RNA測序（RNA-seq）是轉錄組學研究的重要工具,，也是生命科學領域常用的技術之一,。相比于傳統(tǒng)通路研究低維度、低通量的局限性,，轉錄組學有以下優(yōu)勢：1）能夠動態(tài)考察細胞基因組的表達,，多維度地反映差異變化；2）可用于研究占RNA絕大部分的非編碼RNA,，研究其結構以及在細胞生命活動中的重要調控作用,；3）與蛋白組學研究相互補充，多角度呈現細胞水平的變化信息,。作為轉錄組學研究的技術基礎,，RNA測序技術也在不斷地更新迭代，現如今更大通量,、更深精度的測序為眾多科研和醫(yī)學工作者提供了豐富的工具和探索真理的手段,。空間轉錄組測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關系,，一度成為高通量測序技術的“天花板”,。合肥空間轉錄組

空間轉錄組學（Spatial Transcriptomics）是指在組織切片上完成，保留樣本空間信息的組學研究,?？臻g轉錄組可展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達情況，揭示精細病理區(qū)域中激發(fā)的信號通路,，完成分子特征驅動病理特征的機制解析,。空間轉錄組學完成了病理數字化結合病理影像化的技術革新,，對于診斷標志物,、耐藥位點以及靶向藥物的研發(fā)，免疫治等新興領域都具有重要作用,。當組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉錄組芯片上時,，通過透化處理，細胞內的mRNA釋放出來,，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲,。被捕獲的mRNA開始逆轉錄，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列,。通過上機測序,，可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置,。溫州烈冰生物空間轉錄組多組學測序經驗豐富的實驗團隊，為獲得示組織內真實表達水平的高質量冷凍切片提供硬件和技術保障,。

單細胞測序是指針對單個細胞進行全轉錄組測序分析,，可精確地描述每一個細胞的狀態(tài)，在異質性發(fā)育過程中具有不可忽視的應用價值,。然而,，單細胞測序無法給出固態(tài)異質化組織中細胞空間排布信息，對于揭示發(fā)育過程,、病理微環(huán)境都存在很大的局限性,。空間轉錄組測序以點陣形式記錄病理切片細胞的空間信息并進行測序,，可以精確指示點陣內的全部基因表達情況,。空間轉錄組測序的加入,，無疑讓單細胞測序如虎添翼,，更精確地勾勒了組織水平的異質性。

10XGenomics和Drop-Seq的技術原理,。是利用十字交叉的通道,，從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，縱向孔道輸入細胞,，凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,，并通過微流控技術，將之輸入到油相孔道中,。這時候,，就形成了一個個油滴后輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,，那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列,，再加上一端PolyT的抓手，構成我們的捕獲凝膠微珠,。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligodT抓住mRNA構建文庫,，進而完成細胞中RNA的捕獲過程。烈冰引進國際主流空間轉錄組測序平臺,，提供保留組織內部精細區(qū)域的空間信息的轉錄組測序,。

冰凍切片的空間轉錄組測序在RNA捕獲、文庫構建方面,，需要將組織切片貼合在帶有mRNA結合捕獲探針的載玻片上,，通過甲醛固定、H&E染色得到組織切片的形態(tài)結構,。再進行透化處理,，使細胞中的mRNA釋放,，并結合到芯片相鄰的捕獲探針上。將捕獲的mRNA反轉錄合成cDNA并構建測序文庫進行上機測序,，從而獲取基因表達信息,。總體來說,，空間轉錄組的實驗流程包括：組織凍存-OCT包埋-冷凍切片-固定染色-組織透化-cDNA合成及建庫-上機測序，而需要客戶進行樣本準備的步驟相對簡單：組織凍存與OCT包埋,。測序可準確地分析基因表達差異,、基因結構變異、篩選分子標記（SNPs或SSR）等生命科學重要問題,。西安BD空間轉錄組技術支持

烈冰科技成立10余年,，為科研學者提供專注的測序數據分析服務。合肥空間轉錄組

為同時獲得空間表達和組織學背景信息,，該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進行組織學染色和成像,，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進行表達定量。由于FFPE樣本通常存在RNA高度降解的問題,，針對FFPE樣本的Visium空間基因表達解決方案無法像新鮮凍存組織樣本一樣利用完整mRNA具有的poly（dA）序列進行mRNA捕獲,。該方案采用針對編碼基因的成對RNA模板連接探針（RTL）與mRNA雜交。左側探針（LHS）具有部分Read 2序列,，右側探針（RHS）具有合成的poly(A)序列,。左右探針與mRNA雜交后彼此連接，而mRNA被RNase降解,。組織透化后,，被連接的成對探針與芯片上包含空間Barcode、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕獲,，并且空間Barcode和UMI序列被延伸到成對探針序列上,。攜帶空間Barcode的探針序列用于進行測序文庫構建和測序。測序序列上的空間Barcode用于將測序序列定位到組織切片圖像上,，UMI用于基因表達定量,。合肥空間轉錄組

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