Agilent平臺(tái)因?yàn)镸eDIP技術(shù)本身的特點(diǎn),,都不能到達(dá)單堿基的分辨率,而Illumina的Infinium和GoldenGate檢測(cè)技術(shù)卻做得到,。Illumina的Infinium甲基化檢測(cè)技術(shù)來源與前期的SNP檢測(cè),,采用的是單堿基延伸的原理。分析利用兩個(gè)位點(diǎn)特異的探針檢測(cè)這些序列差異的位點(diǎn),,一個(gè)探針是為甲基化位點(diǎn)(M磁珠類型)設(shè)計(jì)的,,而另一個(gè)是為未甲基化位點(diǎn)(U磁珠類型)設(shè)計(jì)的。探針的單堿基延伸摻入了一個(gè)標(biāo)記的ddNTP,,它隨后被熒光試劑染色。通過計(jì)算甲基化與未甲基化位點(diǎn)的熒光信號(hào)比例,,可確定檢測(cè)位點(diǎn)的甲基化水平,。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆蓋27,578個(gè)CpG位點(diǎn)。這款芯片在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有***的應(yīng)用,,除了和**相關(guān)的甲基化篩選之外,,也能用于其他疾病相關(guān)甲基化檢測(cè)。因此對(duì)這款產(chǎn)品,,研究者給予了很高的評(píng)價(jià),,目前此產(chǎn)品已停產(chǎn),,取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以單堿基分辨率覆蓋了基因組中超過45萬個(gè)甲基化位點(diǎn),,實(shí)現(xiàn)了基因區(qū)域和CpG島的***覆蓋,。此外,還包括CpG島之外的CpG位點(diǎn),,在人類干細(xì)胞中鑒定出的非CpG甲基化位點(diǎn),,以及**和正常組織中差異表達(dá)的甲基化位點(diǎn)等等。它的高覆蓋度,、高通量以及低價(jià)格,。 高通量BSP測(cè)序結(jié)果多種展示形式。重慶850K芯片DNA甲基化售后分析
甲基化研究項(xiàng)目各學(xué)科細(xì)分分析:從各學(xué)科細(xì)類中標(biāo)金額和中標(biāo)數(shù)量分析,,**學(xué)依然是甲基化研究的熱點(diǎn)方向,,該方向總計(jì)中標(biāo)金額2217萬元,中標(biāo)數(shù)量57項(xiàng),。其它細(xì)分學(xué)科包括預(yù)防醫(yī)學(xué),、遺傳學(xué)與生物信息學(xué)、檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)也占有不少份額,。甲基化研究項(xiàng)目各單位中標(biāo)情況分析:經(jīng)過整理,,甲基化項(xiàng)目類中標(biāo)單位共105家單位,按中標(biāo)項(xiàng)目金額排列如下(截取部分超過百萬的項(xiàng)目),。甲基化研究方向細(xì)分熱點(diǎn)分析:"游離DNA甲基化",、"m6A-RNA甲基化",“羥甲基化”等均是甲基化研究方向的重點(diǎn)關(guān)注內(nèi)容,。尤其值得關(guān)注的是m6A相關(guān)研究近年來呈直線上升態(tài)勢(shì),,成為國自然的熱點(diǎn)。北京oxBSDNA甲基化專業(yè)服務(wù)強(qiáng)化版RRBS技術(shù)及應(yīng)用是高性價(jià)比方案,。
雖然焦磷酸測(cè)序可以進(jìn)行單個(gè)位點(diǎn)甲基化程度的精確定量,,但是目前來看,測(cè)序的片段長度還比較短,,只有一百多bp,,其中有效長度約為60bp。以上是對(duì)幾種常用的特異位點(diǎn)甲基化檢測(cè)方法進(jìn)行了介紹及比較,,還有一些檢測(cè)技術(shù)是在常用的檢測(cè)手段上進(jìn)行優(yōu)化或者將不同的方法進(jìn)行結(jié)合應(yīng)用,,比如以MSP方法為基礎(chǔ),發(fā)展了SMART-MSP技術(shù),,該技術(shù)利用定量技術(shù)對(duì)MSP擴(kuò)增過程進(jìn)行檢測(cè),,同時(shí)后續(xù)結(jié)合HRM技術(shù)來分析甲基化差異。此外,利用質(zhì)譜平臺(tái)進(jìn)行甲基化檢測(cè)的有MALDI-TOF技術(shù),,可以對(duì)甲基化進(jìn)行精確檢測(cè)并能進(jìn)行高通量篩選,。從對(duì)這些技術(shù)的比較分析來看,沒中檢測(cè)技術(shù)都有各自的優(yōu)點(diǎn),,并也存在一定的局限性,,研究者可以根據(jù)自己的實(shí)際研究情況進(jìn)行選擇。在特異甲基化位點(diǎn)檢測(cè)上,,能夠提供BSP,、HRM及焦磷酸測(cè)序三種技術(shù)的完整的檢測(cè)服務(wù),具有豐富的經(jīng)驗(yàn),,幫助客戶加速甲基化研究進(jìn)程,。
