樣本制備后的保存為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化,,在對(duì)細(xì)胞進(jìn)行清洗和計(jì)數(shù)后,單細(xì)胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上,,直至用于后續(xù)的上機(jī)和文庫(kù)制備步驟,。在理想狀況下,,一旦制備好樣本,應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟,。然而,,您還有必要了解各類細(xì)胞的不同性質(zhì),因?yàn)檫@可能會(huì)影響細(xì)胞應(yīng)在冰上保存的時(shí)間,,以及它們?cè)谥苽浜蠖嗑帽銘?yīng)當(dāng)被盡快使用,。例如,有些細(xì)胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時(shí)間,,它們就開(kāi)始形成團(tuán)塊,。這些團(tuán)塊很難解離,增加了堵塞的風(fēng)險(xiǎn),,而且每個(gè)團(tuán)塊被當(dāng)成單細(xì)胞計(jì)數(shù),,又降低了細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性。此外,,有些細(xì)胞更加粘稠,,形成團(tuán)塊的速度更快。對(duì)于這些細(xì)胞,,必須盡量減少制備和使用之間的時(shí)間差,。基于“靜態(tài)蜂巢”技術(shù),,實(shí)現(xiàn)落孔細(xì)胞的物力分割和磁珠的一對(duì)一匹配,。湖州BD VDJ單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
單細(xì)胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定,?烈冰2000+項(xiàng)目消化經(jīng)驗(yàn),,100+組織類型解離protocol,精心設(shè)計(jì)不同組織實(shí)驗(yàn)的解離,、細(xì)胞懸浮實(shí)驗(yàn)體系,,確保單細(xì)胞的獲得,。凍存樣本無(wú)法實(shí)驗(yàn),,珍貴樣本無(wú)法使用?烈冰采用國(guó)際認(rèn)可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細(xì)胞過(guò)濾技術(shù),,確保凍存組織使用,。珍貴樣本,細(xì)胞數(shù)量太少,,消化背景雜無(wú)法做單細(xì)胞,?采用國(guó)際認(rèn)可的10XGenomics,BDRhapsody雙平臺(tái)模式,,根據(jù)樣本實(shí)際情況和用戶需求提供客觀有效的實(shí)驗(yàn)方案,細(xì)胞量少,,背景雜也能做單細(xì)胞,。單細(xì)胞RNA分類精度不足,部分細(xì)胞無(wú)法細(xì)分,?烈冰同時(shí)采用單細(xì)胞蛋白質(zhì)組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù),,真正做到從上游到下游的全流程檢測(cè),確保超高的細(xì)胞分類精度,。珠海BD VDJ單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序從樣本處理到終端數(shù)據(jù)分析,,只要您需要,烈冰提供全流程的無(wú)憂服務(wù),。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是在單細(xì)胞水平上高通量測(cè)序分析基因表達(dá)譜的技術(shù),,突破傳統(tǒng)高通量測(cè)序的局限性,組織解離后,,單個(gè)樣本一次上機(jī)能捕獲500-20000個(gè)細(xì)胞,,基于每個(gè)細(xì)胞分別建庫(kù)測(cè)序,獲得單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài),,并鑒定細(xì)胞的類型,,可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進(jìn)行比較,反映細(xì)胞間的異質(zhì)性,。而2021年橫空出世的10XGenomicsChromiumX平臺(tái)實(shí)現(xiàn)了單塊chip上的百萬(wàn)級(jí)別通量的細(xì)胞捕獲,,系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)16個(gè)通道同時(shí)運(yùn)行,每個(gè)通道可捕獲2000-20000個(gè)細(xì)胞(不混樣),,并支持原ChromiumController體統(tǒng)外的多種細(xì)胞捕獲百萬(wàn)級(jí)別通量實(shí)驗(yàn),,可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型和適配大規(guī)模單細(xì)胞研究。
