聚合酶鏈式反應(yīng)的試驗污染:PCR反應(yīng)的很大特點是具有較大擴增能力與極高的靈敏性,,但令人腦袋不適的問題是易污染,極其微量的污染即可造成假陽性的產(chǎn)生,。 污染原因:標本間交叉污染:標本污染主要有收集標本的容器被污染,,或標本放置時,由于密封不嚴溢于容器外,,或容器外粘有標本而造成相互間交叉污染,;標本核酸模板在提取過程中,由于吸樣污染導致標本間污染,;有些微生物標本尤其是病毒可隨氣溶膠或形成氣溶膠而擴散,,導致彼此間的污染。PCR試劑的污染:主要是由于在PCR試劑配制過程中,由于加樣,、容器,、雙蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染。熱啟動聚合酶鏈式反應(yīng):一種在PCR的初始建立階段減少非特異性擴增的技術(shù),。無錫組織PCR檢測技術(shù)應(yīng)用
基于聚合酶鏈反應(yīng)的遺傳(或脫氧核糖核酸)指紋圖譜協(xié)議的發(fā)展已在法醫(yī)學中得到較廣應(yīng)用:遺傳指紋以其辨別力的形式,,可以從世界上所有人群中獨特地區(qū)分任何一個人。微小的DNA樣本可以從犯罪現(xiàn)場,,和比較的從嫌疑人那里,,或者從DNA資料庫早期的證據(jù)或罪犯。這些測試的簡單版本通常用于在刑事調(diào)查中快速排除嫌疑人,。幾十年前的犯罪證據(jù)可以被檢驗,,確認或免責很初被定罪的人。脫氧核糖核酸指紋中較小的區(qū)別有助于親子鑒定,,在親子鑒定中,,一個人和他的近親相匹配??梢詼y試未知人類遺骸的DNA,,并與可能的父母,、兄弟姐妹或兒童進行比較,。類似的測試可以用來確認被收養(yǎng)(或)孩子的親生父母。新生兒的實際生父也可以被確認(或排除),。無錫組織PCR檢測技術(shù)應(yīng)用聚合酶鏈式反應(yīng)的引物與非特異擴增區(qū)的序列的同源性不要超過70%,。
聚合酶鏈式反應(yīng):反應(yīng)的控制:PCR反應(yīng)的緩沖液 提供合適的酸堿度與某些離子,;鎂離子濃度 總量應(yīng)比dNTPs的濃度高,,常用1.5mmol/L;底物濃度 dNTP以等摩爾濃度配制,,20~200umol/L,;TaqDNA聚合酶 2.5U(100ul);引物濃度一般為0.1 ~ 0.5umol/L,;反應(yīng)溫度和循環(huán)次數(shù),;變性溫度和時間 95℃,30s,;退火溫度和時間 低于引物Tm值5 ℃左右,一般在45~55℃,;延伸溫度和時間 72℃,,1min/kb(10kb內(nèi));Tm值=4(G+C) +2(A+T);循環(huán)次數(shù) :一般為25 ~ 30次,。循環(huán)數(shù)決定PCR擴增的產(chǎn)量,。模板初始濃度低,可增加循環(huán)數(shù)以便達到有效的 擴增量,。但循環(huán)數(shù)并不是可以無限增加的,。一般循環(huán)數(shù)為30個左右,循環(huán)數(shù)超過30個以后,,DNA聚合酶活性逐漸達到飽和,,產(chǎn)物的量不再隨循環(huán)數(shù)的增加而增加,出現(xiàn)了所謂的“平臺期”,。
聚合酶鏈式反應(yīng)的常見問題:靶序列變異:如靶序列發(fā)生突變或缺失,,影響引物與模板特異性結(jié)合,或因靶序列某 段缺失使引物與模板失去互補序列,,其PCR擴增是不會成功的,。假陽性:出現(xiàn)的PCR擴增條帶與目的靶序列條帶一致,有時其條帶更整齊,,亮度更高,。引物設(shè)計不合適:選擇的擴增序列與非目的擴增序列有同源性,因而在進行PCR擴增時,,擴增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列,。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽性,。需重新設(shè)計引物,。出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶:PCR擴增有時出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差,,dNTP濃度過高,,Mg2+濃度過高,退火溫度過低,,循環(huán)次數(shù)過多引起,。其對策有:減少酶量,或調(diào)換另一來源的酶,。②減少dNTP的濃度,。適當降低Mg2+濃 度。增加模板量,,減少循環(huán)次數(shù),。聚合酶鏈反應(yīng)非常敏感,有可能產(chǎn)生數(shù)百萬到數(shù)十億份特定產(chǎn)品的拷貝,,用于測序,、克隆和分析。
聚合酶鏈式反應(yīng)的步驟:標準的PCR過程分為三步:DNA變性:(90℃-96℃):雙鏈DNA模板在熱作用下,氫鍵斷裂,,形成單鏈DNA,;退火:(60℃-65℃):系統(tǒng)溫度降低,引物與DNA模板結(jié)合,,形成局部雙鏈,。延伸:(70℃-75℃):在Taq酶(在72℃左右,活性很好)的作用下,,以dNTP為原料,,從引物的3′端開始以從5′→3′端的方向延伸,合成與模板互補的DNA鏈,。每一循環(huán)經(jīng)過變性,、退火和延伸,DNA含量即增加一倍?,F(xiàn)在有些PCR因為擴增區(qū)很短,,即使Taq酶活性不是很好也能在很短的時間內(nèi)復制完成,因此可以改為兩步法,,即退火和延伸同時在60℃-65℃間進行,。聚合酶鏈式反應(yīng)是80年代中期發(fā)展起來的體外核酸擴增技術(shù)。上海特殊樣本Real-time PCR原理及步驟
聚合酶鏈式反應(yīng)中兩個引物之間不應(yīng)存在互補序列,,尤其是避免3 ′端的互補重疊,。無錫組織PCR檢測技術(shù)應(yīng)用
聚合酶鏈反應(yīng)的常見問題分析與解決方法:反應(yīng)緩沖液未完全融化或未充分混勻。確保反應(yīng)緩沖液融化完全并徹底混勻,。引物特異性差,。利用BLAST檢查引物特異性或重新設(shè)計引物。引物量過多,。減少反應(yīng)體系中引物的用量,。模板量過多。質(zhì)粒DNA的用量應(yīng)<50ng,,而基因組DNA則應(yīng)<200ng,。外源DNA污染,。確保操作的潔凈,。陰性對照出現(xiàn)條帶:試劑,頭,,工作臺污染,。使用全新的試劑和頭,對工作臺進行清潔,。條帶大小與理論不符:污染,。使用全新的試劑和頭,對工作臺進行清潔。模板或引物使用錯誤,。更換引物和模板,。基因亞型,。對研究的基因進行序列分析和BLAST研究,。無錫組織PCR檢測技術(shù)應(yīng)用