隨著二代測(cè)序技術(shù)的告訴發(fā)展,測(cè)序成本大幅度下降,,使得真正實(shí)現(xiàn)全基因組甲基化分析的研究成為可能,。隨著人類甲基化圖譜繪制成功,已經(jīng)陸續(xù)有多個(gè)物種的甲基化圖譜構(gòu)建完成,。研究者將傳統(tǒng)的DNA甲基化檢測(cè)方法,,如亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測(cè)序相結(jié)合,可以實(shí)現(xiàn)單堿基精度的甲基化圖譜的構(gòu)建,。此外將成熟的MeDIP技術(shù)與二代測(cè)序相結(jié)合,,可以快速有效地尋找基因組上的甲基化區(qū)域,從而比較不同細(xì)胞,、組織,、甚至疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異。因此該技術(shù)也特別適用于大樣本量的疾病表觀研究,。提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果,。
亞硫酸氫鹽測(cè)序PCR(BSP):這種方法一度被認(rèn)為是DNA甲基化分析的金標(biāo)準(zhǔn)。它的過程如下:經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后,,設(shè)計(jì)引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增目的片段,,并對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行克隆測(cè)序,將序列與未經(jīng)處理的序列進(jìn)行比較,,判斷CpG位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化,。這種方法可靠,且精確度高,,能明確目的片段中每一個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài),,但因?yàn)樯婕暗綔y(cè)序,其結(jié)果準(zhǔn)確但要求克隆時(shí)所挑克隆較多,,操作繁瑣,不易大批量操作,。另外,,甲基化程度的定量依賴于挑選克隆的數(shù)目,,因此這種方法只能算得上是一種半定量的技術(shù)方法。目前一般會(huì)先用BSP找到甲基化位點(diǎn),,然后根據(jù)甲基化位點(diǎn)設(shè)計(jì)MSP引物,,進(jìn)行相應(yīng)PCR條件摸索,以用于大量樣本的篩選,。焦磷酸測(cè)序能提供基于序列測(cè)定的SNP檢測(cè),、等位基因頻率分析和甲基化檢測(cè)。山東hMeDIP-SeqDNA甲基化方案
RRBS開發(fā)的初衷就是為人和哺乳動(dòng)物,,提供全基因組范圍的,、高性價(jià)比的甲基化檢測(cè)金標(biāo)準(zhǔn)方案。重慶850K芯片DNA甲基化售后分析
DNA甲基化(DNA methylation)是指在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(DNMT)催化下,,以S-腺苷甲硫氨酸為甲基供體,,將活性甲基轉(zhuǎn)移至DNA鏈中特定堿基上的化學(xué)修飾過程。哺乳動(dòng)物基因組中,,DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子,。DNA甲基化是一種表觀(epigenetic)修飾,它在不改變DNA序列的情況下,,對(duì)個(gè)體的生長,、發(fā)育、基因表達(dá)模式以及基因組的穩(wěn)定性起到重要的調(diào)控作用,,并且這種修飾在發(fā)育和細(xì)胞增殖的過程中是可以穩(wěn)定傳遞的,。近年來的大量研究表明,DNA異常甲基化與**的發(fā)生,、發(fā)展,、細(xì)胞*變有著密切的聯(lián)系。重慶850K芯片DNA甲基化售后分析