根據(jù)烈冰多年單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)經(jīng)驗(yàn),,為什么不建議您一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲:?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,,通過(guò)降維(pca),,無(wú)監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式,,因此即使是相同的數(shù)據(jù),,在剔除幾個(gè)細(xì)胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會(huì)出現(xiàn)明顯不同,。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過(guò)多時(shí),,無(wú)論是假陰性和假陽(yáng)性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),都會(huì)對(duì)正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,,造成聚類結(jié)果失真,。這也是很多文章,特別是很多高分文章,,為什么單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了,。烈冰建議單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個(gè)時(shí),,數(shù)據(jù)量在100G左右時(shí),可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求,。BD平臺(tái)基于cyto-seq技術(shù),,實(shí)現(xiàn)細(xì)胞和磁珠的一對(duì)一結(jié)合。
細(xì)胞計(jì)數(shù)和活力評(píng)估在評(píng)估樣本質(zhì)量時(shí),,需要在細(xì)胞清洗和過(guò)濾之后測(cè)定細(xì)胞活力,,這一點(diǎn)至關(guān)重要。測(cè)定細(xì)胞活力有許多種方法,,烈冰多年單細(xì)胞測(cè)序經(jīng)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)臺(tái)盼藍(lán)法在鑒定活細(xì)胞與死細(xì)胞的比例時(shí)效果很好,。細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性以及目標(biāo)回收量和實(shí)際回收量之間的一致性,取決于我們了解樣本中有多少個(gè)細(xì)胞,。一旦過(guò)濾和清洗完成,,可采用細(xì)胞計(jì)數(shù)設(shè)備(如血球計(jì)數(shù)器或自動(dòng)細(xì)胞計(jì)數(shù)儀)進(jìn)行定量。這些設(shè)備不但能提供準(zhǔn)確的細(xì)胞計(jì)數(shù),,還能計(jì)算出向微流體芯片上樣適量細(xì)胞所需的細(xì)胞懸液體積,。單細(xì)胞測(cè)序因其強(qiáng)大的探究疾病--細(xì)胞--基因的關(guān)系,一度成為高通量測(cè)序技術(shù)的“天花板”,。吉林BD單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序
單細(xì)胞測(cè)序是高通量測(cè)序下的又一重大技術(shù)突破,。湖州BD VDJ單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析時(shí)的reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過(guò)程中:以捕獲5000個(gè)細(xì)胞,、100G的測(cè)序量為標(biāo)準(zhǔn),,每個(gè)細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個(gè)細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型,,例如成熟的B,,T,粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中,,由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少,,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織,、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等,,他們的基因表達(dá)數(shù)較高,甚至可以超過(guò)1W,,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高,。因此,,我們對(duì)細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時(shí),,需要考察實(shí)際組織的細(xì)胞組成。湖州BD VDJ單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家有著雄厚實(shí)力背景,、信譽(yù)可靠,、勵(lì)精圖治,、展望未來(lái)、有夢(mèng)想有目標(biāo),,有組織有體系的公司,,堅(jiān)持于帶領(lǐng)員工在未來(lái)的道路上大放光明,攜手共畫(huà)藍(lán)圖,,在上海市等地區(qū)的醫(yī)藥健康行業(yè)中積累了大批忠誠(chéng)的客戶粉絲源,,也收獲了良好的用戶口碑,為公司的發(fā)展奠定的良好的行業(yè)基礎(chǔ),,也希望未來(lái)公司能成為*****,,努力為行業(yè)領(lǐng)域的發(fā)展奉獻(xiàn)出自己的一份力量,我們相信精益求精的工作態(tài)度和不斷的完善創(chuàng)新理念以及自強(qiáng)不息,,斗志昂揚(yáng)的的企業(yè)精神將**上海烈冰生物醫(yī)藥科技供應(yīng)和您一起攜手步入輝煌,,共創(chuàng)佳績(jī),一直以來(lái),,公司貫徹執(zhí)行科學(xué)管理,、創(chuàng)新發(fā)展、誠(chéng)實(shí)守信的方針,,員工精誠(chéng)努力,,協(xié)同奮取,以品質(zhì),、服務(wù)來(lái)贏得市場(chǎng),,我們一直在路上!