空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)質(zhì)量和玻片有效區(qū)域的利用率,、貼片的質(zhì)量和透化時(shí)間息息相關(guān),。貼片質(zhì)量不良會(huì)影響總的有效spot數(shù)等；而透化不合理會(huì)導(dǎo)致spot的reads數(shù)、基因中位數(shù)等參數(shù),。而在特異性基因表達(dá)方面，我們也可以統(tǒng)計(jì)空間轉(zhuǎn)錄組群體的特異性基因表達(dá)即Markergene,，將他們?cè)诮M織切片以及空轉(zhuǎn)上進(jìn)行著色,。我們也可以對(duì)于任意一個(gè)已知的基因或者數(shù)據(jù)庫(kù)中的一些細(xì)胞Marker，然后將其在基因表達(dá)在空間轉(zhuǎn)錄組的切片以及HE染色上展示自己的基因表達(dá)進(jìn)而了解,，群體中的可能的細(xì)胞組成關(guān)系,。十二年測(cè)序經(jīng)驗(yàn)，累計(jì)服務(wù)與5000余項(xiàng)重要科研項(xiàng)目,。廣州上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)

相比于常規(guī)的測(cè)序手段,，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序有幾個(gè)明顯的優(yōu)勢(shì)：1.將轉(zhuǎn)錄組信息與空間信息對(duì)應(yīng)，體現(xiàn)組織內(nèi)部的異質(zhì)性：每個(gè)區(qū)域獨(dú)特的條形碼使測(cè)序結(jié)果與空間位置形成一一對(duì)應(yīng)關(guān)系,。雖然暫時(shí)還無(wú)法精細(xì)到單細(xì)胞層面,，但是這樣的區(qū)域劃分也已經(jīng)足以展現(xiàn)出組織內(nèi)部不同區(qū)域間的轉(zhuǎn)錄組差異。2.不影響對(duì)全組織進(jìn)行分析：芯片上捕獲的全轉(zhuǎn)錄組在同一個(gè)反應(yīng)中完成測(cè)序,，能有效降低多次重復(fù)實(shí)驗(yàn)中的誤差,。測(cè)序結(jié)果如果不按照條形碼歸類，則直接體現(xiàn)的是切片全組織的轉(zhuǎn)錄組情況,，無(wú)需再做單獨(dú)檢測(cè),。3.為進(jìn)一步的研究提供指導(dǎo)意見(jiàn)：常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，對(duì)后續(xù)實(shí)驗(yàn)的指導(dǎo)仍然停留在全組織層面,。而空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序則可以標(biāo)識(shí)出更有價(jià)值的研究區(qū)域,，引導(dǎo)研究者將組織進(jìn)一步細(xì)分。深圳烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)豐富的測(cè)序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn),，烈冰配套全程個(gè)性化,、定制化地?cái)?shù)據(jù)分析服務(wù)。

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)流程：1,、組織優(yōu)化由于不同物種,、組織來(lái)源的樣本所需的比較好透化時(shí)間不盡相同，在正式開(kāi)展空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)嶒?yàn)前,，需要利用組織優(yōu)化kit進(jìn)行條件的摸索,。組織優(yōu)化芯片上包含8個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)區(qū)域均覆蓋了熒光標(biāo)記探針，可捕獲mRNA形成帶有熒光標(biāo)簽的cDNA,，隨即可通過(guò)熒光成像結(jié)果判定比較好透化時(shí)間及組織優(yōu)化條件,。2、空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序確定組織優(yōu)化條件后,，即可進(jìn)行切片,、H&E染色及成像、空間轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建及測(cè)序分析流程,。

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析策略進(jìn)行分析,，例如，利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時(shí)期特定空間區(qū)域內(nèi)的信號(hào)通路及其關(guān)鍵基因的較大情況,，揭示在特定發(fā)育時(shí)期特定區(qū)域內(nèi)發(fā)生的生物學(xué)過(guò)程,。針對(duì)任何一個(gè)基因，空間轉(zhuǎn)錄組可以顯示表達(dá)該基因的點(diǎn)陣及其空間排布,；單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組可以給出該基因表達(dá)的細(xì)胞類群,；原位測(cè)序可以給出該基因在細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)狀況。通過(guò)不同發(fā)育時(shí)間點(diǎn)的信息比較,，可以分析細(xì)胞類群在某個(gè)部位在不同時(shí)間點(diǎn)的差異,，給出其在細(xì)胞內(nèi)的真實(shí)的演變狀況?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)分析,，認(rèn)準(zhǔn)烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在病理學(xué)中,，通過(guò)添加基因表達(dá)維度,，得出形態(tài)學(xué)結(jié)論，通過(guò)觀察基因表達(dá)區(qū)域,，了解可能發(fā)生假陰性/假陽(yáng)性的位置; 在免疫學(xué),，研究免疫細(xì)胞浸潤(rùn)、不同區(qū)域的免疫細(xì)胞中的基因表達(dá)特征,；免疫群體擴(kuò)散,、不同類型免疫細(xì)胞的空間位置解析； 在神經(jīng)科學(xué),，研究大腦皮層層狀組織解析,，揭示大腦皮層的結(jié)構(gòu)-功能關(guān)系，正常vs.疾病大腦結(jié)構(gòu)特征分析與疾病相關(guān)的基因表達(dá)于特定的大腦皮層,； 在發(fā)育生物學(xué),，通過(guò)解析每個(gè)發(fā)育階段不同解剖區(qū)域特有的基因表達(dá)特征，解析組織中與形態(tài)形成相關(guān)基因,；豐富基因表達(dá)的空間注釋信息,，創(chuàng)建組織發(fā)育的空間細(xì)胞圖譜,。截至2021年10月，烈冰助力發(fā)表空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文章近20篇,。深圳高通量測(cè)序空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)支持

烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序助您深入探究細(xì)胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征,。廣州上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)

當(dāng)前的技術(shù)主要有四種策略：1、基于組學(xué)實(shí)驗(yàn)結(jié)合空間重建的計(jì)算策略這種計(jì)算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢(shì),，從單個(gè)細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境,。然而，這些推論方法在某些情況下只呈現(xiàn)空間趨勢(shì)或特定組織的總體布局,。2激光切割與NGS測(cè)序結(jié)合的策略基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組,，盡管其通量很低，但是在可以標(biāo)記成千上萬(wàn)個(gè)單個(gè)細(xì)胞位買(mǎi)的多路復(fù)用條形碼策路可行之前,，將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成組織的巨大背景中，可能具有一定價(jià)值,。3,、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學(xué)基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測(cè)區(qū)域，但也存在一些問(wèn)題,，例如幾種smFISH方法很難從包括信號(hào)干擾,、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個(gè)細(xì)胞。4,、基于身核苷酸的空間條碼加上NGS測(cè)序,。廣州上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)

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