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寧波BD單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺

來源: 發(fā)布時間:2022-07-07

由于高通量測序?qū)嶒?yàn)方法相關(guān)的測序成本,,使得單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)往往非常昂貴,,烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞測序服務(wù)珍視您的每一份樣本,,在平臺搭建前,我們測試評估了BD Rhapsody的性能,,與BD官方公布的數(shù)據(jù)結(jié)合來看,,將人293T和小鼠NIH/3T3細(xì)胞的1:1混合物以不同濃度上樣到BD Rhapsody卡式芯片上。存儲的cDNA分子普遍擴(kuò)增并進(jìn)行低通量測序(每個細(xì)胞月8700個讀數(shù)),。在測序數(shù)據(jù)中檢測到1109個細(xì)胞的上樣條件下,,每個細(xì)胞中,,來自每個細(xì)胞的平均99.4%的分子經(jīng)檢測為人或小鼠,這表明微孔之間的串?dāng)_非常小,,在測序數(shù)據(jù)中檢測到1000個或更少細(xì)胞的上樣密度下,,多重態(tài)發(fā)生率接近零,并且在15000個細(xì)胞下小于5%,。烈冰生物作為BD 中國聯(lián)合成立單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn)室,,為推動單細(xì)胞測序技術(shù)發(fā)展貢獻(xiàn)中國力量。寧波BD單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺

單細(xì)胞測序結(jié)果動輒上百G數(shù)據(jù)量,,龐大的數(shù)據(jù)對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,,首先針對下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié):單細(xì)胞測序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列,不可避免的會出現(xiàn)低質(zhì)量的測序結(jié)果,,存在各種情況的序列污染,。因此序列過濾及質(zhì)量評估就會變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過測序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來表征,,即堿基測序結(jié)果的錯誤率在1% / 0.1%以下的比例,。理想的測序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性,,為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定和功能分析打下堅實(shí)基礎(chǔ),。江蘇BD單細(xì)胞測序公司附加流式分選細(xì)胞表面Marker,對于較低分辨率的標(biāo)志物也能有效鑒定,,助力高要求測序項(xiàng)目,。

科研的魅力之處,在于無窮盡的探尋生命的本底,,通過單細(xì)胞測序,,我們對組織的分子基礎(chǔ)的研究也從初級到深層,并在單細(xì)胞層面逐漸達(dá)成一致,,那么不禁要問一句,,組織的空間位置到底重不重要?空間異質(zhì)性是功能的關(guān)鍵特征,,細(xì)胞的位置信息更能反應(yīng)細(xì)胞命運(yùn)調(diào)控機(jī)制和細(xì)胞譜系發(fā)生過程,。因此時間和空間即像組織的AB面,而不可否認(rèn)的是,,此時空間坐標(biāo)的記錄,,像一個還未長大的娃娃,雖未觸及分子基礎(chǔ)研究的深層,,但仍在努力攀登探尋生命本底的下一個高峰,。

對于單細(xì)胞測序而言,常常需要先構(gòu)建細(xì)胞圖譜,在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項(xiàng)分析,,并且數(shù)據(jù)分析時以細(xì)胞聚類(cell cluster)為討論對象,,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細(xì)胞測序項(xiàng)目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴(yán)格,,但是單細(xì)胞測序,,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復(fù)雜度(增加樣本數(shù)),,盡可能的構(gòu)建某一疾病類型,、群體細(xì)胞圖譜信息。因此,,單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn)設(shè)計時首先需要保證生物學(xué)重復(fù),,不同樣本來源的樣本建議單獨(dú)進(jìn)行細(xì)胞解離和捕獲、建庫,、測序,,以保證捕獲到足夠的細(xì)胞數(shù),單個樣本分別捕獲細(xì)胞時,,后續(xù)分析除了整體分析以外,,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準(zhǔn)確性,。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次突破性的改變,,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進(jìn)行測定。

關(guān)于BD Rhapsody單細(xì)胞平臺的樣本類型和樣本制備 :在上機(jī)前需要注意細(xì)胞消化后的細(xì)胞團(tuán)塊,,獲得分離良好的細(xì)胞懸液,、且細(xì)胞活力高(>70%);此外,,了解您所研究細(xì)胞的大小范圍也很重要,。細(xì)胞大小通常與細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān)。各種尺寸不同的細(xì)胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達(dá)解決方案中使用的BD Rhapsody平臺兼容,。一般來說,,細(xì)胞制備方案將根據(jù)組織來源和細(xì)胞類型而變化。每種組織類型都是獨(dú)特的,,因此,,必須在開始任何單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)之前優(yōu)化樣本制備,烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗(yàn),,累積10+物種,、50+組織的消化protocol,若您的樣本為組織,,且尚未成功將組織樣本消化成單細(xì)胞懸液,,烈冰將盡可能提供技術(shù)及實(shí)驗(yàn)上的幫助,。2019年,,烈冰已助力發(fā)表了采用BD Rahpsody平臺的單細(xì)胞風(fēng)濕類文章,。無錫BD VDJ單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序

自2019年起,烈冰生物BD單細(xì)胞測序平臺已助力發(fā)表近20篇一區(qū)CNS高分文章,。寧波BD單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺

單細(xì)胞測序技術(shù)(Single Cell Sequencing)從一種新興的研究角度,,借助已有的高通量測序手段,幫助研究者在樣本中細(xì)胞的異質(zhì)性,、免疫微環(huán)境,、發(fā)育學(xué)、免疫學(xué)以及其他領(lǐng)域中進(jìn)行單細(xì)胞層面的數(shù)據(jù)解析,,解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題,。這樣一個新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實(shí)驗(yàn)手段來支撐。BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設(shè)備,,保證了從單細(xì)胞懸液質(zhì)量評估到單細(xì)胞分選標(biāo)記過程中每一個實(shí)驗(yàn)步驟的準(zhǔn)確質(zhì)控,。NovelBio單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊借助BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng),在實(shí)驗(yàn)實(shí)施層面對單細(xì)胞測序結(jié)果的可靠性提供了強(qiáng)有力的保證,。繼單細(xì)胞懸液制備之后,,又在另一道關(guān)鍵關(guān)卡提供了可靠的支持,幫助研究者在單細(xì)胞測序領(lǐng)域收獲更多的成果,。寧波BD單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺

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