cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二,、保存方式分離后的血漿,，用ml離心管分裝，例如：1ml/管,；放-20℃冰箱中保存（短暫保存,，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi)),；保存期間不能凍融,。三、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸：順豐陸運(yùn)（3-4天時間）,，夏季10-15公斤干冰,；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1,、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管）,，采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管,，公司配送）；2,、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上,，不超過8小時，進(jìn)行血漿分離步驟五,、血漿分離步驟1,、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2,、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞,，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3,、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融,。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行，如果客戶沒有冷凍離心機(jī),，也可以在室溫條件下進(jìn)行,；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細(xì)胞,；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿,。 通過甲基化數(shù)據(jù)，篩選疾病耐藥的差異甲基化,。廣東ATAC技術(shù)服務(wù)服務(wù)

聯(lián)合亞硫酸氫鈉的限制性內(nèi)切酶分析法（COBRA）

這種方法是將亞硫酸氫鹽處理與酶切相結(jié)合來進(jìn)行甲基化檢測,。DNA樣本經(jīng)亞硫酸氫鹽處理后，利用PCR擴(kuò)增,。擴(kuò)增產(chǎn)物純化后用限制性內(nèi)切酶（BstUI）消化。若其識別序列中的C發(fā)生完全甲基化(5mCG5mCG),，則 PCR擴(kuò)增后保留為CGCG,，BstU I能夠識別并進(jìn)行切割；若待測序列中,，C未發(fā)生甲基化,，則PCR后轉(zhuǎn)變?yōu)門GTG，BstUI識別位點(diǎn)丟失,，不能進(jìn)行切割,。這樣酶切產(chǎn)物再經(jīng)電泳分離、探針雜交,、掃描定量后即可計(jì)算出原樣本中甲基化的比例,。

這種方法**的優(yōu)點(diǎn)就是相對簡單，可進(jìn)行快速定量,，且需要的樣本量少,。然而,，它的局限性也十分明顯，只能獲得特殊酶切位點(diǎn)的甲基化情況,，且陰性結(jié)果并不能排除樣品DNA中存在甲基化的可能,。 上海焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)售后分析RRBS用于人、哺乳動物及魚類方向的高水平甲基化研究,。

甲基化特異性PCR（MS-PCR）

DNA在亞硫酸氫鹽作用后,，DNA CpG若無甲基化，則序列中的C改變?yōu)閁,，若有甲基化則保持不變,，因此從理論上講，用不同的引物做PCR,，即可檢測出這種差異,，從而確定基因有無CpG島甲基化。因此根據(jù)目的基因修飾前后的改變,，就可以相應(yīng)設(shè)計(jì)M和U引物,，有時我們需要設(shè)計(jì)兩輪引物。

這種方法靈敏度高,，無需特殊儀器,，因此經(jīng)濟(jì)實(shí)用，是目前應(yīng)用**為***的檢測方法,。不過也存在一定的局限性,，預(yù)先需要知道待測片段的DNA序列，引物的設(shè)計(jì)非常重要,。另外,，亞硫酸氫鹽處理也十分關(guān)鍵，若處理不完全則可能導(dǎo)致假陽性的出現(xiàn),。

發(fā)育基因的表觀突變是養(yǎng)殖歐洲鱸魚開始馴化的基礎(chǔ)

Epimutations in developmental

genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)

本研究通過RRBS測序,，比較了早期馴化的

(n=12)與野生的(n=12)

歐洲鱸魚在馴化過程中DNA甲基化變化，發(fā)現(xiàn)早期馴化的鱸魚與野生的沒有遺傳差異,，但在不同胚胎起源的組織中發(fā)生DNA甲基化變化,。這些甲基化突變與經(jīng)過25年選擇性育種后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多態(tài)性***重疊，表觀突變基因與正選擇基因一致,。結(jié)果表明馴化初始階的表觀變異是一個重要事件,。 DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇。

DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇,，已經(jīng)越來越受到研究者的關(guān)注,。近些年來，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機(jī)制,、RNA干擾機(jī)制及去甲基化機(jī)制的發(fā)現(xiàn),，使得DNA甲基化研究受到***關(guān)注,，從醫(yī)學(xué)領(lǐng)域擴(kuò)展到動植物研究當(dāng)中，同時在研究方法上也取得了很大的突破?，F(xiàn)在用于DNA甲基化檢測的方法大概有十多種,，從應(yīng)用上來分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點(diǎn)甲基化檢測,。下面,，我們就這兩大類檢測技術(shù)進(jìn)行分析比較，以便于在實(shí)際的科研工作中進(jìn)行選擇,。CpG島常位于基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)附近,。上海焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)售后分析

重亞硫酸鹽處理結(jié)合測序是目前檢測甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)。廣東ATAC技術(shù)服務(wù)服務(wù)

微生物定植對腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表

Early microbial colonization

affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism

in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)

我們以早產(chǎn)幼豬為模型,，采用RRBS測序,，比較正常(CON,

n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細(xì)菌密度及多樣性,，同時改變了DNA甲基化水平,。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬,、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異,。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營養(yǎng)代謝等，可能對早產(chǎn)兒的短期和長期的腸道健康至關(guān)重要,。 廣東ATAC技術(shù)服務(wù)服務(wù)