當(dāng)前的技術(shù)主要有四種策略:1、基于組學(xué)實驗結(jié)合空間重建的計算策略這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢,,從單個細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而,,這些推論方法在某些情況下只呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局,。2激光切割與NGS測序結(jié)合的策略基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組,盡管其通量很低,但是在可以標(biāo)記成千上萬個單個細(xì)胞位買的多路復(fù)用條形碼策路可行之前,,將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成組織的巨大背景中,,可能具有一定價值。3,、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學(xué)基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測區(qū)域,,但也存在一些問題,例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾,、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個細(xì)胞,。4、基于身核苷酸的空間條碼加上NGS測序,?;驕y序相關(guān)產(chǎn)品和技術(shù)已由實驗室研究逐漸演變到臨床應(yīng)用,是下一個改變世界的技術(shù),。武漢BD空間轉(zhuǎn)錄組測序
烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,,針對龐大的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù),能夠?qū)崿F(xiàn)細(xì)胞類型鑒定的快,、精,、準(zhǔn):一鍵導(dǎo)入genelist構(gòu)建個性化基因列表;輕松一點即可展示Marker基因的Featureplot,;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細(xì)胞類型,;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達(dá)的t-SNE圖,、Heatmap,、Violin圖,還可以通過調(diào)節(jié)寬,、高和系數(shù)比例來調(diào)節(jié)美觀,。平臺上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,,幫助烈冰生信分析團隊和自主分析用戶實現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動化分析,,節(jié)省您的工作時間并提升整體工作效率。武漢烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組測序自主研發(fā)PanoCell單細(xì)胞實驗測序平臺,。
空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析策略進行分析,,例如,利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時期特定空間區(qū)域內(nèi)的信號通路及其關(guān)鍵基因的較大情況,,揭示在特定發(fā)育時期特定區(qū)域內(nèi)發(fā)生的生物學(xué)過程,。針對任何一個基因,空間轉(zhuǎn)錄組可以顯示表達(dá)該基因的點陣及其空間排布,;單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組可以給出該基因表達(dá)的細(xì)胞類群,;原位測序可以給出該基因在細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)狀況,。通過不同發(fā)育時間點的信息比較,可以分析細(xì)胞類群在某個部位在不同時間點的差異,,給出其在細(xì)胞內(nèi)的真實的演變狀況,。
烈冰提供空間轉(zhuǎn)錄組全流程服務(wù),包括樣本包埋,、貼片,、選片、HE染色,、拍照成像,、組織透化、建庫測序以及后續(xù)的FISH驗證等各個步驟,,為您提供無憂服務(wù),。烈冰搭建了以萊卡CM1950冷凍切片機、尼康多熒光通路全自動掃描顯微鏡,、3Dhistech-midi數(shù)字掃描儀為基礎(chǔ)的先進實驗平臺,,并制定嚴(yán)格規(guī)范的實驗室SOP,經(jīng)過大量的切片,、貼片實操演練,,對不同類型組織的切片厚度、溫度進行優(yōu)化,,確保獲得更好質(zhì)量的冷凍切片,。利用NovelBrain云分析平臺,搭建0代碼需求的空間轉(zhuǎn)錄組分析流程,,準(zhǔn)確快速解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),。取同一樣本組織的相鄰區(qū)域進行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序,通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的整合分析,,判定空間區(qū)域內(nèi)的細(xì)胞類別,,精確解析組織空間內(nèi)的異質(zhì)化信息。烈冰科技成立10余年,,為科研學(xué)者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù),。
在發(fā)育過程或疾病發(fā)生過程中,組織內(nèi)部的不同細(xì)胞經(jīng)歷了復(fù)雜的生物學(xué)過程,,因此,,組織內(nèi)部的異質(zhì)性研究是目前揭示重要生物學(xué)研究的一個重要研究手段。組織內(nèi)部的異質(zhì)性包括細(xì)胞類型的異質(zhì)性和空間位置的異質(zhì)性兩個層面,,細(xì)胞類型異質(zhì)性可由單細(xì)胞測序來完美呈現(xiàn),,而空間位置的異質(zhì)性,則需要可高通量地檢測全轉(zhuǎn)錄組空間信息的新型研究方法來解決,。烈冰生物真正實現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組測序的全程把控,,做到從實驗設(shè)計,、空間信息標(biāo)記,、建庫測序,、定制化分析的全流程一站式服務(wù),助力高分文章發(fā)表,??臻g轉(zhuǎn)錄組測序機構(gòu),請認(rèn)準(zhǔn)上海烈冰生物科技,。青島烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化
烈冰開展了空間轉(zhuǎn)錄組,、單細(xì)胞多組學(xué)以及空間轉(zhuǎn)錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案。武漢BD空間轉(zhuǎn)錄組測序
單細(xì)胞測序是指針對單個細(xì)胞進行全轉(zhuǎn)錄組測序分析,,可精確地描述每一個細(xì)胞的狀態(tài),,在異質(zhì)性發(fā)育過程中具有不可忽視的應(yīng)用價值。然而,,單細(xì)胞測序無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息,,對于揭示發(fā)育過程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性,??臻g轉(zhuǎn)錄組測序以點陣形式記錄病理切片細(xì)胞的空間信息并進行測序,可以精確指示點陣內(nèi)的全部基因表達(dá)情況,??臻g轉(zhuǎn)錄組測序的加入,無疑讓單細(xì)胞測序如虎添翼,,更精確地勾勒了組織水平的異質(zhì)性,。武漢BD空間轉(zhuǎn)錄組測序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司位于江月路999號奇亞特中心22幢,是一家專業(yè)的生物科技,、醫(yī)藥科技,、信息科技、計算機科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,,市場營銷策劃,,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研,、民意調(diào)查,、民意測驗),從事貨物及技術(shù)的進出口業(yè)務(wù),,計算機,、軟件及耗材(除??兀浖_發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目,,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動】公司,。專業(yè)的團隊大多數(shù)員工都有多年工作經(jīng)驗,熟悉行業(yè)專業(yè)知識技能,,致力于發(fā)展NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造的品牌,。公司不僅*提供專業(yè)的生物科技、醫(yī)藥科技,、信息科技,、計算機科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓,、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查,、社會調(diào)研、民意調(diào)查,、民意測驗),,從事貨物及技術(shù)的進出口業(yè)務(wù),計算機,、軟件及耗材(除??兀浖_發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目,,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動】,,同時還建立了完善的售后服務(wù)體系,為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù),。自公司成立以來,,一直秉承“以質(zhì)量求生存,以信譽求發(fā)展”的經(jīng)營理念,,始終堅持以客戶的需求和滿意為重點,,為客戶提供良好的單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細(xì)胞多組學(xué)測序,從而使公司不斷發(fā)展壯大,。