芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具，已經(jīng)在很多領(lǐng)域有了相應(yīng)的應(yīng)用,。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應(yīng)的產(chǎn)品提供,，其中應(yīng)用**為***的就Agilent平臺和Illumina平臺，相應(yīng)的產(chǎn)品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit,，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip,。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應(yīng)的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經(jīng)停產(chǎn),。不同的芯片平臺,，各自的實(shí)驗(yàn)過程也是不一樣的。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術(shù),。將基因組DNA分成兩份,，一份用來做MeDIP，另一份作為對照,。兩個(gè)樣品都標(biāo)記熒光(富集的樣品用Cy5標(biāo)記,，對照用Cy3標(biāo)記)，然后與芯片雜交,。芯片上每個(gè)探針的Cy5/Cy3強(qiáng)度比例顯示出該區(qū)域的甲基化程度,。 DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。廣東6mA技術(shù)服務(wù)服務(wù)

    大豆馴化和改良過程中的DNA甲基化足跡(1):128.(IF=)本課題通過WGBS技術(shù)比較了野生大豆,、地方品種和改良品種(n=45)在大豆馴化與改良過程中DNA甲基化的變化,，鑒定了5412個(gè)甲基化差異區(qū)域(DMR),而這些DMR基因富集在碳水化合物代謝途徑。這為大豆不同品種間DNA甲基化提供了有價(jià)值的圖譜,，拓展了大豆馴化與改良的認(rèn)識,。血漿DNA甲基化分析提示EBV病毒相關(guān)疾病的病因(1):3256(IF=)本研究通過對鼻咽*(NPC,n=15)、EBV相關(guān)性淋巴瘤(n=9)和傳染性單核細(xì)胞增多癥患者(n=5)的血漿游離DNA進(jìn)行WGBS測序分析,，發(fā)現(xiàn)EBVDNA甲基化圖譜呈現(xiàn)疾病相關(guān)模式,。這表明在鼻咽*診斷中進(jìn)行血漿EBVDNA甲基化分析具有重要的潛力。 廣東6mA技術(shù)服務(wù)服務(wù)ATAC-seq實(shí)驗(yàn)過程短，從實(shí)驗(yàn)到分析可達(dá)2周,。

甲基化特異性PCR（MS-PCR）

DNA在亞硫酸氫鹽作用后,，DNA CpG若無甲基化，則序列中的C改變?yōu)閁,，若有甲基化則保持不變,，因此從理論上講，用不同的引物做PCR,，即可檢測出這種差異,，從而確定基因有無CpG島甲基化。因此根據(jù)目的基因修飾前后的改變,，就可以相應(yīng)設(shè)計(jì)M和U引物,，有時(shí)我們需要設(shè)計(jì)兩輪引物。

這種方法靈敏度高,，無需特殊儀器，因此經(jīng)濟(jì)實(shí)用,，是目前應(yīng)用**為***的檢測方法,。不過也存在一定的局限性，預(yù)先需要知道待測片段的DNA序列,，引物的設(shè)計(jì)非常重要,。另外，亞硫酸氫鹽處理也十分關(guān)鍵,，若處理不完全則可能導(dǎo)致假陽性的出現(xiàn),。

