二代測序技術(shù)在測序方法上取得了重大突破,,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規(guī)模平行測序技術(shù)(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,,例如IlluminaSolexa測序儀,。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構(gòu)建、簇生成,、測序和數(shù)據(jù)分析,。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,,用于區(qū)分樣品來源,;2)Adapter,用于結(jié)合測序通道上的位點,;3)Primerbindingsite,,用于結(jié)合PCR引物啟動擴增反應。
烈冰引進國際主流單細胞和空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺,,保障細胞精度的前提下提供組織內(nèi)部精細區(qū)域的空間信息,。南京二代測序單細胞測序服務機構(gòu)
單細胞測序技術(shù)(SingleCellSequencing)從一種新興的研究角度,借助已有的高通量測序手段,,幫助研究者在樣本中細胞的異質(zhì)性,、免疫微環(huán)境、發(fā)育學,、免疫學以及其他領(lǐng)域中進行單細胞層面的數(shù)據(jù)解析,,解決了BulkPopulationSequencing所無法解決的問題。這樣一個新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實驗手段來支撐,。BDRhapsody單細胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設備,,保證了從單細胞懸液質(zhì)量評估到單細胞分選標記過程中每一個實驗步驟的準確質(zhì)控。NovelBio單細胞實驗團隊借助BDRhapsody單細胞分選系統(tǒng),,在實驗實施層面對單細胞測序結(jié)果的可靠性提供了強有力的保證。繼單細胞懸液制備之后,,又在另一道關(guān)鍵關(guān)卡提供了可靠的支持,,幫助研究者在單細胞測序領(lǐng)域收獲更多的成果。10X Genomics單細胞測序多組學測序個性化制定測序項目方面,,滿足從檢測基因到蛋白的多組學測序要求,。
針對樣本活性的問題,10×Genomics官方建議當單細胞懸液活性低于70%時應做去除死細胞操作,,但也需要注意到,,去除死細胞的操作會損失一定的細胞數(shù)量,10×Genomics和MiltenyiBiotec都沒有給出單細胞懸液含有多少細胞數(shù)量才建議做去除死細胞的操作,?;诹冶嗄陠渭毎麥y序?qū)嶒灲?jīng)驗,建議當細胞懸液進行質(zhì)量和活性檢測后,,考慮對細胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細胞的操作,。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細胞大量死亡,,可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細胞比例和狀態(tài),,失真嚴重,建議重新收集樣本進行新的實驗,,保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實驗結(jié)果的準確性,。
基于10XGeomics動態(tài)微流控技術(shù),,利用Tn5轉(zhuǎn)座酶酶切開放染色質(zhì),形成短片段,,單細胞ATAC測序在表觀基因組學水平上,,揭示單細胞染色質(zhì)的可及性問題,區(qū)分細胞異質(zhì)性,,獲得開放染色質(zhì)的位置,、轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點、核小體的調(diào)控區(qū)域和染色質(zhì)狀態(tài)等信息,,是單細胞表觀遺傳學的重要突破:分析每個細胞數(shù)千個獨特的染色質(zhì)開放區(qū)域,,識別細胞類型和細胞狀態(tài);識別重要的轉(zhuǎn)錄因子,,進行譜系和發(fā)育追蹤,;探究驅(qū)動細胞類型和狀態(tài)之間基因表達差異的非編碼序列;探究細胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡特征等,。是當前重要的多組學研究基因表達和表觀遺傳學的手段,。全線搭建10X Genomics Chromium X單細胞實驗測序平臺。
關(guān)于10XGenomics單細胞平臺的樣本類型和樣本制備:10X平臺在上機前需要注意細胞消化后的細胞團塊,,獲得分離良好的細胞懸液,、無細胞隨便、極少的細胞團塊,,且細胞活力高(>70%),;此外,了解您所研究細胞的大小范圍也很重要,。細胞大小通常與細胞表達的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān),。各種尺寸不同的細胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達解決方案中使用的10XGenomics平臺兼容。一般來說,,細胞制備方案將根據(jù)組織來源和細胞類型而變化,。每種組織類型都是獨特的,因此,,必須在開始任何單細胞實驗之前優(yōu)化樣本制備,,烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗,累積10+物種,、50+組織的消化protocol,,若您的樣本為組織,且尚未成功將組織樣本消化成單細胞懸液,,烈冰將盡可能提供技術(shù)及實驗上的幫助,。全線搭建10x Genomics單細胞測序平臺。武漢二代測序單細胞測序價格
烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺,不依賴已有物種信息,,可研究非模式物種,,針對不同平臺的數(shù)據(jù),制定多套流程,;南京二代測序單細胞測序服務機構(gòu)
單細胞測序結(jié)果動輒上百G數(shù)據(jù)量,,龐大的數(shù)據(jù)對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,首先針對下機數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié):單細胞測序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列,,不可避免的會出現(xiàn)低質(zhì)量的測序結(jié)果,,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質(zhì)量評估就會變得極為重要,。序列質(zhì)量主要通過測序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來表征,,即堿基測序結(jié)果的錯誤率在1%/0.1%以下的比例。理想的測序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30,。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準確性,,為后續(xù)細胞類型鑒定和功能分析打下堅實基礎(chǔ)。南京二代測序單細胞測序服務機構(gòu)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司坐落在江月路999號奇亞特中心22幢,,是一家專業(yè)的生物科技,、醫(yī)藥科技、信息科技,、計算機科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),、技術(shù)服務、技術(shù)轉(zhuǎn)讓,、技術(shù)咨詢,,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查,、社會調(diào)研、民意調(diào)查,、民意測驗),,從事貨物及技術(shù)的進出口業(yè)務,計算機,、軟件及耗材(除??兀浖_發(fā)【依法須經(jīng)批準的項目,,經(jīng)相關(guān)部門批準后方可開展經(jīng)營活動】公司,。公司目前擁有較多的高技術(shù)人才,以不斷增強企業(yè)重點競爭力,,加快企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新,,實現(xiàn)穩(wěn)健生產(chǎn)經(jīng)營。公司業(yè)務范圍主要包括:單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細胞多組學測序等。公司奉行顧客至上,、質(zhì)量為本的經(jīng)營宗旨,,深受客戶好評。公司深耕單細胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學測序,,正積蓄著更大的能量,,向更廣闊的空間、更寬泛的領(lǐng)域拓展,。