一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,,原因在這:?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類(lèi)進(jìn)行,,而細(xì)胞聚類(lèi)是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,,通過(guò)降維(pca),,無(wú)監(jiān)督聚類(lèi)以及可視化(t-SNE)得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類(lèi)時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式,,因此即使是相同的數(shù)據(jù),,在剔除幾個(gè)細(xì)胞的情況下,前后獲得的聚類(lèi)圖也會(huì)出現(xiàn)明顯不同,。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過(guò)多時(shí),,無(wú)論是假陰性和假陽(yáng)性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),都會(huì)對(duì)正常細(xì)胞聚類(lèi)產(chǎn)生影響,,造成聚類(lèi)結(jié)果失真,。這也是很多文章,特別是很多高分文章,,為什么單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了,。烈冰建議單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個(gè)時(shí),數(shù)據(jù)量在100G左右時(shí),,可以滿(mǎn)足分析和文章發(fā)表的多重需求,。烈冰科技成立10余年,為科研學(xué)者提供專(zhuān)注的測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù),。烈冰科技單細(xì)胞測(cè)序百萬(wàn)通量平臺(tái)
細(xì)胞中基因的表達(dá)是嚴(yán)格按照時(shí)間和空間順序發(fā)生,,因此細(xì)胞類(lèi)型和基因表達(dá)具有時(shí)間特異性和空間特異性。時(shí)間特異性可以通過(guò)收集不同時(shí)間點(diǎn)的樣本進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序來(lái)分析,。但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(scRNA-Seq)在單細(xì)胞懸液制備的過(guò)程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu),,無(wú)法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個(gè)問(wèn)題,,其以點(diǎn)陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息,,在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,獲得細(xì)胞/基因的空間表達(dá)特異性,。蘇州10X單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析,,認(rèn)準(zhǔn)烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。
單細(xì)胞多組學(xué)提升見(jiàn)解基于測(cè)序的數(shù)據(jù)能夠?qū)⒄蔑@其強(qiáng)大之處,,因?yàn)樗軌蛄私馔粏渭?xì)胞的多種生物分析指標(biāo),。如果說(shuō)單細(xì)胞基因表達(dá)提供了一種顏色的詳細(xì)信息,那么單細(xì)胞多組學(xué)提供了同一細(xì)節(jié)的全彩色圖譜,,為您帶來(lái)樣本的真實(shí)視圖,。烈冰2021年強(qiáng)勢(shì)引進(jìn)的10xGenomicsChromium單細(xì)胞平臺(tái)能夠從同一單細(xì)胞中讀取細(xì)胞復(fù)雜性的多組學(xué)特征。與傳統(tǒng)方法不同,單細(xì)胞多組學(xué)簡(jiǎn)化了您需要開(kāi)展的實(shí)驗(yàn),,也節(jié)省了您需要分析的樣本,,而能獲得相同的結(jié)果。這不但節(jié)省了寶貴的樣本,,還保證了更高的生物學(xué)準(zhǔn)確性,,因?yàn)槟恍枰ヅ洳鸱謽颖镜臄?shù)據(jù)集并通過(guò)計(jì)算來(lái)推斷各個(gè)組學(xué)之間的關(guān)系。
截至2022年6月,,烈冰生物助力發(fā)表單細(xì)胞文章近40篇,,從平臺(tái)應(yīng)用比例來(lái)看,應(yīng)用10X Genomics和BD Rhapsody兩大平臺(tái)發(fā)文比例各占50%左右,,研究類(lèi)型涵蓋疾病發(fā)展,,靶點(diǎn)探索,免疫研究,,神經(jīng)發(fā)育,,干細(xì)胞分化,植物發(fā)育,,退行病變,,糖尿病,COVID-19等等研究,;從發(fā)表期刊水平來(lái)看,,烈冰生物聯(lián)合發(fā)表的單細(xì)胞文章,CNS一區(qū)期刊占比在30%以上,,其中包括immunity三篇,,Nature子刊3篇(Nature cell biology,Nature Plants,Nature communication),風(fēng)濕類(lèi)領(lǐng)域ARD期刊1篇,,CUT 1篇,,Advanced Science多篇,IF大于10分以上文章占比高達(dá)68.5%,,烈冰專(zhuān)屬單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)團(tuán)隊(duì),,將與您攜手譜寫(xiě)下一篇“高分”新文章。烈冰開(kāi)展了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組,、單細(xì)胞多組學(xué)以及空間轉(zhuǎn)錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案,。
烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶(hù)定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義,;從操作便捷、結(jié)果可視化,、分析可追溯,、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,,加速科研進(jìn)程!此外,,烈冰生信團(tuán)隊(duì)根據(jù)豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)為用戶(hù)量身打造了一款單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器(SingleCellBrowser),不但可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,,還是可以實(shí)現(xiàn)三維立體化展示的軟件,。專(zhuān)業(yè)的生信代碼交給專(zhuān)業(yè)的烈冰,專(zhuān)業(yè)的生物學(xué)意義交給專(zhuān)業(yè)的您,!烈冰斥巨資引進(jìn)Novaseq6000,,開(kāi)啟更大通量測(cè)序新紀(jì)元。天津二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化
單細(xì)胞測(cè)序是高通量測(cè)序下的又一重大技術(shù)突破,。烈冰科技單細(xì)胞測(cè)序百萬(wàn)通量平臺(tái)
現(xiàn)有的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)陣營(yíng)在幾個(gè)主要領(lǐng)域存在差別,。一個(gè)是分隔單個(gè)細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺(tái)。在這個(gè)空間,,單個(gè)細(xì)胞的內(nèi)容物釋放,,轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引,以便下游識(shí)別?,F(xiàn)有技術(shù)的另一個(gè)主要區(qū)別是如何添加索引,,就像生成測(cè)序文庫(kù)所涉及的流程步驟一樣。10XGenomics單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)采用動(dòng)態(tài)微流控技(Drop-Seq具有類(lèi)似的技術(shù)原理),。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,,其中一列縱向孔道輸入細(xì)胞,凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會(huì)吸附在凝膠微珠上,,并通過(guò)微流控技術(shù),,將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中,。這時(shí)候,,就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中。每一個(gè)油滴中會(huì)落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠,,那么在每一個(gè)凝膠微珠中上長(zhǎng)滿(mǎn)了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列,,再加上一端PolyT的抓手,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠,。而這個(gè)凝膠微珠抓手就會(huì)使用oligodT抓住mRNA構(gòu)建文庫(kù),。烈冰科技單細(xì)胞測(cè)序百萬(wàn)通量平臺(tái)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司致力于醫(yī)藥健康,以科技創(chuàng)新實(shí)現(xiàn)高質(zhì)量管理的追求,。烈冰生物作為醫(yī)藥健康的企業(yè)之一,,為客戶(hù)提供良好的單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),,空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序,。烈冰生物始終以本分踏實(shí)的精神和必勝的信念,影響并帶動(dòng)團(tuán)隊(duì)取得成功,。烈冰生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康市場(chǎng),,以敏銳的市場(chǎng)洞察力,實(shí)現(xiàn)與客戶(hù)的成長(zhǎng)共贏,。