    DNA甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(Dnmt)的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的過程，剛被發(fā)現(xiàn)時(shí)被定義為第五種堿基,，實(shí)際上它是一種重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記,，在調(diào)控基因表達(dá)、維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu),、基因印記,、X染色體失活以及胚胎發(fā)育等生物學(xué)過程中發(fā)揮著重大的作用，它就像魔術(shù)師手中一頂**神奇的“帽子”,，帶給世人層出不窮的驚喜,。DNA甲基化的發(fā)生、保持和去除都處在生物體精細(xì)的調(diào)控中,，一旦發(fā)生紊亂,，對于動物而言將導(dǎo)致胚胎死亡或者**等重大疾病，對于植物而言將會出現(xiàn)各種的表型缺陷,，那么這頂神奇的“帽子”是如何發(fā)揮它神奇功用的呢,？這個(gè)問題成為整個(gè)生物界**熱的研究焦點(diǎn)之一。研究者們從DNA甲基化的發(fā)生機(jī)制，保持機(jī)制到去甲基化機(jī)制,，從基因組甲基化狀況研究到特異位點(diǎn)甲基化狀況研究,，從**初CpG位點(diǎn)的研究到non-CpG位點(diǎn)的研究，從高甲基化研究到低甲基化,、未甲基化研究,，以及與其密切相關(guān)的羥甲基化也慢慢進(jìn)入人們的視野，***多角度解析DNA甲基化,。在Nature,、Science、Cell等**雜志上經(jīng)常能看到它熟悉的身影,，說它是生物學(xué)研究的“寵兒”一點(diǎn)都不為過,。正所謂“工欲善其事，必先利其器”,。 在哺乳動物中CpG以兩種形式存在,。

    羥甲基化DNA免疫沉淀測序（HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，hMeDIP-Seq）是通過5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段,，然后結(jié)合高通量測序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量,，快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域,?？蓮V泛應(yīng)用于羥甲基化與疾病關(guān)系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過程中的研究。技術(shù)優(yōu)勢從項(xiàng)目背景了解,、協(xié)助方案設(shè)計(jì),、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫測序,，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問題,；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議,；科學(xué),、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug,；樣品濃度>50ng/ul,；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150;測序深度：20-30Mreads信息分析基于全基因組范圍的羥甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控,，Peak鋒Calling,，Peak鋒在基因組、染色體,、功能元件上的分布,，多樣本羥甲基化差異聚類,，差異羥甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘,。 TBS具有高深度,、定量、高準(zhǔn)確性 ,。江蘇MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)共同合作

5mc是表觀遺傳重要的一種修飾,，存在于植物、動物等真核生物基因組中,，被譽(yù)為“第五堿基”,。廣東6mA技術(shù)服務(wù)服務(wù)

    DNA甲基化（DNAmethylation）是指在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶（DNMT）催化下，以S-腺苷甲硫氨酸為甲基供體,，將活性甲基轉(zhuǎn)移至DNA鏈中特定堿基上的化學(xué)修飾過程,。哺乳動物基因組中，DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子,。DNA甲基化是一種表觀（epigenetic）修飾,，它在不改變DNA序列的情況下，對個(gè)體的生長,、發(fā)育,、基因表達(dá)模式以及基因組的穩(wěn)定性起到重要的調(diào)控作用，這種修飾是可逆的,，并且這種修飾在發(fā)育和細(xì)胞增殖的過程中是可以穩(wěn)定傳遞的。近年來的大量研究表明,，DNA異常甲基化與**的發(fā)生,、發(fā)展、細(xì)胞*變有著密切的聯(lián)系,。DNA甲基化在**中的作用主要表現(xiàn)在以下幾個(gè)方面：一是甲基化的CpG島二核苷酸中的胞嘧啶以較高的頻率脫氨基變成胸腺嘧啶,，造成堿基突變；二是抑*基因和DNA修復(fù)基因由于超甲基化而沉默,；三是*基因甲基化水平降低而活化,；四是基因組總體甲基化水平降低使轉(zhuǎn)座子、重復(fù)序列活化導(dǎo)致染色體穩(wěn)定性下降,。這些因素是導(dǎo)致**發(fā)展,、轉(zhuǎn)移、惡化**終導(dǎo)致患者死亡的重要原因,。其中后三個(gè)方面源于甲基化水平的改變,，而甲基化的過程是可逆的，因此可以甲基化位點(diǎn)為靶點(diǎn),，靶向用藥進(jìn)行**的預(yù)防,、***。 廣東6mA技術(shù)服務(wù)服務(wù)