一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲,,小心得不償失,,原因在這:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,,獲得細胞基因表達譜,,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,,因此即使是相同的數(shù)據(jù),,在剔除幾個細胞的情況下,,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當細胞捕獲數(shù)過多時,,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù),,都會對正常細胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結(jié)果失真,。這也是很多文章,,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了,。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時,,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求,。單細胞測序是高通量測序下的又一重大技術(shù)突破,。天津10X單細胞測序百萬通量平臺
單細胞測序?qū)嶒炘贅颖炯毎蠙C分選簽,需要對細胞數(shù)量,、細胞活性進準判斷,,這對Single Cell分選標記、建庫,、下機數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用,。如若細胞計數(shù)偏高,將會影響建庫的成功率,;計數(shù)偏低,,則會提高雙細胞的比例;而細胞活率過低,,就會使測序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣,,因此把好單細胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要。而在鋪板過程中,,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,,不同的液體流速將直接影響單細胞的入孔效果。因此烈冰生物BD Rhapsody單細胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,,其具有Prime Treat,、Cell Load,、Bead Load、Wash,、Lysis,、Retrieval多種操作模式,來對應(yīng)各種不同的操作,。通過已經(jīng)設(shè)定的程序來控制液體的流速,,大幅度降低人為操作習慣帶來的差異,保證實驗操作的一致性,。吉林10X Chromium X單細胞測序平臺單細胞測序平臺,烈冰提供高性價比服務(wù)方案,。
為什么需要單細胞分辨率,? 生物學就像宇宙一樣。它非常復(fù)雜,,有許多獨特的單體,,也就是細胞。這些細胞相互作用并扮演不同的角色,,在更大的體系中構(gòu)建并驅(qū)動多個過程,。就像伽利略探索宇宙的努力一樣,發(fā)現(xiàn)和定義這些細胞也需要高分辨率的工具,,才能解開促成生物學復(fù)雜性的基因表達異質(zhì)性,。單細胞測序能夠在以一個細胞為功能單位中開展生物學研究,闡明具體細節(jié),,構(gòu)建出一幅更大,、更精細的圖譜,說明導(dǎo)致產(chǎn)生某種外在表型的不同類型的分子和細胞之間是如何相互作用的:患者為什么會復(fù)發(fā),?是什么讓這種疫苗能夠有效防止傳染等等諸多問題,。
單細胞測序龐大的數(shù)據(jù)烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺,可實現(xiàn)零代碼操作,、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,,不需要命令行操作。簡單拖拽,、設(shè)置參數(shù)即可運行,,即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運用自如;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),,UMI數(shù)量,、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應(yīng)的細胞數(shù)量,、基因表達量,、RNA表達量,、樣本細胞分布、線粒體RNA表達量等,;3D立體展示,,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進行三維立體展示,,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況,。烈冰對于一個細胞群體中的每個細胞單獨進行建庫測序分析。
基因和基因產(chǎn)物并不是單獨運作的,,而是參與了相互關(guān)聯(lián)的復(fù)雜通路,、網(wǎng)絡(luò)和分子系統(tǒng),這些合在一起實現(xiàn)了細胞,、組織和生物體的運作,。定義這些系統(tǒng)并確定它們的特征和相互作用,對于了解生物系統(tǒng)如何運作至關(guān)重要,?!睘榱送苿涌茖W發(fā)現(xiàn),科學家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復(fù)雜性的研究工具,。對于越來越多的研究人員來說,,單細胞RNA測序和單細胞多組學——即在單細胞分辨率下對基因表達及其他基于DNA、RNA或蛋白質(zhì)的分析物進行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學問題上已證實是行之有效的,。單細胞科聯(lián)合空間轉(zhuǎn)錄組,,展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達情況,揭示精細病理區(qū)域中“喚醒”的信號通路,。長沙二代測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析可視化
單細胞多組學測序可識別重要的轉(zhuǎn)錄因子,,進行譜系和發(fā)育追蹤。天津10X單細胞測序百萬通量平臺
基于10X Geomics 動態(tài)微流控技術(shù),,利用Tn5轉(zhuǎn)座酶酶切開放染色質(zhì),,形成短片段,單細胞ATAC測序在表觀基因組學水平上,,揭示單細胞染色質(zhì)的可及性問題,,區(qū)分細胞異質(zhì)性,獲得開放染色質(zhì)的位置,、轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點,、核小體的調(diào)控區(qū)域和染色質(zhì)狀態(tài)等信息,是單細胞表觀遺傳學的重要突破:分析每個細胞數(shù)千個獨特的染色質(zhì)開放區(qū)域,,識別細胞類型和細胞狀態(tài),;識別重要的轉(zhuǎn)錄因子,進行譜系和發(fā)育追蹤,;探究驅(qū)動細胞類型和狀態(tài)之間基因表達差異的非編碼序列,;探究細胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征等,。是當前重要的多組學研究基因表達和表觀遺傳學的手段。天津10X單細胞測序百萬通量平臺
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司致力于醫(yī)藥健康,,是一家服務(wù)型的公司,。公司業(yè)務(wù)涵蓋單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細胞多組學測序等,價格合理,,品質(zhì)有保證,。公司將不斷增強企業(yè)重點競爭力,努力學習行業(yè)知識,,遵守行業(yè)規(guī)范,,植根于醫(yī)藥健康行業(yè)的發(fā)展。烈冰生物立足于全國市場,,依托強大的研發(fā)實力,融合前沿的技術(shù)理念,,飛快響應(yīng)客戶的變化需求,。