1. 10x  Genomics空間轉錄組用于文庫構建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域,，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm,，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm,，并且每個點都有一個barcode序列,。10X Visium空間轉錄組的實驗主要分為兩部分：組織學板塊和組學板塊,。組織學板塊包括樣品的包埋,、切片、固定,、染色及成像,，記錄切片的形態(tài)學信息；組學板塊包括cDNA的合成,、擴增,、接頭連接和測序，記錄切片的轉錄本信息和空間位置信息 ,。正是由于空間轉錄組可以從多維度解析生物學過程的特點得到蓬勃發(fā)展,。青海運用空間轉錄組

空間轉錄組技術包含兩種芯片，分別為組織優(yōu)化芯片（Tissue Optimization）和基因表達芯片（Library Preparation）,。組織優(yōu)化芯片用來摸索組織透化的比較好時間，基因表達芯片用來進行正式樣本的空間轉錄組實驗。其中基因表達芯片上有 4 個捕獲區(qū)域,，每個區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm,，每個捕獲區(qū)域中有 5000 個帶有特異地址序列的探針簇，稱為 barcoded spots,，每個 spot 直徑為 55um,，包含數(shù)百萬個用于捕獲的 oligo 探針序列，相鄰兩個 spot 的中心距離為 100um,。探針序列的結構為：測序引物結合序列,，16nt 的位置序列，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列,。吉林空間轉錄組多少錢空間轉錄組細胞通訊分析方法簡介及實操,。

10x Genomics空間轉錄組技術的準確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉錄組技術應用于小鼠海馬體研究的案例,。A圖為腦組織切片的HE染色結果,，從10x Genomics空間轉錄組分析結果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達,，和已知的研究結果一致性較高,。開展10x Genomics空間轉錄組需要做哪些準備？空間轉錄組是一項十分前沿的技術,，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作,，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計,、病理區(qū)域的確認等一系列內容,。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗,。

1. 空間轉錄組實驗步驟A,。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍,、切片,，并進行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域,?？臻g轉錄組實驗步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結合捕獲探針的載玻片上,，并進行固定和透化,，使細胞中的 mRNA 得到釋放，并結合到相應的捕獲探針上,，從而獲取基因表達信息,?？臻g轉錄組實驗步驟c。逆轉和文庫構建：以捕獲的 RNA 為模板,，進行 cDNA 合成,，和測序文庫制備?？臻g轉錄組實驗步驟d,。高通量上機測序：對制備好的測序文庫，進行二代高通量短讀長測序,?？臻g轉錄組實驗步驟e。數(shù)據(jù)可視化分析：結合HE結果,，確定哪些基因有表達,，表達量高低，以及這些基因的空間位置信息,?？臻g轉錄組樣本的組織切片的細胞中會釋放出mRNA，遷移到每個spot的mRNA會被標記上相應的barcode序列,。

1. 空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術,，從而解析單個組織切片中的所有mRNA?？臻g轉錄組的條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,，空間轉錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序,，均無法為研究人員提供精確的空間信息,。通過空間轉錄組技術可獲取組織中具體的位置的轉錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐,。10x Genomics空間轉錄組技術可以應用于免疫,、發(fā)育、神經和病理等研究方向,。通過培訓系統(tǒng)掌握空間轉錄組測序原理和方案設計思路,，助力科學研究。福建空間轉錄組做什么

除大腦以外的其他***的技術現(xiàn)代化,，將為開發(fā)有用的空間轉錄組學地圖集提供廣闊的前景,。青海運用空間轉錄組

空間基因表達技術能夠在保留空間背景信息的同時，多方位測量轉錄組譜,。然而,，現(xiàn)有的分析方法并沒有解決技術分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團隊開發(fā)了BayesSpace,，這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計方法,，它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進行聚類分析,。BayeSpace通過使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結構將預處理數(shù)據(jù)作為輸入，無縫集成到空間轉錄組分析工作流中,，輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中,，該對象可用于下游分析。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經驗,，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破,。青海運用空間轉錄組

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