蛋白質(zhì)組學(xué)有什么用,,能給我實(shí)驗(yàn)帶來什么,?可以大規(guī)模鑒定特定組織,、細(xì)胞等各種樣本的蛋白質(zhì)種類、修飾狀態(tài)以及蛋白質(zhì)之間的相互作用,,以及對(duì)這些蛋白質(zhì)功能分析,、分類;可以對(duì)不同條件下某一特定樣本進(jìn)行大規(guī)模的蛋白質(zhì)(包括翻譯后修飾蛋白)表達(dá)量變化分析,,篩選潛在biomarker,,篩選重要信號(hào)通路;依托大樣本量,,可以實(shí)現(xiàn)疾病的分子分型分析,、重要潛在靶標(biāo)鑒定。質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)和芯片哪個(gè)更好出結(jié)果,?若有對(duì)應(yīng)物種的全基因組并有預(yù)測的全蛋白序列庫,,可優(yōu)先選擇全蛋白序列庫;若無全蛋白序列庫,,有對(duì)應(yīng)物種對(duì)應(yīng)組織的轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果并,,可以使用轉(zhuǎn)錄組的測序結(jié)果(mRNA三框翻譯或者預(yù)測CDS,并翻譯成氨基酸序列),;若基因組,、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫都沒有,優(yōu)先選擇同源性比較接近的物種的全蛋白數(shù)據(jù)庫,,若近源物種沒有合適的全蛋白庫,,則選擇更大的蛋白全庫(如動(dòng)物全庫、綠色植物全庫,、微生物庫等),。蛋白質(zhì)組的研究能為眾多種疾病機(jī)理的闡明及攻克提供理論根據(jù)和解決途徑。哈爾濱外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容
我們究竟怎么研究蛋白質(zhì)組學(xué)呢,?目前高通量檢測蛋白質(zhì)的方法中,,還是首推基于質(zhì)譜的方法,納流液相可以將復(fù)雜樣品中的肽段高效地分離,,然后依次進(jìn)入質(zhì)譜,,對(duì)每個(gè)被離子化的肽段及其碎裂后碎片的荷質(zhì)比進(jìn)行分析,從而得到該肽段的序列信息,,然后根據(jù)對(duì)應(yīng)的色譜峰面積或者報(bào)告離子強(qiáng)度等信息,,我們又可以得到該肽段的定量信息。蛋白組學(xué)研究怎么做,?當(dāng)下蛋白組學(xué)研究中應(yīng)用比較普遍的技術(shù)是同位素標(biāo)記定量(iTRAQ/TMT技術(shù)),。iTRAQ/TMT技術(shù)是利用DDA掃描模式,其掃描的方式是將一級(jí)質(zhì)譜信號(hào)比較強(qiáng)的Top20的多肽進(jìn)行二級(jí)打碎,,然后進(jìn)入二級(jí)質(zhì)譜進(jìn)行檢測,。其優(yōu)勢(shì)是二級(jí)譜圖采集的肽段信息都來源于同一條多肽,,有利于后續(xù)的定性分析。浙江定量N糖基化蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容蛋白質(zhì)組學(xué)現(xiàn)已被普遍應(yīng)用于生命科學(xué)研究領(lǐng)域,。
蛋白質(zhì)組研究內(nèi)容:1.蛋白質(zhì)鑒定:可以利用一維電泳和二維電泳并結(jié)合Western等技術(shù),,利用蛋白質(zhì)芯片和抗體芯片及免疫共沉淀等技術(shù)對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定研究。2.翻譯后修飾:很多mRNA表達(dá)產(chǎn)生的蛋白質(zhì)要經(jīng)歷翻譯后修飾如磷酸化,,糖基化,,酶原刺激等。翻譯后修飾是蛋白質(zhì)調(diào)節(jié)功能的重要方式,,因此對(duì)蛋白質(zhì)翻譯后修飾的研究對(duì)闡明蛋白質(zhì)的功能具有重要作用,。基-受體結(jié)合分析,??梢岳没蚯贸头戳x技術(shù)分析基因表達(dá)產(chǎn)物-蛋白質(zhì)的功能。另外對(duì)蛋白質(zhì)表達(dá)出來后在細(xì)胞內(nèi)的定位研究也在一定程度上有助于蛋白質(zhì)功能的了解,。
