RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)：也被稱為整個(gè)轉(zhuǎn)錄組鳥(niǎo)測(cè)序（wts）,。RNA-seq包含三個(gè)步驟：測(cè)序文庫(kù)的建立，在特定平臺(tái)中測(cè)序和生物信息學(xué)分析,。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法,。采用NGS技術(shù)對(duì)從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進(jìn)行測(cè)序。簡(jiǎn)而言之,，就是對(duì)剪切變體,、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達(dá)水平和特定等位基因的表達(dá)情況進(jìn)行定性和定量分析,。RNA-Seq原理：在對(duì)基因組測(cè)序和分析研究的同時(shí),，復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來(lái)。利用高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平情況,，更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息,，精確地識(shí)別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性（SPN），進(jìn)一步解析復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組信息,。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具,。深圳circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用

宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組概念：宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是對(duì)某一特定時(shí)期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進(jìn)行高通量測(cè)序,，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測(cè)序技術(shù)的新應(yīng)用,。宏轉(zhuǎn)錄組中不只包含有微生物的物種信息，還有微生物的基因表達(dá)信息,。如果說(shuō)宏基因組能告訴我們微生物群,，那么宏轉(zhuǎn)錄組則能告訴我們這些微生物，這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境,、疾病,、動(dòng)植物等關(guān)系的機(jī)制。宏轉(zhuǎn)錄組分析：從以G為單位的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類,、基因,、通路等信息是進(jìn)行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步。現(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門(mén)。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件,，能否搭建一套完整,、快速、高效,、靈敏,、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline，直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進(jìn)行,。貴州外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠檢測(cè)未知基因,，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究特定的細(xì)胞,、組織或個(gè)體在特定時(shí)間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出所有RNA的學(xué)科,，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是指利用高通量測(cè)序方法，研究特定的細(xì)胞,、組織或個(gè)體在特定時(shí)間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出的所有mRNA，用于揭示不同功能狀態(tài)下的基因表達(dá),、結(jié)構(gòu)的差異,，闡明分子機(jī)制。應(yīng)用領(lǐng)域：醫(yī)學(xué)研究：疾病標(biāo)志物篩查,、疾病的診斷和分型,、疾病復(fù)發(fā)診斷、病因與病理機(jī)制探究,、臨床療效評(píng)價(jià),、藥物毒理學(xué)評(píng)價(jià)。生命科學(xué)研究：非生物環(huán)境關(guān)系研究,、植物與微生物,、在表型鑒定中的應(yīng)用、代謝途徑及功能基因組研究,、藥用植物研究中的應(yīng)用,。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科,。簡(jiǎn)而言之,，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,，是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段,。優(yōu)勢(shì)：高通量、更精確的數(shù)字信號(hào),；在單核苷酸水平對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè),；分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時(shí)，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本；準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切和融合基因,。應(yīng)用方向：植物生長(zhǎng)機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù),；炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)；表達(dá)差異的研究,；基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測(cè),。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)。

RNA-Seq,，是基于新一代測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集,，然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測(cè)序，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝,，從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本,，進(jìn)而可以形成對(duì)該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較分析,，則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達(dá)水平的變化,，針對(duì)關(guān)鍵基因則可以進(jìn)行代謝通路（Pathway）的構(gòu)建。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,，包括mRNA和非編碼RNA,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針。北京宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組研究

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)有著巨大的應(yīng)用前景,。深圳circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?yàn)槭裁葱枰獦?gòu)建兩個(gè)文庫(kù),？全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序需要構(gòu)建2個(gè)測(cè)序文庫(kù)，一個(gè)小RNA文庫(kù)和一個(gè)去除核糖體RNA的鏈特異性文庫(kù),，然后分別上機(jī)測(cè)序,。小RNA長(zhǎng)度較短，一般小于50nt,，采用測(cè)序策略為50SE,。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上,，可達(dá)幾萬(wàn),，通過(guò)片段化構(gòu)建150PE測(cè)序文庫(kù)。然后小RNA文庫(kù)可以獲得miRNA序列信息,，去核糖體的鏈特異性文庫(kù)可以獲得mRNA,、lncRNA和circRNA的序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,，包括mRNA和非編碼RNA,。深圳circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用

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