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成都10X Genomics單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-06-17

基于10X Next GEM技術(shù),,單細(xì)胞測序一次實(shí)驗(yàn)可以同時(shí)檢測近萬個(gè)細(xì)胞,,可在一個(gè)樣本中同時(shí)獲3'端mRNA表達(dá)譜、如需和免疫組庫(TCR和BCR)的數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合時(shí),,即某些研究還需結(jié)合基因的表達(dá)譜和V(D)J數(shù)據(jù)進(jìn)行復(fù)雜組織樣本的是影響免疫應(yīng)答分析,,監(jiān)測免疫療法的效果,研究疾病發(fā)生,、發(fā)展的分子機(jī)制,,可進(jìn)行單細(xì)胞免疫組庫測序: 烈冰單細(xì)胞免疫組庫平臺具備:1000+項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),,一次實(shí)驗(yàn)可同時(shí)獲取1000-20000個(gè)細(xì)胞的文庫構(gòu)建,獲得轉(zhuǎn)錄組和免疫組數(shù)據(jù),; 具備完善的免疫組庫測序和實(shí)驗(yàn)質(zhì)控流程,,獲取V(D)J全長序列的配對信息;豐富的免疫組庫測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn),,實(shí)現(xiàn)專屬個(gè)性化數(shù)據(jù)分析服務(wù),,搭配單細(xì)胞分析云平臺,一鍵導(dǎo)出交互性的動態(tài)結(jié)果報(bào)告,。個(gè)性化制定測序項(xiàng)目方面,,滿足從檢測基因到蛋白的多組學(xué)測序要求。成都10X Genomics單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析

細(xì)胞中基因的表達(dá)是嚴(yán)格按照時(shí)間和空間順序發(fā)生,,因此細(xì)胞類型和基因表達(dá)具有時(shí)間特異性和空間特異性,。時(shí)間特異性可以通過收集不同時(shí)間點(diǎn)的樣本進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析。但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-Seq)在單細(xì)胞懸液制備的過程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu),,無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息,。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個(gè)問題,其以點(diǎn)陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息,,在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,,獲得細(xì)胞/基因的空間表達(dá)特異性。吉林單細(xì)胞測序商業(yè)化服務(wù)高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次突破性的改變,,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進(jìn)行測定,。

針對單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析時(shí)的reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個(gè)細(xì)胞,、100G的測序量為標(biāo)準(zhǔn),,每個(gè)細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個(gè)細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型,,例如成熟的B,,T,粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中,,由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少,,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織,、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等,,他們的基因表達(dá)數(shù)較高,甚至可以超過1W,,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高,。因此,我們對細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時(shí),,需要考察實(shí)際組織的細(xì)胞組成,。

單細(xì)胞獲得困難,,不同組織要求不盡相同難以搞定? 烈冰2000+項(xiàng)目消化經(jīng)驗(yàn),,100+組織類型解離protocol,,精心設(shè)計(jì)不同組織實(shí)驗(yàn)的解離、細(xì)胞懸浮實(shí)驗(yàn)體系,,確保單細(xì)胞的獲得,。 凍存樣本無法實(shí)驗(yàn),珍貴樣本無法使用,? 烈冰采用國際認(rèn)可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細(xì)胞過濾技術(shù),,確保凍存組織使用。 珍貴樣本,,細(xì)胞數(shù)量太少,,消化背景雜無法做單細(xì)胞? 采用國際認(rèn)可的10X Genomics,,BD Rhapsody雙平臺模式,,根據(jù)樣本實(shí)際情況和用戶需求提供客觀有效的實(shí)驗(yàn)方案,細(xì)胞量少,背景雜也能做單細(xì)胞,。 單細(xì)胞RNA分類精度不足,,部分細(xì)胞無法細(xì)分? 烈冰同時(shí)采用單細(xì)胞蛋白質(zhì)組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),,真正做到從上游到下游的全流程檢測,,確保超高的細(xì)胞分類精度。烈冰單細(xì)胞多組學(xué)測序助您探究細(xì)胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征,。

單細(xì)胞測序龐大的數(shù)據(jù)烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺,,可實(shí)現(xiàn)零代碼操作、簡單方便:單細(xì)胞瀏覽器的操作簡單,,不需要命令行操作,。簡單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運(yùn)行,,即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運(yùn)用自如,;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),UMI數(shù)量,、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應(yīng)的細(xì)胞數(shù)量,、基因表達(dá)量,、RNA表達(dá)量、樣本細(xì)胞分布,、線粒體RNA表達(dá)量等,;3D立體展示,,文章動圖先人一步:單細(xì)胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進(jìn)行三維立體展示,,更加直觀立體的觀察細(xì)胞分布和聚類情況,。烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺,不依賴已有物種信息,,可研究非模式物種,,針對不同平臺的數(shù)據(jù),制定多套流程,;上海二代測序單細(xì)胞測序技術(shù)支持

烈冰科技已建立了多種國際和國內(nèi)主流的高通量測序?qū)嶒?yàn)平臺,。成都10X Genomics單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析

單細(xì)胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個(gè)共同過程,,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進(jìn)行分析,。不過,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同,。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細(xì)胞中分離RNA,,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構(gòu)建新一代測序文庫,,從而測定整個(gè)轉(zhuǎn)錄組的基因表達(dá),。RT-qPCR則是從cDNA中擴(kuò)增特定靶點(diǎn),并通過熒光測定表達(dá)水平,。RT-qPCR限于已知靶點(diǎn),,而RNA-seq可實(shí)現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)分析。然而,,這兩者只能提供細(xì)胞群體內(nèi)基因表達(dá)的平均情況,。單細(xì)胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細(xì)胞分離到微孔或單個(gè)微反應(yīng)容器中。然后用細(xì)胞特異性的條形碼標(biāo)記RNA,,確保來自每個(gè)細(xì)胞的cDNA可以追溯到起源細(xì)胞,。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測序文庫,,從而能夠?qū)γ總€(gè)細(xì)胞的整個(gè)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行基因表達(dá)測定,。成都10X Genomics單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司致力于醫(yī)藥健康,是一家服務(wù)型公司,。公司業(yè)務(wù)分為單細(xì)胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細(xì)胞多組學(xué)測序等,,目前不斷進(jìn)行創(chuàng)新和服務(wù)改進(jìn),為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù),。公司注重以質(zhì)量為中心,,以服務(wù)為理念,,秉持誠信為本的理念,打造醫(yī)藥健康良好品牌,。烈冰生物秉承“客戶為尊,、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先,、技術(shù)為實(shí)”的經(jīng)營理念,,全力打造公司的重點(diǎn)競爭力。