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青島二代測序單細(xì)胞測序

來源: 發(fā)布時間:2022-08-08

烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),,深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義,;從操作便捷,、結(jié)果可視化、分析可追溯,、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,,加速科研進(jìn)程!此外,,烈冰生信團隊根據(jù)豐富的實戰(zhàn)經(jīng)驗為用戶量身打造了一款單細(xì)胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器(SingleCellBrowser),,不但可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,還是可以實現(xiàn)三維立體化展示的軟件,。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,,專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您,,詳情請咨詢烈冰生物。全線搭建10x Genomics單細(xì)胞測序平臺,。青島二代測序單細(xì)胞測序

單細(xì)胞多組學(xué)提升見解基于測序的數(shù)據(jù)能夠?qū)⒄蔑@其強大之處,,因為它能夠了解同一單細(xì)胞的多種生物分析指標(biāo),。如果說單細(xì)胞基因表達(dá)提供了一種顏色的詳細(xì)信息,那么單細(xì)胞多組學(xué)提供了同一細(xì)節(jié)的全彩色圖譜,,為您帶來樣本的真實視圖。烈冰2021年強勢引進(jìn)的10xGenomicsChromium單細(xì)胞平臺能夠從同一單細(xì)胞中讀取細(xì)胞復(fù)雜性的多組學(xué)特征,。與傳統(tǒng)方法不同,,單細(xì)胞多組學(xué)簡化了您需要開展的實驗,,也節(jié)省了您需要分析的樣本,,而能獲得相同的結(jié)果,。這不但節(jié)省了寶貴的樣本,,還保證了更高的生物學(xué)準(zhǔn)確性,,因為您不需要匹配拆分樣本的數(shù)據(jù)集并通過計算來推斷各個組學(xué)之間的關(guān)系。陜西二代測序單細(xì)胞測序服務(wù)烈冰專精單細(xì)胞多組學(xué)測序領(lǐng)域。

科技的發(fā)展讓單細(xì)胞測序已經(jīng)應(yīng)用于疾病發(fā)展過程中的關(guān)鍵過程和事件,如前病變向惡性的轉(zhuǎn)化,、惡性向轉(zhuǎn)移性的發(fā)展,,以及對多種用藥的反應(yīng),。單細(xì)胞測序技術(shù)作為一個需要將組織解離成為單細(xì)胞懸液,,或者是采用細(xì)胞核捕獲的策略捕獲單細(xì)胞核,進(jìn)而對于每一個單細(xì)胞或者細(xì)胞核進(jìn)行測序得到結(jié)果的技術(shù),,其空間定位信息是丟失的,。這就衍生出了一個問題就是如果單細(xì)胞A與B并不出現(xiàn)在一個組織區(qū)域中他們會互相影響或者轉(zhuǎn)化么,?免疫研究中,兩個具有非常強的PDL1-PD1的配對關(guān)系的細(xì)胞在組織切片上風(fēng)馬牛不相及,,這樣PDL1-PD1的關(guān)系會生效么,?

10×Genomics單細(xì)胞方案要求使用具有較高活性的單細(xì)胞懸液。在實際實驗中,,我們發(fā)現(xiàn)因為樣本類型和制備單細(xì)胞懸液方法的不同,,容易出現(xiàn)單細(xì)胞懸液中死亡細(xì)胞的比例較高的情況。去除單細(xì)胞懸液中的死細(xì)胞和其他污染物對獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)是至關(guān)重要的,。這是因為,,死亡的細(xì)胞易裂解導(dǎo)致其中的RNA釋放出來。這種cell-freeRNA會導(dǎo)致檢測的背景噪聲,,并會影響單細(xì)胞數(shù)據(jù)的質(zhì)量,。因此當(dāng)樣本活性較差時,,對細(xì)胞懸液中細(xì)胞活性檢測后,,需要進(jìn)行一般死細(xì)胞去除的工作(一般懸液活性小于70%時考慮此操作),,以保證較高的上機捕獲細(xì)胞的質(zhì)量,。烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測序服務(wù),。

對于單細(xì)胞測序而言,常常需要先構(gòu)建細(xì)胞圖譜,,在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項分析,,并且數(shù)據(jù)分析時以細(xì)胞聚類(cellcluster)為討論對象,,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,,因此單細(xì)胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴(yán)格,但是單細(xì)胞測序,,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復(fù)雜度(增加樣本數(shù)),,盡可能的構(gòu)建某一疾病類型,、群體細(xì)胞圖譜信息。因此,,單細(xì)胞測序?qū)嶒炘O(shè)計時首先需要保證生物學(xué)重復(fù),不同樣本來源的樣本建議單獨進(jìn)行細(xì)胞解離和捕獲,、建庫、測序,,以保證捕獲到足夠的細(xì)胞數(shù),,單個樣本分別捕獲細(xì)胞時,,后續(xù)分析除了整體分析以外,,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準(zhǔn)確性,。十二年測序經(jīng)驗,,累計服務(wù)與5000余項重要科研項目。青島10X Chromium X單細(xì)胞測序

單細(xì)胞測序技術(shù)遍地開花,烈冰服務(wù)讓您的醫(yī)學(xué)研究如虎添翼。青島二代測序單細(xì)胞測序

10XGenomics是一種基于drop的微流控技術(shù),,液體在配套芯片中的微管道中流動,,因此細(xì)胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制,,微流體通道的直徑約為50~60um,,因此捕獲細(xì)胞的直徑不能超過40um,。當(dāng)細(xì)胞直徑過大時,,容易出現(xiàn)管道堵塞,,造成GEM生成失敗,,對于神經(jīng)科學(xué)研究和心血管疾病研究的老師而言,,準(zhǔn)備采用單細(xì)胞技術(shù)用于課題研究的時候,,往往會遇到一個尷尬的問題,就是目標(biāo)細(xì)胞,,例如神經(jīng)元細(xì)胞,、成熟心肌細(xì)胞由于體積過大,不適用于10X單細(xì)胞技術(shù),。其中神經(jīng)元細(xì)胞的直徑很大,,直接超過了芯片中管道的直徑,雖然心肌細(xì)胞直徑低于50um,,但是成熟心肌細(xì)胞的長度很長,,有可能堵塞通道造成實驗失敗,這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細(xì)胞文章,,主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了,,主要還是因為未發(fā)育成熟的心肌細(xì)胞比較小,不會出現(xiàn)堵塞管道的風(fēng)險,。因此可以考慮組織解離后過40um濾網(wǎng),,過濾掉大細(xì)胞,避免出現(xiàn)管道堵塞,、實驗失敗的風(fēng)險,。此種方案的缺點是大細(xì)胞被過濾掉,丟失相關(guān)細(xì)胞數(shù)據(jù),;另外組織解離獲得高質(zhì)量細(xì)胞懸液以后,,繼續(xù)做細(xì)胞裂解抽細(xì)胞核,開展細(xì)胞核測序,。具體可訪問烈冰官網(wǎng)給我們留言,,烈小冰將安排專業(yè)技術(shù)為您詳細(xì)解答。青島二代測序單細(xì)胞測序

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