué)聯(lián)合分析成為解析生命進(jìn)程的有力工具,。
分子檢測(cè)型單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)中也有一些集中于探究單細(xì)胞內(nèi)表觀遺傳組各層面的變化及關(guān)聯(lián)。功能研究型單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù),結(jié)合了強(qiáng)大的CRISPR基因編輯技術(shù),從而可以深度挖掘基因表達(dá)調(diào)控與細(xì)胞功能以及命運(yùn)決定之間的因果關(guān)系,。在未來(lái),為了更系統(tǒng)地研究多層組學(xué)之間的互動(dòng)關(guān)系對(duì)細(xì)胞命運(yùn)的影響,一方面,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)的策略會(huì)繼續(xù)向轉(zhuǎn)錄組結(jié)合其他多個(gè)組學(xué)的三組學(xué)甚至四組學(xué)方向發(fā)展.另一方面,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)會(huì)轉(zhuǎn)向研發(fā)多組學(xué)測(cè)序分析和功能驗(yàn)證同時(shí)進(jìn)行的方法,這種探究因果關(guān)系的策略對(duì)于揭示發(fā)育和疾病發(fā)展中的關(guān)鍵因子和分子網(wǎng)絡(luò)模塊十分重要,。
FluidigmC1平臺(tái)基于富魯達(dá)(Fluidigm®)的微流控技術(shù)應(yīng)用于單細(xì)胞測(cè)序(SingleCellRNASequencing)領(lǐng)域的商業(yè)化中,該技術(shù)大約在幾個(gè)小時(shí)中可以捕獲96個(gè)左右的細(xì)胞,,進(jìn)行各類的Single-Cell測(cè)序建庫(kù),。當(dāng)然,通量還是比較小,。但不可否認(rèn)的是,,現(xiàn)在很多非RNA類SingleCell測(cè)序,仍然在采用這樣的技術(shù),,如SingleCellDNA-Seq,,SingleCellATAC-Seq等,都是采用此技術(shù)進(jìn)行單細(xì)胞分選后再分別用不同試劑盒建庫(kù),。所以可以說,,至少在10XGenomics、BD或者其他企業(yè)推出有效的SingleDNA測(cè)序技術(shù)之前,,C1仍然會(huì)是市場(chǎng)上的重要組成部分,。隨著單細(xì)胞多組學(xué)的不斷進(jìn)步, 研究者將有機(jī)會(huì)在單細(xì)胞分辨率下進(jìn)一步理解個(gè)體發(fā)育以及疾病發(fā)展機(jī)制。
BD的技術(shù)不再采用利用微流控孔道射出細(xì)胞和射出的磁珠碰撞的過程,,進(jìn)行單細(xì)胞捕獲的技術(shù),,轉(zhuǎn)而采用CytoSeq特有的蜂窩板技術(shù)。該技術(shù)用20萬(wàn)+的微孔(該數(shù)量級(jí)遠(yuǎn)大于Input細(xì)胞數(shù)量),,保證單孔中的單細(xì)胞捕獲,。同時(shí)避免了10X中存在的概率碰撞影響捕獲效率的問題,采用微孔捕獲相對(duì)會(huì)有更好的捕獲效率(來(lái)自兩家企業(yè)商業(yè)宣傳資料比對(duì)),,保證Input細(xì)胞的高效使用,。對(duì)于Input細(xì)胞的量更少的情況,可以基于百萬(wàn)級(jí)別的細(xì)胞總量開始進(jìn)行前期處理以及后期捕獲操作,。而在細(xì)胞捕獲完成后,,進(jìn)行細(xì)胞裂解后,同樣的也進(jìn)行細(xì)胞中RNApolyA序列的抓取工作,。單細(xì)胞多組學(xué)突破了以往單細(xì)胞檢測(cè)的單一性,可更多樣化,。濟(jì)南烈冰生物單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化
單細(xì)胞測(cè)序手段有力地解決了組織內(nèi)高度異質(zhì)性對(duì)于低豐度信號(hào)影響的問題。濟(jì)南scRNA單細(xì)胞多組學(xué)平臺(tái)
高通量測(cè)序技術(shù)(High-throughputsequencing)又稱“下一代”測(cè)序技術(shù)(“Next-generation”sequencing),,以能一次并行對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定和一般讀長(zhǎng)較短等為標(biāo)志,。高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次顛覆性的改變,一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定,,因此在有些文獻(xiàn)中稱其為下一代測(cè)序技術(shù)(nextgenerationsequencing)足見其劃時(shí)代的改變,,同時(shí)高通量測(cè)序使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測(cè)序(deepsequencing),。而烈冰科技具有專業(yè)生物背景和十二年科研服務(wù)經(jīng)驗(yàn),,已助力Nature,immunity等在內(nèi)的300+篇CNS文章發(fā)表,。濟(jì)南scRNA單細(xì)胞多組學(xué)平臺(tái)
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