蛋白組究竟研究的是什么呢,?第1,蛋白質(zhì)定性,,或者說大規(guī)模檢測某些蛋白質(zhì)是否存在于樣品當(dāng)中,;第2,蛋白質(zhì)定量,,也就是大規(guī)模檢測某些蛋白質(zhì)的含量(包括一定含量與相對(duì)含量),;第3,蛋白質(zhì)翻譯后修飾,,這些修飾主要包括磷酸化,,泛素化,糖基化,,乙?;鹊龋舶▽?duì)這些翻譯后修飾的定量研究,。這三大塊中所提到的大規(guī)模,,既可以是樣品數(shù)量的大規(guī)模高通量,也可以是少量樣本中蛋白數(shù)量的大規(guī)模高通量,。研究原因:首先,,由于翻譯調(diào)控和翻譯后調(diào)控的存在,RNA的表達(dá)量與實(shí)際對(duì)應(yīng)蛋白質(zhì)的含量相關(guān)性并不高,,就簡單地測試了酵母中mRNA和對(duì)應(yīng)蛋白質(zhì)的定量相關(guān)性,,結(jié)果是,低豐度蛋白與mRNA的相關(guān)性尤其低,而高豐度蛋白和其mRNA的相關(guān)性則高,,經(jīng)過平均后r值只為0.4,。蛋白質(zhì)組研究技術(shù)在研究對(duì)象上,覆蓋了原核微生物,、真核微生物、植物和動(dòng)物等范圍,。
DIA 定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)優(yōu)點(diǎn):采集所有離子及碎片圖譜,,重現(xiàn)性好?;谒槠x子定量,,選擇性好,可媲美 SPM/MRM,。循環(huán)時(shí)間固定,,掃描點(diǎn)數(shù)均勻,定量準(zhǔn)確度高,。高通量,,能同時(shí)監(jiān)測所有目標(biāo)蛋白。PRM 靶向定量蛋白組:平行反應(yīng)監(jiān)測(PRM)是一種靶向檢測方法,,能夠?qū)δ繕?biāo)蛋白,、目標(biāo)肽段進(jìn)行選擇性檢測,從而實(shí)現(xiàn)對(duì)目標(biāo)蛋白/肽段進(jìn)行相對(duì)定量,。技術(shù)優(yōu)點(diǎn):不依賴抗體,;特異性;結(jié)果準(zhǔn)確,、可靠,;高通量。修飾蛋白質(zhì)組學(xué):利用 LC-MS/MS 結(jié)合數(shù)據(jù)庫檢索的方法,,在搜庫時(shí)設(shè)置修飾搜庫參數(shù),,實(shí)現(xiàn)對(duì)目標(biāo)所有已知的修飾位點(diǎn)磷酸化、乙?;?、糖基化和泛素化進(jìn)行鑒定。我們通過研究蛋白質(zhì)組,,可以為患者提供有用的疾病診斷,、預(yù)后評(píng)估信息。哈爾濱外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容
蛋白質(zhì)組具有很高的細(xì)胞和組織特異性,,不同的細(xì)胞組織表達(dá)不同的蛋白質(zhì)組,。哈爾濱外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容
蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)療和健康方面有什么應(yīng)用?具體而言,,蛋白質(zhì)組學(xué)在此類應(yīng)用中,,更多地用于提供高通量蛋白質(zhì)定性定量信息,。作為檢測手段的蛋白質(zhì)組學(xué):事實(shí)上,在當(dāng)前的生物醫(yī)學(xué)研究和臨床診斷中,,蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)技術(shù)有非常多的應(yīng)用,。因?yàn)榈鞍踪|(zhì)組學(xué)技術(shù)的本質(zhì)(從分析化學(xué)角度來看),就是對(duì)蛋白質(zhì)的定性定量分析,。生物醫(yī)學(xué)和臨床診斷中,,需要大量表征一種或多種蛋白質(zhì)的含量、氨基酸序列,、翻譯后修飾等信息,。蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)技術(shù)目前在一小部分]應(yīng)用中具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。有很多蛋白質(zhì)組學(xué)的研究者在工業(yè)界和醫(yī)院進(jìn)行相關(guān)研究和日常工作,。很容易發(fā)現(xiàn),,當(dāng)前蛋白質(zhì)組學(xué)的臨床應(yīng)用更多地集中在第二類。第1類的應(yīng)用更接近于生物醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究,,目前還沒有和大部分人的現(xiàn)實(shí)生活產(chǎn)生關(guān)系,。哈爾濱外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容